Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A10 F13 I0 R1
|
150 |
9496.0 |
7621532 |
98.4% |
7499587 |
136.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
2,148,115 |
T→G |
12.1% |
L126R (CTG→CGG) |
panF → |
sodium/pantothenate symporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 2,148,115 | 0 | T | G | 12.1%
| 247.2
/ 2.9
| 156 | L126R (CTG→CGG) | panF | sodium/pantothenate symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (44/86); new base G (20/3); total (67/89) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.97e-06 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
GCGATGATTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTAT‑GAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGTAT > NZ_CP022686/2147976‑2148254
|
gCGATGATTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGtggct > 8:726413/1‑140 (MQ=255)
cGATGATTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGtggctg < 3:153120/140‑1 (MQ=255)
cGATGATTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGtggctg < 2:689112/140‑1 (MQ=255)
gatgatTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTGGGGTgtgggtgg > 6:252560/1‑140 (MQ=255)
gatgatTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTGTTGGgtgggtgg > 2:298458/1‑140 (MQ=255)
atgatTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGtggctggc < 6:269166/140‑1 (MQ=255)
gatTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGtggcgggagg > 4:840445/1‑137 (MQ=255)
ttCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTAGCAATTCTTGCGAGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCACCCTACCAGAGTCGTCTTCTGTTGTTGCGGGGgaag > 8:362243/1‑138 (MQ=255)
tCAGCTTCCTGCAGTCTGCCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGAGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCATCTGGTGTGGCTGGGcagtt > 2:216053/1‑140 (MQ=255)
aGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGTGGGTGGGgagtttt > 5:49360/1‑139 (MQ=255)
cTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCgagtttgag < 6:775443/140‑1 (MQ=255)
tCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACACTGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCgagtttgagtt < 5:359239/140‑1 (MQ=255)
tCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGTCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGACCGCTAACAGAGTCGTGGTCAGGGGTGGCTGGCGGGGTTGTGTGTGGTGGtt > 4:266478/1‑140 (MQ=255)
tCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATTCTGTGTGCCCGCTACCAGAGTCGGGTGCTGGTGTGGGGGGGGaggttgggtttgaggggg > 7:722423/1‑134 (MQ=255)
tCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCTTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGGTTGAGTTTGCTGGtt > 4:664121/1‑140 (MQ=255)
tCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTTTGGCTGGCGAGTTTTAGTTTTGTGGtt > 2:666841/1‑140 (MQ=255)
tCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTCGAGTTGCTGGCGGGTTTTAGTTTTCTgggt > 1:445943/1‑138 (MQ=255)
tCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTGGGGTGTGGGTTGGGATGTTGTGGTTGGTGGtt > 3:327138/1‑140 (MQ=255)
gcTGGCTTTCGCGCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACATTGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGtt < 6:144671/139‑1 (MQ=255)
gCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTTGGTGGGGAGTTTGAGTTTTGTGGTTGggt > 5:742538/1‑140 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcgtt < 1:498681/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcgtt < 7:287256/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcgtt < 2:821607/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcgtt < 1:740948/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcgtt < 1:674933/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGTGGGTGGCGAGTTTGATTTTGGTGGGTTcgttagtt > 4:537713/1‑140 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGGCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcgtt < 4:21332/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATGCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcgtt < 1:244580/140‑1 (MQ=255)
gCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTTCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTTGTGTGGCCGTCGAGTTTTAGTTTTCTGGGTGAGGTCGTTg > 4:423056/1‑140 (MQ=255)
gCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTg < 8:118883/140‑1 (MQ=255)
aTTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGAt < 2:930593/140‑1 (MQ=255)
cGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTGTGGGGGGGCGGGCGAGTTTGAGTTTGGTGGGGGGGTTGGTTGGTGCGATGACCg > 8:266577/1‑140 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCACTTCTTGCGCGCCGCTAGAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTg < 6:11550/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATTCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTg < 5:851702/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTg < 3:215617/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTg < 7:141017/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTg < 5:545992/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGAGTGGCGGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTg < 8:162997/140‑1 (MQ=255)
cAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGc < 1:968134/140‑1 (MQ=255)
aagaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGGTGGCGAGTTTGAGTTTTCTGGTTGGGGTCGTTGGTGCGATGCCCGTGCa > 6:316156/1‑140 (MQ=255)
ttCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTAt < 1:622882/140‑1 (MQ=255)
aTTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGGCGGCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATcggcgg < 5:612163/140‑1 (MQ=255)
ttGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTGTGGTGTGGGTTGCGAGGTTTAGTTTGGTGGGTGGGTTAGGTGGTGCGATGACCCTGCGGTTTTTaggcgggtcg > 6:689255/1‑136 (MQ=255)
cgcgcCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTCAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTgcgcgc < 1:302945/140‑1 (MQ=255)
gcgcCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGcc < 5:323315/140‑1 (MQ=255)
ccgcTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACAAGAGTCGTGTTGTGTTGTTGCTGGGGAATTTTTGTTTTATTGTTTAGGTATTTGGTGAGATGATCGAGCGGTTTTTAGGAGGTTCGCGActgc > 8:413381/1‑140 (MQ=255)
cAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGGCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGaaa < 1:34563/140‑1 (MQ=255)
tGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTCTGGGGTGGGTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGGTAGGTTGTGCGATGACCGTGCAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCTGCTGGaaaacc > 7:532886/1‑137 (MQ=255)
tGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTGTGGGGTGGGTGGGGAGTTTGTGTTTGGTGGTTTGGTTTGTTGGTGGGAGGACCGGGCCGTTTATCGGGGGTGCGCGCCTGCTGGacaacc > 7:607666/1‑135 (MQ=255)
gCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgc < 4:386824/140‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAAGGATATGCTGTTTGCCCGATACCATAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGGTGGTTGCGGTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCTGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg < 1:596361/140‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg < 3:614592/140‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg < 8:656204/140‑1 (MQ=255)
gTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGGTGGGTGCGGTCGTTGGTGGGGTGGCCGTGCAGTTTATAGGCGGGGCGCGCCTGCTGGGAACCgcggc > 4:614592/1‑140 (MQ=255)
gTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTGTGGTGTGGGGGGGGAGTTTGAGGTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGGGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCgcggc > 8:148971/1‑140 (MQ=255)
gTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCGGGTGGGGCTGGCGAGTTTGAGGTTGCTGGGTGCGGTAGGTGGTGCGATGACCGGGCAGTTTATAGGCGGGGCGCCCCGGCGGGCAACCgcggg > 6:593944/1‑139 (MQ=255)
tGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTCTGGGGTGGGTGGGGAGTTTGAGTTTTGTGGTTGGGGTGGTTTGTTCGATGACCCTGGAGTGTATAGGCGGTTCGCGCCAGCTGGAAACCgcggcg > 6:49263/1‑140 (MQ=255)
tGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGTGTGGGTGGCGAGGTTGAGTTTGGGGGGTGGGGTGGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTTTAGGCGGTGCGCGCCAGGTGGTAACCccggcg > 3:918832/1‑140 (MQ=255)
tGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTATGGGGTGGGGGGCGGGGTTGAGGTTTGTGGTTGCGGTGGGTGGTGCGCGGTCCGGGGAGTTTATAGGCGGTGCGGCCCGGCTGGTAACCgcggcg > 6:193613/1‑140 (MQ=255)
tGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTAGGGGGTGGCTGGGGAGGTTGAGTTTGGTGGGTGCGGTAGGTGGTGCGATGACCCTGGATTTTATCCGCCGGGCGCGCCGGCGGGAAACCcccgcg > 2:745598/1‑140 (MQ=255)
tGAACGATATGAGGTTTGCCCGATACCAGAGGCTTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGTTTGAGGTCGTTGGTGCGATGACAGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTAtt < 7:223653/140‑1 (MQ=255)
aaCGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTGTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGGTGGTTTCGTTGGTTGGTGCGAAGCCCGTGGAGTTTATAGGGGGTGCGCGGCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTAttac > 2:46955/1‑138 (MQ=255)
aaCGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGGGTGGGTGGCGAGTTTGAGTTTTGTGGTTGCGTTCGTTGGTGGGGTGACCCTGCAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCAGCGGGGAACCGCGGCGGGGATTcc > 2:316986/1‑140 (MQ=255)
gATATGCTGTTGGCCCGCTACCAGTGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTGGAGTTTGCGGGTTGCGTGCGTTGGTGCGATGACCGGGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTa < 5:901487/140‑1 (MQ=255)
tttGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTCTTGTGTTGCGGGGGAGTTTGTGTTTGATGGTTGCGTTAGGTGGTGGGATGACCGTGCAGTTTATAGGCGGTGAGCGCCAGCTGGAAACAGCGGCGGGTATTAATTAT‑Taaaaccg > 6:471618/1‑136 (MQ=255)
tttGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGTGGGGGGGGGGAGTTTTAGTTTGGTGGTTGGGGTCGGTGGTGGGGTGTCCGTGCAGTTTATAGGGGGGGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGGGGGTGTTCCGTAT‑GAAACCgg > 8:549429/1‑140 (MQ=255)
tttGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTTTGGGGTGGCTGGCGAGTTTTAGTTTTCTGGTTGGGTTAGTTGGTGCGATGACCGGGCAGTTTTTAGGAGGTGCGCGCCGGCTGGGAACCGCGGCGTGTGTTCCTTAT‑TAAAACgg > 4:768242/1‑140 (MQ=255)
tttGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTGAGGTGTGGCTGGCGAGTTTTAGTTTTCTGGTTGCCTTCGTTGGTGCCAAGACCCGGGAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCTGCAGGAAAACGCGGGGGGTATTACTTAT‑GTAACCgg > 4:422922/1‑140 (MQ=255)
ttGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTAT‑GAAACCggg < 7:404670/140‑1 (MQ=255)
gCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGTGTGGGTGGCGCGTTTGAGTTTTGTGGTTGGGTTCGTTTGTGGGATGACCGTGGCGTTTATCGGCGGGGCGCGCCAGCGGGAAACCCCGGCGGGGTTTGCTTAT‑GAAAACGGgcg > 2:680142/1‑139 (MQ=255)
gCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCGGGGGGGGCGGGGGAGTTTGTGTTTGCTGGGTGGGGTGGTTGGTGGGTTGACCGTGCAGGTTTTAGGCGGTGGGCGCCGGCTGGGAACCGCGGCGGGGGTTGCGTATGGAAACCggcg > 6:734832/1‑138 (MQ=255)
