Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A8 F12 I0 R1
|
158 |
5737.7 |
7407908 |
98.3% |
7281973 |
135.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
2,148,115 |
T→G |
15.1% |
L126R (CTG→CGG) |
panF → |
sodium/pantothenate symporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 2,148,115 | 0 | T | G | 15.1%
| 220.0
/ 5.4
| 136 | L126R (CTG→CGG) | panF | sodium/pantothenate symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/80); new base G (23/2); total (54/82) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.96e-09 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 151 total aligned reads displayed.
GATGATTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGT > NZ_CP022686/2147978‑2148252
|
gatgatTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTCTGGTgtgggtgg > 2:963169/1‑140 (MQ=255)
gatgatTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTGTTGTGgggctgg > 3:327332/1‑140 (MQ=255)
gatgatTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGtggctgg < 3:471127/140‑1 (MQ=255)
tCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCgagtt < 3:668947/140‑1 (MQ=255)
cTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTTGGGTGTGGCGGGCgggtgtttg > 3:876743/1‑135 (MQ=255)
cTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCgagtttgag < 6:189932/140‑1 (MQ=255)
cTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGTGTGGCGGGCGTGTTTGAGTTTGCTGGTTg > 2:591570/1‑140 (MQ=255)
tGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGGTGGCGAGTGTGAGTTTGGTGGTTgg > 5:715421/1‑139 (MQ=255)
tGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGtt < 7:758946/138‑1 (MQ=255)
tGGCTTTCGATAGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCTCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGc < 6:285701/140‑1 (MQ=255)
gCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGTGTGGGGGGCGCGTGTGATTTTGGTGGtttggt > 5:97160/1‑136 (MQ=255)
tttCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGCCGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTTGTCGGGTGTGGGTGGGGCGGTTGAGTTGTCTTGTTGcgt > 7:487629/1‑138 (MQ=255)
ttCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcg < 5:879023/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTGTGGTGGGGCGGGGGAGTTTTAGTTTGGTGGTTGagttggtt > 6:652790/1‑140 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcgtt < 6:24598/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcg < 8:526671/138‑1 (MQ=255)
gCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTg < 6:29484/140‑1 (MQ=255)
tCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTCTGGTGGGGGGGGCGAGTTTGAGTTTTAAGGGTGcgttaggtt > 7:431646/1‑133 (MQ=255)
gTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGATCGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTGGGGTGTGGGGGGCGAGTTTGAGTTTTGTGGTTGCGGTCGGTGGTGCg > 6:849999/1‑140 (MQ=255)
tctcGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGa < 6:757976/140‑1 (MQ=255)
tctcGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGa < 3:108680/140‑1 (MQ=255)
tctcGGCAAGAAGGTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTATGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGGTGGTGCGATGa < 2:225002/140‑1 (MQ=255)
cGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGGGGGGGGGGGGGGGTTTAGTTTGGTGGGTGGGGTCGTTGGTGGGATGACCg > 4:107959/1‑140 (MQ=255)
ggCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTATGGTGTGGCGGGCGAGTTTTTGTTTGCTGGGTGGGGTGGTTGGTGCGATGAcc > 8:591030/1‑138 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTg < 5:127723/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGGTTGCTGGTTGCGGTCGTTGGTGCGATGACCGTg < 6:509905/140‑1 (MQ=255)
cAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGc < 5:717992/140‑1 (MQ=255)
cAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCGGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGTCGAGTTTGAGTTTGCGGGTTGCGTTCGGTTGTGCGATGACCGt < 7:685791/138‑1 (MQ=255)
aagaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTGTGGTGTGGCTGGCGATTTTGTGTTTGGTGGTTGGGTTAGTTGGTGCGATGACCGTGcc > 6:307253/1‑139 (MQ=255)
aagaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTATGGTGTGGCTGGCGAGGTTTAGGTTGGTGGGTGGGTTAGTTGGTGCGAAGACCGTGcc > 2:360646/1‑139 (MQ=255)
aagaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCGGGGGGTGGGGGCGAGTTTTTGTTTTATGGGTGGGTTGGGTGGTGGGATGACCGTgga > 5:809046/1‑138 (MQ=255)
agaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGGTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAg < 6:447234/140‑1 (MQ=255)
agaagTTCGCAAATCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGAAGCTGAAAGATATGCTGTTTGCCCGCTTCCAGAGTCGTCTTCTGGTGGGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGGTCGTTGGTGCGATGTCCGTGCAg < 3:404655/140‑1 (MQ=255)
tCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGTGTGGCGGGGGAGTTTGTGTTTTGTGGTTGCGGTTGTTGGTGGGATGACCGGGGAGTTTAta > 3:255654/1‑139 (MQ=255)
gCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATcgg < 5:738647/140‑1 (MQ=255)
gCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATcgg < 4:742183/140‑1 (MQ=255)
ttCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTGTGGTGTTGGTGGCGAGTTTTTGTTTTGTGGTGTGGGTCGTTGGTGCGTTGTACGTGGGGTTTATcgggggg > 4:268624/1‑139 (MQ=255)
tGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTgcgc < 2:110912/140‑1 (MQ=255)
gcgcgcCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGAGATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTGTGGGGTGGCGGGCGACTGTGATGTTGCTTGGGGCGGTAGTTGGGGCGGTGCCCGGGCCGTTTTTAGGCGGGgcgcg > 6:276934/1‑140 (MQ=255)
cgcgcCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTgcgc < 7:189696/138‑1 (MQ=255)
gcgcCGCTACAATGCGGTGACGCTGACCGAGATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGGCGGGGGGGGCGGGGGGGTTGTGGGTTGCTGGGTGCGGTGGTTTGTGCGCTTACCGGGCTGGGTTTGGGCGGGgcgcg > 8:283587/1‑138 (MQ=255)
tGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTCTGGGGTGGCTGGGGAGTTTGAGTGTTGGGGTGGCGGTGGTTGGTGCGCTGACCGGGCAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCGGCT‑GGGAAccc > 1:457105/1‑139 (MQ=255)
tGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACAAGAGTCGTCGTATGGTGTGGAAGGCCAGGTTTAATTTGGTGGTTGCGTTGGTTGGTGCGATGACCGGGCAGTTTATCGGGGGTGCGCCCCAGCG‑GGAAAcac > 2:126770/1‑138 (MQ=255)
cGGTGACGCTTAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACcgcg < 2:792484/140‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATTTGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCGGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACcgcg < 1:485486/140‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTCCCAGAGTCGTCGTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGGTGGTTGCGTTCGTTGGTGGGATGACCGGGCAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCAGCT‑GGAAACcgcg > 4:345210/1‑140 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGTGTGGGTGGCGAGTTTTTGGTTTCTGGGTGCGGTGGTTTGTGGGGTGCCCGGGCAGTTTTAAGGCGGTGCGCGCCGGCTGGGAAAcccg > 1:377993/1‑138 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACcgcg < 3:434660/140‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACcg < 7:32510/138‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTGCTGGGGTGGGTGGGGAGGTTTGGGTTGGTGGTTGCGTGCGTTGGTGGGCTTGCCGTGCCGTTTTTCGGCGGTGCGCGCCGGGT‑GGGAACcgcg > 4:271746/1‑140 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGGCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTAATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACcgcg < 5:664777/140‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCAGCTAACAGAGTCGTCTTATGGTGTGGCTGGGGAGTTTTATTTTTAAGGTTGGGGTAGGTTGGGCGATGAGCTTGCGGTTTTTAGTCGGTGCGCGACTGCT‑GGTAAAcgcg > 2:32872/1‑140 (MQ=255)
gTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGTGTTGGTGGCGAGTTTTAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTTGTGGGATGGCCCTGCAGTTTATAGGCGGGGCGCGCCAGCT‑GGAAACCccggc > 4:15520/1‑140 (MQ=255)
gTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCgcggc < 4:326371/140‑1 (MQ=255)
gTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTGTGGGGTGGGGGGCGAGGTTTAGTTTGCGGGGTGGGGTGGGTGGTGGGATGAACGTGGAGGTTATAGGGGGTGCGCGCCGGCT‑GGGAACcgcg > 8:302292/1‑138 (MQ=255)
tGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTGTGGTGGGGGTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTAGTTTGTGCGATTACCGGGCAGGTTTTAGGGGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCgcggcg > 6:418264/1‑140 (MQ=255)
tGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTATGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCGTGTTGCGTTCGTTGGTGCGTTGACCGTGGAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGGAACCccggcg > 4:865327/1‑140 (MQ=255)
tGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGTGGGTGGCGAGTTTTAGTTTTGTGGGTGGGGTAGTTGGTGCGGTTACCGTGCAGTTTTTAGGCGGGGCGCGCCGGCG‑GGAAAACgcggcg > 6:184594/1‑140 (MQ=255)
tGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGTGGCGGGCGAGGTTTTGTTTGCTGGTTGAGGTCGGTGGTGCGATGCCAGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCGGCG‑GGAACCCgcggcg > 5:681671/1‑140 (MQ=255)
gCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTCTGGGGTGGCGGGCGAGTTTGAGTTTGGTGGGTGGGTTCGTTGGTGGGATGACCCGGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAAACGCGGCggg > 8:529297/1‑138 (MQ=255)
gCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTGTGGGTTGGGGGGCGGGGTTGAGTTTGGGTGTTGGGGTAGTTGGGGCGATTACCGGGGAGGTTTTAGGCGGTGCGCGCCGGCG‑GGGCACCGCGGCggg > 8:194621/1‑138 (MQ=255)
gCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGtggct < 7:586865/51‑1 (MQ=255)
gCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTa < 4:126978/140‑1 (MQ=255)
tGAACGATCTGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGGGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTAtt < 1:828701/140‑1 (MQ=255)
tGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTAtt < 4:421653/140‑1 (MQ=255)
tatGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGTGTGGCTGGGGAGGTTGTGTTTTGTGGTTGGGGTGGTTGGTGGGATGTCCGTGCAGTTTATAGGCGGGGCGCGCCTGCT‑GGCAACCGCGGCGGGTATTAATTAtt > 1:388109/1‑139 (MQ=255)
atGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTGTGGGGTGGGTGGCGATTTTGTGTTTGGTGGGTGCGTTGGTTGGTGGGGTGTCCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGACACCCCGGCGGGTGTTGCATATGa > 2:490632/1‑140 (MQ=255)
gCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGaaa < 1:198213/140‑1 (MQ=255)
tttGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGTTGCGGGCGAGGTTGAGTTTGGTGGTTTCGTTAGTTGGGGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGGGGGTTTTGCTTATGAAACCgg > 4:547140/1‑140 (MQ=255)
gCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCGGGTGTGGGTGGGGAGTTTTAGGTTGGTGGGGGGGGTCGTTGGTGCGCTGACCCGGCCGGTTTTCCGCGGTGCGCGCCCGCT‑GGAAACCGGGGCGGGGTGTCCGTATGAAACCGGgcg > 6:154389/1‑139 (MQ=255)
agcgtcgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTc < 1:757557/137‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGTCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGGAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGATACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAATCCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 3:176402/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 3:218999/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 5:652790/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGGTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 4:828155/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGGTGCGTGCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGGTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 3:708616/140‑1 (MQ=255)
tctGTTGTGGCTGGCGCTTTTGAGTTTGCTGGTTGCGGTCGGGGGTGCGATGACCATGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGAGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 6:52526/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 2:758874/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 3:590726/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 3:768895/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGGTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 1:947920/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGGTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 5:799262/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGGTGGCGAGTTTGAGTGTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGACTGCT‑GGAAACCGCGTCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTTTCAGCAtt < 5:219345/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 4:168647/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGTGTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 1:909381/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGCTTGAGTTTGCTTGTTGCGTTCGTTGGTGCGAGGACCGTGAAGAGTCTCGGCGGTGCGCGCCTTCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 7:130340/138‑1 (MQ=255)
gggTGTGGATGGCGTTGTTGCGTGTTCGGGGTGCTTTCGTTGGTGAGATGACCGTGCATTTTATCGGCGTGGCTCGCCTGCT‑GTACACCGCGGCGGGTATTCATTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 2:269676/139‑1 (MQ=255)
gtgtGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTTCGGTAGTTGGTGCGATGACCGTGCATTTTATAGGCGGTGCGCGCCTTCT‑GTAAACCCCGGCCGGTATTCCTTATGAAAACGGGCTTCTGATTTTAGGTATCAGCAtt > 7:575388/1‑138 (MQ=255)
gtgtGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATTAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCATCATTGc > 1:946780/1‑140 (MQ=255)
tgtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTCTCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 2:222136/140‑1 (MQ=255)
ggtgGCTGGCGAGTTTGAGATTGCTGGTTGCGTGCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCGGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 5:175076/139‑1 (MQ=255)
ggcggctggcGAGTTTGAGTTTGCGGGGGGCGGTCGGTGGGGCGATGACCGTGCAGTTTAGCGGCGTTGCGCGCCTGCT‑GCAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 6:385382/137‑1 (MQ=255)
gtgGTTGGCGAGTTTGAGTGTGCTGGTTGCGTTCTTTGGTGCGATGACCTTTCAGTTTATCGGAGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGTGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCTGTATCAGAATTGCGt < 2:364798/140‑1 (MQ=255)
tggctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGtt > 1:751613/1‑140 (MQ=255)
tggctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATATTCGGTATCAGCATTGCGtt > 4:620623/1‑140 (MQ=255)
tggctggcGAGTTTGAGTTTGATGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAACACGGGCTGCTGATTTTCGGGATCAGCATTGCGtt > 6:133667/1‑140 (MQ=255)
gggctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGAGGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGAATTTCGGTATCAGCATTGCGtt < 1:24505/139‑1 (MQ=255)
gggctggcGAGTTTGAGTGTGCTGGTTGCGTGCGTGGGTGCGAGGCCCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 7:203156/137‑1 (MQ=255)
gctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 7:824806/131‑1 (MQ=255)
tggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGAGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTTTTCCTTATGAAACCGGGCTGCGGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGt > 7:281625/1‑138 (MQ=255)
|
GATGATTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGT > NZ_CP022686/2147978‑2148252
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
