Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A17 F999 I0 R1
|
42 |
139.8 |
10793925 |
96.0% |
10362168 |
49.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,354,915 |
G→A |
intergenic (‑198/+39) |
lysU ← / ← dtpC |
lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,354,915 | 0 | G | A | 91.3%
| 539.0
/ 34.3
| 163 | intergenic (‑198/+39) | lysU/dtpC | lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/7); new base A (69/78); total (77/86) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.79e-01 |
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
AATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGT > NC_000913/4354868‑4354961
|
aaTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaa < 1:5361767/50‑1 (MQ=255)
aaTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaa < 1:4485686/50‑1 (MQ=255)
aTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaaa < 1:5169317/50‑1 (MQ=255)
tGGTTTAAATGACTTATTACTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAg > 2:3717023/1‑50 (MQ=255)
tGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAg < 2:2903111/50‑1 (MQ=255)
gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt < 1:3250056/50‑1 (MQ=255)
gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt < 2:3345961/49‑1 (MQ=255)
gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt < 2:64319/49‑1 (MQ=255)
gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt < 1:3524447/49‑1 (MQ=255)
tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt > 2:4004477/1‑49 (MQ=255)
tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt > 2:148045/1‑49 (MQ=255)
ttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa > 2:1438543/1‑50 (MQ=255)
ttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa > 2:2414676/1‑50 (MQ=255)
ttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa > 1:734726/1‑50 (MQ=255)
tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa < 2:4201975/49‑1 (MQ=255)
tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa < 1:4278672/49‑1 (MQ=255)
tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa < 2:603283/49‑1 (MQ=255)
tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt > 2:501850/1‑50 (MQ=255)
tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt > 2:1704818/1‑50 (MQ=255)
aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAAtt > 2:877945/1‑50 (MQ=255)
aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt > 1:2689214/1‑50 (MQ=255)
aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAttt < 1:132562/50‑1 (MQ=255)
aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAttt < 2:4041027/50‑1 (MQ=255)
aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt < 1:2208703/49‑1 (MQ=255)
aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt < 2:2507691/49‑1 (MQ=255)
aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt < 1:674714/49‑1 (MQ=255)
aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa > 1:3980129/1‑50 (MQ=255)
tGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt < 2:4187399/50‑1 (MQ=255)
gACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt > 2:1712884/1‑50 (MQ=255)
aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt < 2:2367604/49‑1 (MQ=255)
cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa > 1:900205/1‑50 (MQ=255)
cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa < 1:3335664/50‑1 (MQ=255)
cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa > 1:2117683/1‑50 (MQ=255)
cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa < 2:3192565/50‑1 (MQ=255)
ttattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCa > 2:4172499/1‑49 (MQ=255)
ttattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa > 1:289494/1‑49 (MQ=255)
tattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt > 2:2010556/1‑49 (MQ=255)
tattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt > 1:2244446/1‑49 (MQ=255)
attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATa < 1:3399476/49‑1 (MQ=255)
attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATa < 1:1101467/49‑1 (MQ=255)
ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa < 2:3626198/49‑1 (MQ=255)
ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc < 1:1791254/50‑1 (MQ=255)
ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc < 1:5323889/50‑1 (MQ=255)
ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc < 1:3305035/50‑1 (MQ=255)
taATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc > 1:1898472/1‑49 (MQ=255)
aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTCAAAGTTAATTTATTCATAAcc > 1:3015049/1‑49 (MQ=255)
aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc < 1:3096253/49‑1 (MQ=255)
aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc < 2:1821716/49‑1 (MQ=255)
aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc > 1:904076/1‑49 (MQ=255)
aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCaa > 1:689366/1‑50 (MQ=255)
aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCa < 1:1490825/49‑1 (MQ=255)
tctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt > 2:2950866/1‑50 (MQ=255)
tctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt > 1:4744288/1‑50 (MQ=255)
ctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt > 1:1220757/1‑50 (MQ=255)
ctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt > 2:5375791/1‑50 (MQ=255)
tcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg > 2:899724/1‑50 (MQ=255)
cGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt > 2:5288649/1‑50 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt < 2:1046015/47‑1 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt < 2:2764356/47‑1 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATACCCAAtt < 2:386013/47‑1 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt < 1:2967057/50‑1 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt > 2:39052/1‑50 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt < 1:236715/49‑1 (MQ=255)
aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt < 2:3850456/50‑1 (MQ=255)
tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt > 1:1072873/1‑50 (MQ=255)
ttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt > 2:3524436/1‑49 (MQ=255)
tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttttt < 1:3202792/49‑1 (MQ=255)
tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttttt < 2:2366803/49‑1 (MQ=255)
tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa > 1:4879549/1‑50 (MQ=255)
gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa < 2:3036211/49‑1 (MQ=255)
gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa < 1:4159823/49‑1 (MQ=255)
gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc > 2:22129/1‑50 (MQ=255)
ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc > 2:1407152/1‑49 (MQ=255)
ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc < 2:3434671/49‑1 (MQ=255)
ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc < 1:4580948/49‑1 (MQ=255)
tAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa > 1:1317971/1‑50 (MQ=255)
aGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa > 1:2296631/1‑49 (MQ=255)
aGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa > 2:1229846/1‑49 (MQ=255)
gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGAc < 1:5368466/49‑1 (MQ=255)
tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg > 1:4323007/1‑50 (MQ=255)
tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg > 2:4435044/1‑50 (MQ=255)
tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg < 2:1872989/50‑1 (MQ=255)
gtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt > 2:5118390/1‑50 (MQ=255)
ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt < 1:4030349/49‑1 (MQ=255)
ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt < 2:3127082/49‑1 (MQ=255)
ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt > 2:1275494/1‑49 (MQ=255)
tataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt > 1:1911126/1‑49 (MQ=255)
ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATCACCAATTGTTTTTACGACCGTTaa > 1:4071184/1‑50 (MQ=255)
ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa > 1:3745115/1‑50 (MQ=255)
ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa > 2:3686747/1‑50 (MQ=255)
taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt < 2:2528684/50‑1 (MQ=255)
taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt > 1:5039055/1‑50 (MQ=255)
taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt < 2:5015246/50‑1 (MQ=255)
taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt > 2:5309614/1‑50 (MQ=255)
aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg > 1:2086799/1‑50 (MQ=255)
aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg > 2:1667247/1‑50 (MQ=255)
aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg > 1:3786000/1‑50 (MQ=255)
aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGCTTTTACGACAGCTAATCg > 1:4410179/1‑50 (MQ=255)
aCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGt > 1:2826891/1‑50 (MQ=255)
aCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGt > 2:3364249/1‑50 (MQ=255)
|
AATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGT > NC_000913/4354868‑4354961
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
