Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A18 F999 I0 R1
|
72 |
114.7 |
9135302 |
95.6% |
8733348 |
49.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,354,915 |
G→A |
intergenic (‑198/+39) |
lysU ← / ← dtpC |
lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,354,915 | 0 | G | A | 100.0%
| 771.1
/ NA
| 194 | intergenic (‑198/+39) | lysU/dtpC | lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (87/107); total (87/107) |
Only 100 of 199 total aligned reads displayed.
AATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGT > NC_000913/4354868‑4354961
|
aaTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaa < 1:1404378/50‑1 (MQ=255)
aaTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaa < 1:3930702/50‑1 (MQ=255)
aTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaaa < 1:3271420/50‑1 (MQ=255)
aTGGTTTAAATGACGTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaaa < 2:3750620/50‑1 (MQ=255)
tGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAg < 2:3626756/50‑1 (MQ=255)
tGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGACAGTGTTATAAACTAAAAg > 1:4525198/1‑50 (MQ=255)
gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt < 2:1705923/50‑1 (MQ=255)
gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt < 2:545498/50‑1 (MQ=255)
gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt < 2:3862242/49‑1 (MQ=255)
gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt < 2:3354603/49‑1 (MQ=255)
tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt > 2:22932/1‑49 (MQ=255)
tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTa < 2:4127063/50‑1 (MQ=255)
ttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa > 2:4234974/1‑50 (MQ=255)
tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa < 2:1329827/49‑1 (MQ=255)
tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt > 1:115248/1‑50 (MQ=255)
tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt > 1:2271396/1‑50 (MQ=255)
aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt > 1:2570363/1‑50 (MQ=255)
aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAttt < 1:2762219/50‑1 (MQ=255)
aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAttt < 1:3107231/50‑1 (MQ=255)
aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt < 2:1551438/49‑1 (MQ=255)
aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt > 1:1074777/1‑49 (MQ=255)
aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa < 1:656019/50‑1 (MQ=255)
aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa < 1:2546206/50‑1 (MQ=255)
aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa < 1:1844091/50‑1 (MQ=255)
aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa > 1:1739529/1‑50 (MQ=255)
tGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt < 1:3394037/50‑1 (MQ=255)
gACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt > 1:4240401/1‑50 (MQ=255)
aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTc < 1:3346549/50‑1 (MQ=255)
aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTc < 2:3929741/50‑1 (MQ=255)
cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa < 2:4290616/50‑1 (MQ=255)
cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa < 1:105355/50‑1 (MQ=255)
cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa > 2:2067486/1‑50 (MQ=255)
cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa > 1:2437035/1‑50 (MQ=255)
tattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt > 2:3119720/1‑49 (MQ=255)
tattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt > 2:506658/1‑49 (MQ=255)
attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt < 2:3010718/48‑1 (MQ=255)
attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa > 1:203651/1‑50 (MQ=255)
attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa > 2:78607/1‑50 (MQ=255)
ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc < 1:2953505/50‑1 (MQ=255)
ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc > 2:1995477/1‑50 (MQ=255)
ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc < 2:953425/50‑1 (MQ=255)
taATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc > 1:2159379/1‑49 (MQ=255)
taATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc > 1:1556283/1‑49 (MQ=255)
tctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt > 2:763162/1‑50 (MQ=255)
tctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt > 1:2624691/1‑50 (MQ=255)
ctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt > 2:4041843/1‑50 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt < 2:848844/47‑1 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt < 1:1931423/47‑1 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt < 2:2796914/47‑1 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt < 1:219607/46‑1 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg < 1:905240/48‑1 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg < 1:1203379/48‑1 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt < 1:2534276/50‑1 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt > 2:89497/1‑50 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAATCATAACCAATTg < 2:1237487/48‑1 (MQ=39)
aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt < 2:2586164/50‑1 (MQ=255)
aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt < 2:193230/50‑1 (MQ=255)
aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt > 2:2781808/1‑50 (MQ=255)
tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt > 1:2870227/1‑50 (MQ=255)
ttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt > 2:4362690/1‑49 (MQ=255)
ttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt > 2:3455757/1‑49 (MQ=255)
tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttttt < 2:2514978/49‑1 (MQ=255)
tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttttt < 2:1544551/49‑1 (MQ=255)
tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttttt < 1:2750599/49‑1 (MQ=255)
tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa > 1:3560353/1‑50 (MQ=255)
tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTGAATTTATTCATAACCAATTGttttt < 1:1940484/49‑1 (MQ=255)
gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa < 1:3586993/49‑1 (MQ=255)
gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa < 1:964944/49‑1 (MQ=255)
gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa < 1:2597658/49‑1 (MQ=255)
gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa < 1:4347972/49‑1 (MQ=255)
gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa < 1:2709287/49‑1 (MQ=255)
ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc < 1:2840994/49‑1 (MQ=255)
ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc > 1:579685/1‑49 (MQ=255)
ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc > 1:1784685/1‑49 (MQ=255)
tAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa > 1:3084022/1‑50 (MQ=255)
aGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa > 1:1487748/1‑49 (MQ=255)
aGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa > 1:2640276/1‑49 (MQ=255)
gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa > 2:1062362/1‑48 (MQ=255)
tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg > 1:1861999/1‑50 (MQ=255)
tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg < 1:2275033/50‑1 (MQ=255)
tttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt > 2:2876610/2‑50 (MQ=255)
ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt < 2:3680797/50‑1 (MQ=255)
ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt < 2:1022498/50‑1 (MQ=255)
ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt > 2:4051018/1‑49 (MQ=255)
ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa > 1:1055869/1‑50 (MQ=255)
ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa > 2:1436968/1‑50 (MQ=255)
ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa > 1:3689966/1‑50 (MQ=255)
ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa > 1:2694288/1‑50 (MQ=255)
ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTa < 1:4079804/49‑1 (MQ=255)
taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa < 1:3089801/49‑1 (MQ=255)
taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt < 1:535633/50‑1 (MQ=255)
taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt < 1:4020767/50‑1 (MQ=255)
aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc < 1:385205/49‑1 (MQ=255)
aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg > 2:3828285/1‑50 (MQ=255)
aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg > 2:3202573/1‑50 (MQ=255)
aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg < 2:2636935/50‑1 (MQ=255)
aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg > 2:1822438/1‑50 (MQ=255)
aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg > 1:3706224/1‑50 (MQ=255)
aCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGt < 2:4224315/50‑1 (MQ=255)
aCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGt < 2:607298/50‑1 (MQ=255)
|
AATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGT > NC_000913/4354868‑4354961
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
