Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A13 F999 I0 R1
|
92 |
76.2 |
6048880 |
97.1% |
5873462 |
49.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,354,915 |
G→A |
intergenic (‑198/+39) |
lysU ← / ← dtpC |
lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,354,915 | 0 | G | A | 100.0%
| 542.9
/ NA
| 137 | intergenic (‑198/+39) | lysU/dtpC | lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (65/72); total (65/72) |
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
ATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGT > NC_000913/4354869‑4354961
|
aTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaaa < 1:4091853/50‑1 (MQ=255)
aTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaaa < 1:2502493/50‑1 (MQ=255)
tGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAg < 1:691228/50‑1 (MQ=255)
tGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAg < 1:1610965/50‑1 (MQ=255)
tGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAg > 1:584684/1‑50 (MQ=255)
ggTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt > 1:6002230/1‑50 (MQ=255)
ggTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt > 1:2001782/1‑50 (MQ=255)
ggTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt > 1:3672402/1‑50 (MQ=255)
gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt < 1:2301222/49‑1 (MQ=255)
tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt > 1:760767/1‑49 (MQ=255)
tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTa < 1:4991668/50‑1 (MQ=255)
tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTa < 1:4670477/50‑1 (MQ=255)
ttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa > 1:503544/1‑50 (MQ=255)
tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa < 1:3931362/49‑1 (MQ=255)
tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa < 1:2507047/49‑1 (MQ=255)
tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa < 1:5989943/49‑1 (MQ=255)
tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa < 1:1396942/49‑1 (MQ=255)
tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt > 1:1907853/1‑50 (MQ=255)
aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAttt < 1:289785/50‑1 (MQ=255)
aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt > 1:5273980/1‑49 (MQ=255)
aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt < 1:2853049/49‑1 (MQ=255)
aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa > 1:2349673/1‑50 (MQ=255)
aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa > 1:5158884/1‑50 (MQ=255)
tGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt > 1:3408605/1‑50 (MQ=255)
tGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt < 1:4464891/50‑1 (MQ=255)
gACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt > 1:5189823/1‑50 (MQ=255)
aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt > 1:3499292/1‑49 (MQ=255)
aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt < 1:5106522/49‑1 (MQ=255)
aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt > 1:2167924/1‑49 (MQ=255)
aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt < 1:4208963/49‑1 (MQ=255)
aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt < 1:880692/49‑1 (MQ=255)
cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa > 1:3521265/1‑50 (MQ=255)
cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa > 1:537375/1‑50 (MQ=255)
cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa < 1:4554182/50‑1 (MQ=255)
cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa > 1:437260/1‑50 (MQ=255)
tattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt > 1:3824385/1‑49 (MQ=255)
attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt < 1:2008312/48‑1 (MQ=255)
attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa > 1:2106949/1‑50 (MQ=255)
attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATa < 1:1344536/49‑1 (MQ=255)
ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa < 1:510078/49‑1 (MQ=255)
ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa < 1:1070558/49‑1 (MQ=255)
ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc < 1:4573648/50‑1 (MQ=255)
ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc < 1:4604745/50‑1 (MQ=255)
ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc > 1:4273154/1‑50 (MQ=255)
ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc < 1:1263768/50‑1 (MQ=255)
taATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc > 1:2162879/1‑49 (MQ=255)
aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc > 1:4875123/1‑49 (MQ=255)
aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc > 1:3197866/1‑49 (MQ=255)
aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc < 1:5822423/49‑1 (MQ=255)
aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc < 1:3398799/49‑1 (MQ=255)
aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCaa > 1:4807770/1‑50 (MQ=255)
aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCaa > 1:2227205/1‑50 (MQ=255)
aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCaa < 1:5521626/50‑1 (MQ=255)
tctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt > 1:771748/1‑50 (MQ=255)
cGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt > 1:3712378/1‑50 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt < 1:2082284/47‑1 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt < 1:3699538/46‑1 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg < 1:1558589/48‑1 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg < 1:4476872/48‑1 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg < 1:5735569/48‑1 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt > 1:3454848/1‑50 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt < 1:815132/50‑1 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt > 1:4784075/1‑50 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt < 1:1035642/49‑1 (MQ=255)
aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt > 1:638145/1‑50 (MQ=255)
aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt < 1:4737748/50‑1 (MQ=255)
tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt > 1:2339441/1‑50 (MQ=255)
tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt > 1:4461627/1‑50 (MQ=255)
ttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt > 1:2680789/1‑49 (MQ=255)
tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAttttttttc > 1:5221333/1‑49 (MQ=255)
tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttttt < 1:5630790/49‑1 (MQ=255)
tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa > 1:1138486/1‑50 (MQ=255)
tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa > 1:1515964/1‑50 (MQ=255)
gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa < 1:3965226/49‑1 (MQ=255)
gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa < 1:2906725/49‑1 (MQ=255)
gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc > 1:575785/1‑50 (MQ=255)
ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc < 1:4891419/49‑1 (MQ=255)
ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc > 1:3964742/1‑49 (MQ=255)
ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACg < 1:3181754/50‑1 (MQ=255)
ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACg < 1:182070/50‑1 (MQ=255)
tAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa > 1:3832102/1‑50 (MQ=255)
tAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa > 1:5736878/1‑50 (MQ=255)
tAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa > 1:4334667/1‑50 (MQ=255)
actgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa > 1:4630385/3‑49 (MQ=255)
aGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa < 1:964851/49‑1 (MQ=255)
gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGAc < 1:2270737/49‑1 (MQ=255)
tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg < 1:738062/50‑1 (MQ=255)
gtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt > 1:4303459/1‑50 (MQ=255)
tataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt > 1:427324/1‑49 (MQ=255)
ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTa < 1:5697451/49‑1 (MQ=255)
taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt > 1:2687336/1‑50 (MQ=255)
taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt > 1:17948/1‑50 (MQ=255)
aaaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc > 1:4807200/1‑50 (MQ=255)
aaaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc > 1:5925721/1‑50 (MQ=255)
aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc < 1:5930053/49‑1 (MQ=255)
aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc < 1:118054/49‑1 (MQ=255)
aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg > 1:5022451/1‑50 (MQ=255)
aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg > 1:2609747/1‑50 (MQ=255)
aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg > 1:460269/1‑50 (MQ=255)
aCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGt < 1:2124049/50‑1 (MQ=255)
|
ATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGT > NC_000913/4354869‑4354961
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
