Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F999 I0 R1
|
73 |
75.1 |
5586924 |
96.8% |
5408142 |
49.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,354,915 |
G→A |
intergenic (‑198/+39) |
lysU ← / ← dtpC |
lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,354,915 | 0 | G | A | 100.0%
| 403.3
/ NA
| 98 | intergenic (‑198/+39) | lysU/dtpC | lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (52/46); total (52/46) |
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
AATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGT > NC_000913/4354868‑4354961
|
aaTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaa < 1:3411947/50‑1 (MQ=255)
aaTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaa < 1:4289036/50‑1 (MQ=255)
aTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaaa < 1:925759/50‑1 (MQ=255)
tGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAg < 1:1007572/50‑1 (MQ=255)
tGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAg > 1:249053/1‑50 (MQ=255)
ggTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt > 1:605888/1‑50 (MQ=255)
ggTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt > 1:5015680/1‑50 (MQ=255)
gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt < 1:5538299/50‑1 (MQ=255)
gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt < 1:220318/50‑1 (MQ=255)
gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt < 1:2263472/49‑1 (MQ=255)
tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTa < 1:5108482/50‑1 (MQ=255)
tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTa < 1:2170692/50‑1 (MQ=255)
ttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa > 1:4277007/1‑50 (MQ=255)
ttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa > 1:3363945/1‑50 (MQ=255)
ttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa > 1:212451/1‑50 (MQ=255)
tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt > 1:2860712/1‑50 (MQ=255)
aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt > 1:482604/1‑50 (MQ=255)
aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt > 1:148212/1‑50 (MQ=255)
aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt > 1:539177/1‑50 (MQ=255)
aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt > 1:5467519/1‑50 (MQ=255)
aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt < 1:4029207/49‑1 (MQ=255)
aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAttt < 1:4522956/50‑1 (MQ=255)
aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAttt < 1:3913888/50‑1 (MQ=255)
aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAttt < 1:895632/50‑1 (MQ=255)
aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt < 1:979626/49‑1 (MQ=255)
aaTAACTTATTAATCTCGAGTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAttt < 1:2244752/50‑1 (MQ=255)
aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa > 1:2792368/1‑50 (MQ=255)
aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa > 1:2975053/1‑50 (MQ=255)
aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGGGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa > 1:3799571/1‑50 (MQ=255)
tGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt > 1:441563/1‑50 (MQ=255)
tGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt > 1:3221005/1‑50 (MQ=255)
tGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt < 1:829738/50‑1 (MQ=255)
tGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt < 1:4295808/50‑1 (MQ=255)
gACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt > 1:1605626/1‑50 (MQ=255)
cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa < 1:5012364/50‑1 (MQ=255)
cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa < 1:104482/50‑1 (MQ=255)
cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa > 1:3999625/1‑50 (MQ=255)
cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa < 1:1690256/50‑1 (MQ=255)
ttattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa > 1:4215843/1‑49 (MQ=255)
ttattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa > 1:2924293/1‑49 (MQ=255)
attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt < 1:3404200/48‑1 (MQ=255)
attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt < 1:5335527/48‑1 (MQ=255)
attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa > 1:5553546/1‑50 (MQ=255)
ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa < 1:289210/49‑1 (MQ=255)
ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa < 1:3805706/49‑1 (MQ=255)
ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc < 1:42102/50‑1 (MQ=255)
ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc < 1:5048774/50‑1 (MQ=255)
taATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc > 1:2995865/1‑49 (MQ=255)
taATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc > 1:4123645/1‑49 (MQ=255)
aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc < 1:520449/49‑1 (MQ=255)
aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc < 1:3346710/49‑1 (MQ=255)
aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc < 1:1323374/49‑1 (MQ=255)
aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc > 1:2785179/1‑49 (MQ=255)
tctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt > 1:941778/1‑50 (MQ=255)
tctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt > 1:3666944/1‑50 (MQ=255)
tctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt > 1:3724342/1‑50 (MQ=255)
cGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt > 1:3324505/1‑50 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt < 1:4318108/50‑1 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt > 1:4036148/1‑50 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt < 1:3299331/50‑1 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt > 1:2805509/1‑50 (MQ=255)
aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt > 1:2058946/1‑50 (MQ=255)
tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt > 1:3489984/1‑50 (MQ=255)
tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt > 1:262249/1‑50 (MQ=255)
tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt > 1:1079544/1‑50 (MQ=255)
tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa > 1:4420197/1‑50 (MQ=255)
tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa > 1:3849306/1‑50 (MQ=255)
tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa > 1:1705796/1‑50 (MQ=255)
gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa < 1:4238116/49‑1 (MQ=255)
gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa < 1:2968586/49‑1 (MQ=255)
gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa < 1:4255754/49‑1 (MQ=255)
ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc < 1:1834712/49‑1 (MQ=255)
ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc < 1:139386/49‑1 (MQ=255)
ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc < 1:1675814/49‑1 (MQ=255)
ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACg < 1:3820943/50‑1 (MQ=255)
gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGAc < 1:4952251/49‑1 (MQ=255)
gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACa < 1:1861674/50‑1 (MQ=255)
tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg < 1:3053722/50‑1 (MQ=255)
tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg > 1:2494274/1‑50 (MQ=255)
tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg > 1:1619504/1‑50 (MQ=255)
gtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt > 1:2454042/1‑50 (MQ=255)
gtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt > 1:4526682/1‑50 (MQ=255)
gtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt > 1:2476267/1‑50 (MQ=255)
ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt < 1:1044313/50‑1 (MQ=255)
ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt < 1:2762278/49‑1 (MQ=255)
ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt > 1:847248/1‑49 (MQ=255)
tataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt > 1:2433629/1‑49 (MQ=255)
ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa > 1:1692185/1‑50 (MQ=255)
ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa > 1:3531218/1‑50 (MQ=255)
ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa > 1:5437233/1‑50 (MQ=255)
ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTa < 1:1894503/49‑1 (MQ=255)
taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt < 1:3757778/50‑1 (MQ=255)
taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt > 1:2935244/1‑50 (MQ=255)
taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt > 1:4936939/1‑50 (MQ=255)
aaaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc > 1:1180256/1‑50 (MQ=255)
aaaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc > 1:4776708/1‑50 (MQ=255)
aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc < 1:1131237/49‑1 (MQ=255)
aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg < 1:896704/50‑1 (MQ=255)
aCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGt < 1:2801522/50‑1 (MQ=255)
aCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGt > 1:2159655/1‑50 (MQ=255)
|
AATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGT > NC_000913/4354868‑4354961
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
