Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A1 F999 I0 R1 72 72.2 7896259 97.8% 7722541 35.0

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA NC_000913 4,438,124 T→C W140R (TGG→CGG)  ytfI → protein YtfI

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NC_0009134,438,1240TC100.0% 411.3 / NA 94W140R (TGG→CGG) ytfIprotein YtfI
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (51/43);  total (51/43)

TCCGTTAGAACAAAACAGACGATTGTATGCCTGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTGACA  >  NC_000913/4438093‑4438154
                               |                              
tCCGTTAGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCggg                             >  1:2340572/1‑35 (MQ=39)
tCCGTTAGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCggg                             >  1:656967/1‑35 (MQ=38)
 ccGTTAGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGa                            <  1:4704300/35‑1 (MQ=39)
  cGTTAGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGat                           >  1:107545/1‑35 (MQ=39)
  cGTTAGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGat                           >  1:5433126/1‑35 (MQ=39)
  cGTTAGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGat                           >  1:7449844/1‑35 (MQ=255)
  cGTTAGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGat                           >  1:3635013/1‑35 (MQ=38)
  cGTTAGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGat                           >  1:6514674/1‑35 (MQ=255)
  cGTTAGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGat                           >  1:3355632/1‑35 (MQ=39)
   gTTAGAGCAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGata                          >  1:4235289/1‑35 (MQ=38)
   gTTAGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGata                          <  1:6013164/35‑1 (MQ=255)
   gTTAGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGata                          <  1:294456/35‑1 (MQ=255)
   gTTAGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGata                          >  1:7398412/1‑35 (MQ=255)
    ttAGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGatat                         <  1:2950775/35‑1 (MQ=39)
    ttAGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGatat                         <  1:3814485/35‑1 (MQ=39)
    ttAGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGatat                         >  1:2861193/1‑35 (MQ=255)
     tAGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATAtt                        <  1:3507308/35‑1 (MQ=39)
     tAGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATAtt                        <  1:415652/35‑1 (MQ=255)
      aGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTc                       <  1:2519209/35‑1 (MQ=255)
      aGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTc                       >  1:6017744/1‑35 (MQ=39)
      aGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTc                       >  1:7682588/1‑35 (MQ=255)
      aGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTc                       <  1:6136721/35‑1 (MQ=39)
      aGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTc                       >  1:5699511/1‑35 (MQ=255)
      aGAACAAAACAGACGATTGTACGCCCGGGATATTc                       <  1:160610/35‑1 (MQ=37)
       gAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCt                      >  1:7219570/1‑35 (MQ=255)
       gAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCt                      >  1:4518040/1‑35 (MQ=39)
       gAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCt                      >  1:1501175/1‑35 (MQ=39)
       gAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCt                      <  1:3785814/35‑1 (MQ=39)
       gAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCt                      <  1:6355157/35‑1 (MQ=255)
       gAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCt                      >  1:6031783/1‑35 (MQ=255)
       gAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCt                      >  1:2712501/1‑35 (MQ=255)
        aaCAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTa                     >  1:3181700/1‑35 (MQ=255)
        aaCAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTa                     <  1:6035995/35‑1 (MQ=39)
         aCAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTAc                    >  1:4548969/1‑35 (MQ=255)
          cAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACa                   <  1:3275095/35‑1 (MQ=255)
          cAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACa                   <  1:3127696/35‑1 (MQ=255)
          cAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACa                   >  1:3358289/1‑35 (MQ=39)
          cAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACa                   >  1:723963/1‑35 (MQ=255)
          cAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACa                   <  1:2276420/35‑1 (MQ=255)
          cAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACa                   <  1:2835055/35‑1 (MQ=255)
          cAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACa                   >  1:1481788/1‑35 (MQ=255)
           aaaaCAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAg                  >  1:4051099/1‑35 (MQ=255)
           aaaaCAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAg                  <  1:4550349/35‑1 (MQ=255)
           aaaaCAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAg                  <  1:925941/35‑1 (MQ=255)
           aaaaCAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAg                  <  1:2163820/35‑1 (MQ=255)
            aaaCAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGa                 >  1:7151370/1‑35 (MQ=255)
            aaaCAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGa                 <  1:4543845/35‑1 (MQ=255)
            aaaCAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGa                 >  1:2532345/1‑35 (MQ=255)
             aaCAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGaa                <  1:4498958/35‑1 (MQ=255)
             aaCAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGaa                <  1:3829778/35‑1 (MQ=255)
             aaCAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGaa                <  1:7462841/35‑1 (MQ=255)
             aaCAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGaa                <  1:4093020/35‑1 (MQ=255)
              aCAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGaaa               >  1:5692050/1‑35 (MQ=255)
              aCAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGaaa               >  1:2548801/1‑35 (MQ=255)
              aCAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGaaa               >  1:7542511/1‑35 (MQ=255)
               cAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGaaaa              <  1:3023446/35‑1 (MQ=255)
                 gACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGaaaaaa            <  1:7224593/35‑1 (MQ=255)
                 gACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGaaaaaa            <  1:1817937/35‑1 (MQ=255)
                 gACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGaaaaaa            >  1:6756768/1‑35 (MQ=255)
                 gACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGaaaaaa            <  1:719445/35‑1 (MQ=255)
                 gACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGaaaaaa            <  1:541077/35‑1 (MQ=255)
                 gACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGaaaaaa            <  1:4049531/35‑1 (MQ=255)
                  aCGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAAc           >  1:7234605/1‑35 (MQ=255)
                  aCGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAAc           >  1:2371665/1‑35 (MQ=255)
                  aCGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAAc           >  1:1406090/1‑35 (MQ=255)
                   cGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACa          >  1:7208589/1‑35 (MQ=255)
                   cGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACa          >  1:4774069/1‑35 (MQ=255)
                   cGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACa          >  1:6196778/1‑35 (MQ=255)
                   cGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACa          >  1:4687069/1‑35 (MQ=255)
                   cGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACa          >  1:6528500/1‑35 (MQ=255)
                      ttGTATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTc       <  1:5135864/35‑1 (MQ=255)
                      ttGTATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTc       <  1:2014661/35‑1 (MQ=38)
                       tGTATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCt      >  1:6874243/1‑35 (MQ=38)
                       tGTATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCt      <  1:5778415/35‑1 (MQ=38)
                       tGTATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCt      <  1:612502/35‑1 (MQ=38)
                       tGTATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCt      >  1:4330291/1‑35 (MQ=255)
                        gTATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTg     >  1:176596/1‑35 (MQ=38)
                        gTATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTg     >  1:7631881/1‑35 (MQ=38)
                         tATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTGa    >  1:7616894/1‑35 (MQ=255)
                         tATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTGa    >  1:94503/1‑35 (MQ=38)
                         tATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTGa    <  1:7005818/35‑1 (MQ=255)
                         tATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTGa    >  1:5619635/1‑35 (MQ=38)
                         tATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTGa    >  1:3660503/1‑35 (MQ=255)
                         tATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTGa    <  1:3013065/35‑1 (MQ=38)
                          aTGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTGAc   >  1:2109796/1‑35 (MQ=255)
                          aTGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTGAc   <  1:1522838/35‑1 (MQ=255)
                          aTGCCCCGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTGAc   <  1:3315298/35‑1 (MQ=37)
                           tGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTGACa  <  1:7088654/35‑1 (MQ=255)
                           tGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTGACa  <  1:6138039/35‑1 (MQ=255)
                           tGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTGACa  >  1:4925356/1‑35 (MQ=38)
                           tGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTGACa  >  1:448964/1‑35 (MQ=255)
                           tGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTGACa  <  1:2762737/35‑1 (MQ=255)
                           tGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTGACa  <  1:1706890/35‑1 (MQ=255)
                           tGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTGACa  >  1:1183235/1‑35 (MQ=255)
                               |                              
TCCGTTAGAACAAAACAGACGATTGTATGCCTGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTGACA  >  NC_000913/4438093‑4438154

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A