Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A15 F999 I0 R1
|
92 |
59.4 |
4455785 |
96.3% |
4290920 |
49.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,354,915 |
G→A |
intergenic (‑198/+39) |
lysU ← / ← dtpC |
lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,354,915 | 0 | G | A | 100.0%
| 325.5
/ NA
| 79 | intergenic (‑198/+39) | lysU/dtpC | lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (46/33); total (46/33) |
AATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCG > NC_000913/4354868‑4354960
|
aaTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaa < 1:2914385/50‑1 (MQ=255)
aaTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaa < 1:452111/50‑1 (MQ=255)
aTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaaa < 1:2764310/50‑1 (MQ=255)
aTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaaa < 1:1735962/50‑1 (MQ=255)
tGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAg < 1:3044936/50‑1 (MQ=255)
tGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAg < 1:4367127/50‑1 (MQ=255)
ggTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt > 1:1824530/1‑50 (MQ=255)
gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt < 1:2576594/50‑1 (MQ=255)
gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt > 1:2738457/1‑49 (MQ=255)
tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt > 1:2911937/1‑49 (MQ=255)
tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt > 1:2037185/1‑50 (MQ=255)
tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt > 1:325478/1‑50 (MQ=255)
aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt > 1:1763791/1‑50 (MQ=255)
aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt < 1:4404867/49‑1 (MQ=255)
aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAttt < 1:4193529/50‑1 (MQ=255)
aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa > 1:282573/1‑50 (MQ=255)
aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTc < 1:1493567/50‑1 (MQ=255)
cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa > 1:1237399/1‑50 (MQ=255)
cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa < 1:507145/50‑1 (MQ=255)
cTTATTAATCTCGA‑TTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt < 1:1784053/50‑1 (MQ=255)
ttattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa > 1:2528792/1‑49 (MQ=255)
tattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt > 1:2171463/1‑49 (MQ=255)
attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt < 1:2264905/48‑1 (MQ=255)
attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa > 1:1905495/1‑50 (MQ=255)
attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa > 1:1927201/1‑50 (MQ=255)
attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa > 1:588073/1‑50 (MQ=255)
attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa > 1:343556/1‑50 (MQ=255)
attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATa < 1:2245682/49‑1 (MQ=255)
attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATa < 1:468005/49‑1 (MQ=255)
ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc < 1:3213209/50‑1 (MQ=255)
ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc > 1:3341139/1‑50 (MQ=255)
taATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc > 1:2179914/1‑49 (MQ=255)
taATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc > 1:4145495/1‑49 (MQ=255)
taATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc > 1:1134265/1‑49 (MQ=255)
aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc < 1:12195/49‑1 (MQ=255)
tctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt > 1:2220942/1‑50 (MQ=255)
tctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt > 1:3758971/1‑50 (MQ=255)
tctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTCATTCATAACCAAt > 1:664569/1‑50 (MQ=255)
ctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt > 1:3569747/1‑50 (MQ=255)
tcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg > 1:2857388/1‑50 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt < 1:2131922/46‑1 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg < 1:805860/48‑1 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg < 1:3129449/48‑1 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg < 1:4270637/48‑1 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt < 1:376182/50‑1 (MQ=255)
aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt > 1:3075608/1‑50 (MQ=255)
aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt > 1:3077507/1‑50 (MQ=255)
aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt > 1:550284/1‑50 (MQ=255)
tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa > 1:675363/1‑50 (MQ=255)
gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa < 1:1710915/49‑1 (MQ=255)
gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa < 1:2977865/49‑1 (MQ=255)
gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa < 1:2327644/49‑1 (MQ=255)
gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc > 1:1832604/1‑50 (MQ=255)
gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc > 1:2332594/1‑50 (MQ=255)
gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc > 1:4373373/1‑50 (MQ=255)
gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc > 1:147312/1‑50 (MQ=255)
ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc > 1:3063933/1‑49 (MQ=255)
ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc < 1:4191177/49‑1 (MQ=255)
ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACg < 1:3545822/50‑1 (MQ=255)
ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACg < 1:3124855/50‑1 (MQ=255)
ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACg < 1:462445/50‑1 (MQ=255)
tAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa > 1:3821340/1‑50 (MQ=255)
tAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa > 1:2920471/1‑50 (MQ=255)
tAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa > 1:2553235/1‑50 (MQ=255)
aGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa > 1:2159714/1‑49 (MQ=255)
aGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa < 1:2466190/49‑1 (MQ=255)
aGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa > 1:2636826/1‑49 (MQ=255)
gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGAc < 1:1395598/49‑1 (MQ=255)
tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg > 1:4180137/1‑50 (MQ=255)
gtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt > 1:281878/1‑50 (MQ=255)
gtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt > 1:1748117/1‑50 (MQ=255)
gtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt > 1:3848681/1‑50 (MQ=255)
ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt < 1:4207960/49‑1 (MQ=255)
ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt < 1:2501529/49‑1 (MQ=255)
ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt > 1:2896943/1‑49 (MQ=255)
ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt > 1:846396/1‑49 (MQ=255)
ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa > 1:2454069/1‑50 (MQ=255)
taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa < 1:3129401/49‑1 (MQ=255)
taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt < 1:3376077/50‑1 (MQ=255)
aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc < 1:562533/49‑1 (MQ=255)
aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg > 1:1515802/1‑50 (MQ=255)
aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg < 1:1490635/50‑1 (MQ=255)
aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg > 1:3126017/1‑50 (MQ=255)
|
AATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCG > NC_000913/4354868‑4354960
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
