Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A28 F999 I0 R1 113 27.6 2102982 97.5% 2050407 48.6

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA NC_000913 4,354,915 G→A intergenic (‑198/+39) lysU ← / ← dtpC lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NC_0009134,354,9150GA100.0% 152.0 / NA 38intergenic (‑198/+39)lysU/dtpClysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (18/20);  total (18/20)

ATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCG  >  NC_000913/4354869‑4354960
                                              |                                             
aTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaa                                             <  1:1702199/49‑1 (MQ=255)
 tGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaaa                                            <  1:628263/49‑1 (MQ=255)
   gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAg                                           <  1:1991139/48‑1 (MQ=255)
   gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt                                          >  1:1903364/1‑49 (MQ=255)
    tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt                                         <  1:1522532/49‑1 (MQ=255)
     ttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt                                         >  1:630639/1‑48 (MQ=255)
      tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa                                       >  1:967479/1‑49 (MQ=255)
        aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt                                      <  1:1313190/48‑1 (MQ=255)
         aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAttt                                    <  1:716159/49‑1 (MQ=255)
         aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAttt                                    <  1:323745/49‑1 (MQ=255)
         aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                     >  1:1109053/1‑48 (MQ=255)
         aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                     >  1:1299849/1‑48 (MQ=255)
           gACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                                  >  1:1050455/1‑49 (MQ=255)
               tattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                               >  1:1623605/1‑48 (MQ=255)
               tattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                               >  1:1246810/1‑48 (MQ=255)
                attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                              >  1:1861506/1‑48 (MQ=255)
                   aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc                           <  1:1173313/48‑1 (MQ=255)
                    aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc                          <  1:1970741/48‑1 (MQ=255)
                         gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt                       <  1:737570/46‑1 (MQ=255)
                         gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt                    >  1:188249/1‑49 (MQ=255)
                          aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt                   <  1:463523/49‑1 (MQ=255)
                           tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt                  >  1:1682197/1‑49 (MQ=255)
                           tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt                  <  1:53240/49‑1 (MQ=255)
                           tttGTGAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt                   <  1:1777984/48‑1 (MQ=255)
                             tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt                 >  1:345558/1‑48 (MQ=255)
                              gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttttt                <  1:1289261/48‑1 (MQ=255)
                               ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc              <  1:150326/49‑1 (MQ=255)
                               ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc              >  1:652181/1‑49 (MQ=255)
                                 aGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa            >  1:994403/1‑49 (MQ=255)
                                   tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa            >  1:1981404/1‑47 (MQ=255)
                                   tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACa          <  1:378231/49‑1 (MQ=255)
                                    gtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg         >  1:201822/1‑49 (MQ=255)
                                     ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt        <  1:1248089/49‑1 (MQ=255)
                                        taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa     <  1:341848/49‑1 (MQ=255)
                                        taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa     >  1:781219/1‑49 (MQ=255)
                                          aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt    <  1:1425023/48‑1 (MQ=255)
                                          aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc   <  1:839053/49‑1 (MQ=255)
                                          aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc   <  1:1835878/49‑1 (MQ=255)
                                           aCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg  <  1:1402223/49‑1 (MQ=255)
                                           aCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg  >  1:332005/1‑49 (MQ=255)
                                              |                                             
ATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCG  >  NC_000913/4354869‑4354960

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A