gCCCGCTACCAGAGTCGTCTTGTGGTGTGGGGGGGGAGTTTGAGTTTGCTGGGTGCGTTCGTTTGTGCGATGACCGTGGAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCAGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTGCGTAT‑GAAACCGGgcg > 6:549790/1‑139 (MQ=255)
cGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTAT‑GAAACCGGgctgct < 8:697076/140‑1 (MQ=255)
tcgtcgTCTGGTGTGGCTTGCGAGTTTGAGTTTTCTGGTTGGGTTAGTTTGTGCGATTACCGTGCAGTTTATCGGCGTTGCGCGCCAGCTGGAAACCGCGGCGGGGATTCCTTAT‑GAAACCGGGCTGCGGATTTTAGGtt > 6:870871/1‑139 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGGTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTAT‑GAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 5:309903/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTGTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGAAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTAT‑GAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 1:870415/140‑1 (MQ=255)
cgtcTGCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGAGCAGTTTATCGGCGGTGAGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTAT‑GAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 8:301678/140‑1 (MQ=255)
gtcgtcTGGGGTGGCTGGCGAGTTTGAGGTTGCAGGTTTCCGTCGTAGGTGCGATGACCGTGCAGGTTATCGGCGGTGCGCGCCAGCTGGAAACCGCTGCGGGTATTACTTAT‑TAAACCGGGGTGCTGAATTTCGGTAtg > 8:844523/1‑139 (MQ=255)
gtcgtatGGTGTGGCAGGGGAGTTTGAGTTTTCTTGTTGCGTTAGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCCGCTGGGAACCGCGGCGGGGATTGCTTTT‑TAAAACCGGCTGGTGATTTTCTGTAtt > 2:96080/7‑139 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTAT‑GAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 7:800675/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTAT‑GAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 4:328563/140‑1 (MQ=255)
gctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTAT‑GAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 1:181313/139‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATTAACGTGCAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCCCGGCCGGTATTCCATAT‑GAAACCCGGCAGCAGATTTTCGGTATAAGCaat > 6:913667/1‑138 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTAT‑GAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 3:373001/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTAT‑GAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 7:18056/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTAT‑GAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 6:743334/140‑1 (MQ=255)
gggggtgGCTGGCGCGTTTGAGTTTGCTGGGTGCGTGCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGGGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTAT‑GAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 1:327847/136‑1 (MQ=255)
gggTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGGTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTAT‑GAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 8:596009/139‑1 (MQ=255)
gtgtGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGAATACAGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTACTTAT‑GAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATAATCAtttc > 7:488671/1‑138 (MQ=255)
tgtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTAT‑GAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 1:527794/140‑1 (MQ=255)
tgtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGGGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTAT‑GAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 8:494304/140‑1 (MQ=255)
tgtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTGCGTTGGAGCGATGAACGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGATACCGCGGCGGGTATTCCTTAT‑GAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 8:449632/140‑1 (MQ=255)
tgtgGCTGGCGAGTTTGAGTGTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTAT‑GAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 7:174932/140‑1 (MQ=255)
gttgctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGAGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGACACCGCGGCGGGTATTCCTTAT‑GAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCCGCATTGCGt < 7:894510/137‑1 (MQ=255)
gtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGGGCGATGACCGTGCAGTTAATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTAT‑GAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGt < 8:36615/140‑1 (MQ=255)
tggctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACAGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCATTAT‑GAAACCGGGCTGCTGATTTTAGGTATCAGCATTGCgat > 4:951773/1‑138 (MQ=255)
tggctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGACGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCTGGTATTCATTAT‑GAAACCGGGCTGCTGATTTTCGTTATCAGCATTGCGtt > 1:778874/1‑140 (MQ=255)
gctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATcgg > 7:375336/1‑60 (MQ=255)
gctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTAT‑GAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGt > 6:493092/1‑140 (MQ=255)
tggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGCTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTAT‑GAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGtat > 8:478618/1‑140 (MQ=255)
|
GCGATGATTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTAT‑GAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGTAT > NZ_CP022686/2147976‑2148254
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
