Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A1 F999 I0 R1 72 72.2 7896259 97.8% 7722541 35.0

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA NC_000913 4,354,915 G→A intergenic (‑198/+39) lysU ← / ← dtpC lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NC_0009134,354,9150GA100.0% 597.3 / NA 139intergenic (‑198/+39)lysU/dtpClysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (58/81);  total (58/81)

Only 100 of 140 total aligned reads displayed.

TTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTT  >  NC_000913/4354883‑4354946
                                |                               
ttattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaa                               <  1:7842041/35‑1 (MQ=255)
  attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAg                             >  1:5877421/1‑35 (MQ=255)
  attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAg                             >  1:2458436/1‑35 (MQ=255)
  attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAg                             <  1:2980555/35‑1 (MQ=255)
  attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAg                             >  1:1716036/1‑35 (MQ=255)
  attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAg                             >  1:7212858/1‑35 (MQ=255)
   ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt                            <  1:2700139/35‑1 (MQ=255)
   ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt                            <  1:1842416/35‑1 (MQ=255)
   ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt                            >  1:7443196/1‑35 (MQ=255)
   ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt                            >  1:4526761/1‑35 (MQ=255)
   ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt                            <  1:1032227/35‑1 (MQ=255)
   ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt                            >  1:844778/1‑35 (MQ=255)
    taATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt                           <  1:155609/35‑1 (MQ=255)
    taATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt                           <  1:1604557/35‑1 (MQ=39)
    taATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt                           <  1:7745503/35‑1 (MQ=255)
    taATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt                           >  1:4110705/1‑35 (MQ=255)
     aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTa                          >  1:6532760/1‑35 (MQ=39)
     aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTa                          >  1:7785731/1‑35 (MQ=255)
      aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa                         >  1:2495069/1‑35 (MQ=255)
      aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa                         <  1:3624789/35‑1 (MQ=39)
      aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa                         >  1:5345744/1‑35 (MQ=255)
      aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa                         <  1:6989070/35‑1 (MQ=39)
      aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa                         <  1:6026551/35‑1 (MQ=255)
      aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa                         >  1:1548613/1‑35 (MQ=39)
      aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa                         >  1:1480835/1‑35 (MQ=255)
       tctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt                        >  1:6594558/1‑35 (MQ=255)
       tctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt                        >  1:1420892/1‑35 (MQ=39)
       tctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt                        <  1:5612609/35‑1 (MQ=39)
        ctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                       <  1:2218399/35‑1 (MQ=255)
        ctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                       <  1:6904160/35‑1 (MQ=39)
        ctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                       <  1:6043314/35‑1 (MQ=39)
        ctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                       <  1:35554/35‑1 (MQ=255)
         tcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAttt                      <  1:661743/35‑1 (MQ=39)
           gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                    <  1:3948600/35‑1 (MQ=255)
           gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                    <  1:4514166/35‑1 (MQ=39)
           gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                    >  1:6744495/1‑35 (MQ=255)
           gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                    >  1:6210623/1‑35 (MQ=39)
           gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                    <  1:848228/35‑1 (MQ=39)
           gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                    <  1:115515/35‑1 (MQ=39)
           gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                    >  1:6956106/1‑35 (MQ=255)
           gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                    <  1:1790366/35‑1 (MQ=39)
            aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                   <  1:4361507/35‑1 (MQ=39)
            aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                   >  1:5661584/1‑35 (MQ=39)
            aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                   <  1:3392494/35‑1 (MQ=39)
            aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                   <  1:7156876/35‑1 (MQ=39)
            aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                   <  1:335200/35‑1 (MQ=39)
             tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTc                  <  1:5949824/35‑1 (MQ=255)
             tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTc                  >  1:7638285/1‑35 (MQ=255)
             tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTc                  >  1:13940/1‑35 (MQ=39)
              ttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                 <  1:811514/35‑1 (MQ=255)
              ttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                 <  1:482899/35‑1 (MQ=255)
              ttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                 >  1:5632969/1‑35 (MQ=38)
              ttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                 <  1:6582459/35‑1 (MQ=255)
               tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                <  1:7206900/35‑1 (MQ=255)
               tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                <  1:4741704/35‑1 (MQ=255)
               tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                <  1:6071142/35‑1 (MQ=255)
               tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                <  1:5481730/35‑1 (MQ=38)
               tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                <  1:2146769/35‑1 (MQ=38)
               tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                <  1:4876318/35‑1 (MQ=255)
                gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATa               >  1:5308440/1‑35 (MQ=38)
                gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATa               <  1:7777229/35‑1 (MQ=38)
                gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATa               >  1:1483904/1‑35 (MQ=255)
                 ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa              <  1:1295763/35‑1 (MQ=255)
                 ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa              >  1:107016/1‑35 (MQ=38)
                 ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa              >  1:657848/1‑35 (MQ=38)
                  tAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc             <  1:4751325/35‑1 (MQ=38)
                  tAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc             <  1:493180/35‑1 (MQ=255)
                   aGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc            >  1:7849971/1‑35 (MQ=255)
                   aGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc            <  1:6282389/35‑1 (MQ=255)
                   aGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc            <  1:2252545/35‑1 (MQ=255)
                    gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCa           <  1:2566139/35‑1 (MQ=255)
                    gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCa           >  1:2830469/1‑35 (MQ=255)
                     tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCaa          >  1:1919266/1‑35 (MQ=255)
                     tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCaa          >  1:7410641/1‑35 (MQ=255)
                     tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCaa          >  1:5455631/1‑35 (MQ=255)
                     tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCaa          >  1:3946940/1‑35 (MQ=255)
                      gtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt         <  1:4019043/35‑1 (MQ=38)
                      gtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt         <  1:7580317/35‑1 (MQ=38)
                      gtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt         <  1:3418620/35‑1 (MQ=38)
                       ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt        >  1:7339312/1‑35 (MQ=38)
                       ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt        >  1:2575813/1‑35 (MQ=38)
                       ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt        >  1:2027994/1‑35 (MQ=255)
                        tataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg       >  1:3141674/1‑35 (MQ=255)
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                         ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt      >  1:7136566/1‑35 (MQ=38)
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                         ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt      <  1:401860/35‑1 (MQ=38)
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                          taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt     <  1:2454617/35‑1 (MQ=38)
                           aaaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt    <  1:1275205/35‑1 (MQ=38)
                            aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt   <  1:3869465/35‑1 (MQ=255)
                            aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt   <  1:4325058/35‑1 (MQ=255)
                            aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt   <  1:7734385/35‑1 (MQ=255)
                            aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt   <  1:6463541/35‑1 (MQ=255)
                            aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt   <  1:2150507/35‑1 (MQ=255)
                             aCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttttt  <  1:5153213/35‑1 (MQ=255)
                                |                               
TTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTT  >  NC_000913/4354883‑4354946

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A