Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A14 F999 I0 R1
|
96 |
52.5 |
3964927 |
95.8% |
3798400 |
49.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,354,915 |
G→A |
intergenic (‑198/+39) |
lysU ← / ← dtpC |
lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,354,915 | 0 | G | A | 100.0%
| 218.7
/ NA
| 55 | intergenic (‑198/+39) | lysU/dtpC | lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (27/28); total (27/28) |
ATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCG > NC_000913/4354869‑4354960
|
aTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaaa < 1:121317/50‑1 (MQ=255)
tGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAg > 1:1076521/1‑50 (MQ=255)
tGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAg > 1:3961323/1‑50 (MQ=255)
tGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAg > 1:1593087/1‑50 (MQ=255)
ggTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt > 1:2556236/1‑50 (MQ=255)
gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt < 1:3357245/50‑1 (MQ=255)
gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt < 1:327610/49‑1 (MQ=255)
gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt > 1:3409995/1‑49 (MQ=255)
gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt < 1:2709019/49‑1 (MQ=255)
tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTa < 1:3372132/50‑1 (MQ=255)
ttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa > 1:3286557/1‑50 (MQ=255)
tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa < 1:826470/49‑1 (MQ=255)
tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa < 1:1361292/49‑1 (MQ=255)
aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt < 1:2800978/49‑1 (MQ=255)
aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt > 1:2784014/1‑49 (MQ=255)
aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt < 1:3862037/49‑1 (MQ=255)
aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa < 1:2806418/50‑1 (MQ=255)
aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa < 1:3674775/50‑1 (MQ=255)
aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa < 1:37884/50‑1 (MQ=255)
gACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt > 1:1263190/1‑50 (MQ=255)
aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt < 1:1865901/49‑1 (MQ=255)
aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt < 1:1414511/49‑1 (MQ=255)
aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTc < 1:3519960/50‑1 (MQ=255)
attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa > 1:3089229/1‑50 (MQ=255)
taATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc > 1:807958/1‑49 (MQ=255)
aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCaa < 1:3891131/50‑1 (MQ=255)
cGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt > 1:3168722/1‑50 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt > 1:1870582/1‑50 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt > 1:78218/1‑50 (MQ=255)
tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt < 1:1302283/50‑1 (MQ=255)
tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt < 1:3293925/50‑1 (MQ=255)
ttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGGTAATTTATTCATAACCAATTGtttt > 1:3187822/1‑49 (MQ=255)
tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttttt < 1:3349520/49‑1 (MQ=255)
tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttttt < 1:3313742/49‑1 (MQ=255)
tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttttt < 1:1181726/49‑1 (MQ=255)
tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa > 1:1776070/1‑50 (MQ=255)
gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc > 1:2600246/1‑50 (MQ=255)
ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc > 1:3834590/1‑49 (MQ=255)
ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc > 1:1915433/1‑49 (MQ=255)
tAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa > 1:2258152/1‑50 (MQ=255)
gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTTCGACa < 1:3250046/50‑1 (MQ=255)
gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGAc < 1:3362111/49‑1 (MQ=255)
tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg > 1:1332094/1‑50 (MQ=255)
ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt < 1:3875011/50‑1 (MQ=255)
ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt < 1:3139807/50‑1 (MQ=255)
ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt < 1:1435317/50‑1 (MQ=255)
ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt > 1:3348753/1‑49 (MQ=255)
ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt < 1:2765250/49‑1 (MQ=255)
tataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt > 1:310127/1‑49 (MQ=255)
tataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt > 1:2158894/1‑49 (MQ=255)
tataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt > 1:1398870/1‑49 (MQ=255)
tataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt > 1:979649/1‑49 (MQ=255)
taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt < 1:3921716/50‑1 (MQ=255)
aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg > 1:3645693/1‑50 (MQ=255)
aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg < 1:2714296/50‑1 (MQ=255)
aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg > 1:1992385/1‑50 (MQ=255)
|
ATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCG > NC_000913/4354869‑4354960
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
