Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A19 F999 I0 R1 91 166.1 11695708 96.8% 11321445 49.6

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA NC_000913 4,354,915 G→A intergenic (‑198/+39) lysU ← / ← dtpC lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NC_0009134,354,9150GA100.0% 452.6 / NA 111intergenic (‑198/+39)lysU/dtpClysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (49/62);  total (49/62)

Only 100 of 112 total aligned reads displayed.

AATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGT  >  NC_000913/4354868‑4354961
                                               |                                              
  tGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAg                                            <  2:2384302/50‑1 (MQ=255)
  tGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAg                                            >  2:5344618/1‑50 (MQ=255)
   ggTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt                                           >  2:3901210/1‑50 (MQ=255)
   ggTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt                                           >  1:2408415/1‑50 (MQ=255)
    gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt                                          <  2:2257003/50‑1 (MQ=255)
    gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt                                          <  2:3215585/50‑1 (MQ=255)
     tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt                                          >  1:3859744/1‑49 (MQ=255)
     tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt                                          >  1:1455707/1‑49 (MQ=255)
       tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa                                        <  1:5021459/49‑1 (MQ=255)
       tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa                                        <  2:1394973/49‑1 (MQ=255)
       tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt                                       >  2:5513046/1‑50 (MQ=255)
        aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTGAt                                       <  2:735063/49‑1 (MQ=255)
        aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt                                       <  1:1122001/49‑1 (MQ=255)
         aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAttt                                     <  1:3672189/50‑1 (MQ=255)
          aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa                                    <  1:1887491/50‑1 (MQ=255)
          aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa                                    >  2:1152469/1‑50 (MQ=255)
           tGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                                   >  2:3505132/1‑50 (MQ=255)
           tGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                                   <  1:4936369/50‑1 (MQ=255)
           tGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                                   <  1:5194913/50‑1 (MQ=255)
            gACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                                  >  1:2177189/1‑50 (MQ=255)
            gACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                                  >  2:774528/1‑50 (MQ=255)
             aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                                  <  1:2355367/49‑1 (MQ=255)
             aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                                  >  2:5696705/1‑49 (MQ=255)
             aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTc                                 <  1:5660690/50‑1 (MQ=255)
             aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTc                                 <  1:4831118/50‑1 (MQ=255)
             aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTc                                 <  2:1298664/50‑1 (MQ=255)
             aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTc                                 <  2:2782859/50‑1 (MQ=255)
              cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                >  1:1294124/1‑50 (MQ=255)
              cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                >  1:1543921/1‑50 (MQ=255)
              cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                >  2:1722941/1‑50 (MQ=255)
              cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                <  1:4618351/50‑1 (MQ=255)
              cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                <  1:479295/50‑1 (MQ=255)
               ttattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                >  1:397162/1‑49 (MQ=255)
                tattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                               >  2:163480/1‑49 (MQ=255)
                 attaATCTCGCTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa                             >  2:2962355/1‑50 (MQ=255)
                 attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                               <  1:4791204/48‑1 (MQ=255)
                 attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATa                              <  1:3693850/49‑1 (MQ=255)
                 attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATa                              <  2:1832919/49‑1 (MQ=255)
                 attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATa                              <  1:3878779/49‑1 (MQ=255)
                  ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa                             <  2:3418651/49‑1 (MQ=255)
                  ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa                             <  1:1103441/49‑1 (MQ=255)
                  ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc                            <  2:1616334/50‑1 (MQ=255)
                  ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc                            >  2:3385471/1‑50 (MQ=255)
                  ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc                            >  2:4825269/1‑50 (MQ=255)
                   taATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc                            >  2:4918612/1‑49 (MQ=255)
                    aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAccc                           <  2:834523/49‑1 (MQ=255)
                    aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc                           <  1:4716299/49‑1 (MQ=255)
                    aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc                           <  1:1930403/49‑1 (MQ=255)
                     aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCa                          <  1:3432565/49‑1 (MQ=255)
                      tctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt                        >  2:770480/1‑50 (MQ=255)
                        tcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg                      >  1:155635/1‑50 (MQ=255)
                        tcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg                      >  1:688263/1‑50 (MQ=255)
                         cGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAACGTTAATTTATTCATAACCAATTGt                     >  2:3446286/1‑50 (MQ=255)
                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt                       <  2:4549681/47‑1 (MQ=255)
                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg                      <  1:1595380/48‑1 (MQ=255)
                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg                      <  2:684073/48‑1 (MQ=255)
                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt                     <  2:640595/49‑1 (MQ=255)
                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt                     <  2:5662921/49‑1 (MQ=255)
                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt                     <  1:3653493/49‑1 (MQ=255)
                           aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt                   <  1:2522215/50‑1 (MQ=255)
                           aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt                   <  1:1568821/50‑1 (MQ=255)
                           aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt                   <  1:3600315/50‑1 (MQ=255)
                            tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt                  <  2:353620/50‑1 (MQ=255)
                            tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt                  >  2:561067/1‑50 (MQ=255)
                              tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttttt                 <  2:907909/49‑1 (MQ=255)
                              tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttttt                 <  1:2875888/49‑1 (MQ=255)
                              tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa                >  1:2346163/1‑50 (MQ=255)
                              tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa                >  2:1910159/1‑50 (MQ=255)
                               gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa                <  2:724468/49‑1 (MQ=255)
                                ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc               >  1:395679/1‑49 (MQ=255)
                                ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc               >  2:2233226/1‑49 (MQ=255)
                                ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc               <  2:4767629/49‑1 (MQ=255)
                                 tAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa             >  1:3850908/1‑50 (MQ=255)
                                  aGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa             >  1:4094504/1‑49 (MQ=255)
                                  aGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa             <  2:1654098/49‑1 (MQ=255)
                                   gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa             >  2:3733566/1‑48 (MQ=255)
                                   gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACa           <  2:822542/50‑1 (MQ=255)
                                   gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACa           <  2:5062726/50‑1 (MQ=255)
                                   gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACa           <  2:2723362/50‑1 (MQ=255)
                                   gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACa           <  2:2756072/50‑1 (MQ=255)
                                    tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg          >  2:1410720/1‑50 (MQ=255)
                                    tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg          <  2:3060120/50‑1 (MQ=255)
                                    tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg          <  2:2056932/50‑1 (MQ=255)
                                      ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCGATTGTTTTTACGACAGt         >  2:11524/1‑49 (MQ=39)
                                      ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt        <  1:3671234/50‑1 (MQ=255)
                                      ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt         <  2:2735039/49‑1 (MQ=255)
                                      ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt         >  2:50449/1‑49 (MQ=255)
                                      ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt         >  1:4861052/1‑49 (MQ=255)
                                       tataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt        >  1:4962403/1‑49 (MQ=255)
                                        ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa      >  2:5713708/1‑50 (MQ=255)
                                        ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa      >  2:5791136/1‑50 (MQ=255)
                                        ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa      >  1:4047246/1‑50 (MQ=255)
                                        ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa      >  2:4551457/1‑50 (MQ=255)
                                         taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt     <  2:5267806/50‑1 (MQ=255)
                                         taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt     <  1:5641860/50‑1 (MQ=255)
                                          aaaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc    >  1:1090273/1‑50 (MQ=255)
                                           aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc    <  1:2040982/49‑1 (MQ=255)
                                           aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg   <  2:5459529/50‑1 (MQ=255)
                                           aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg   >  1:3439781/1‑50 (MQ=255)
                                           aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg   <  2:3974317/50‑1 (MQ=255)
                                               |                                              
AATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGT  >  NC_000913/4354868‑4354961

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A