Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F13 I0 R1
|
235 |
6960.4 |
9135780 |
98.4% |
8989607 |
135.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
2,148,115 |
T→G |
10.4% |
L126R (CTG→CGG) |
panF → |
sodium/pantothenate symporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 2,148,115 | 0 | T | G | 10.4%
| 339.2
/ 4.2
| 180 | L126R (CTG→CGG) | panF | sodium/pantothenate symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/122); new base G (20/4); total (53/127) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.89e-09 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
CGATGATTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGT > NZ_CP022686/2147977‑2148252
|
gatgatTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATGTGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGtggctgg < 1:597672/140‑1 (MQ=255)
gatgatTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTGTGTTGtggctgg > 2:615950/1‑140 (MQ=255)
gatgaaTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGtggctgg < 8:675708/140‑1 (MQ=255)
atgatTCAGCGTCCTGCAGTCTGGCGTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGCAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGtggctggc < 8:188628/140‑1 (MQ=255)
tCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCgagtt < 2:1107658/140‑1 (MQ=255)
tgCTTCCTGCTGTCTGTCTTTCGCTCGGTAGTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGAGGGTGAACGATATGCTGTTTGCCCGGTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCgagtt < 4:14755/137‑1 (MQ=255)
cTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCgagtttg < 4:568239/138‑1 (MQ=255)
cTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTTGTGTGGGTGGCgagtttgag > 1:826935/1‑140 (MQ=255)
tCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTGTGGGGGTGCTGGAgaggtttagttttgggggt > 2:432563/1‑133 (MQ=255)
gcTGGCGTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGATCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGtt < 2:825262/139‑1 (MQ=255)
tGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTGAGGGGGTGGGGTGCGAGTTTGTGTGTTCTGGTTgg > 6:589090/1‑139 (MQ=255)
cTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGCACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGGGTGGTGTGGCAGGCGAGGTTGAGTTTGCTGTTTGcg > 4:635492/1‑138 (MQ=255)
cTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgtt < 2:331342/140‑1 (MQ=255)
cgcgcgGTATTCTCTGCAAGAAGTTCGCACTTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCATAGTCGGCTTCTGGTGTGGCTGGCGTGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcgtt < 5:504520/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGATGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcgtt < 7:147347/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcgtt < 1:1117886/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcgtt < 5:263823/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAAGTCTTGCGCGCAGCTACAATGCGGTGACGCGGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcg < 4:1128810/138‑1 (MQ=255)
tATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGc < 4:230068/138‑1 (MQ=255)
tATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGa < 8:6242/140‑1 (MQ=255)
tATTCTCGGCAAGAAGGTCGCAATGCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGa < 6:231355/140‑1 (MQ=255)
ttCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTCGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATg < 5:842896/140‑1 (MQ=255)
tctcGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCGGGTGTGGCGGGCGAGGTTGTGTTTGCGGGTTTCGGTCGTTGGTGCGATgg > 8:730752/1‑139 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATTCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTg < 1:245635/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGGGGGGCGGGCGAGTTTTGTTTTGCGGGTTGGGGTCGGTGGTGCGGTGGCCGTg > 8:883076/1‑140 (MQ=255)
cAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTTCAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGc < 2:689978/140‑1 (MQ=255)
aagaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTCTGGGGTGGCTGGCGGGGTTGAGTTTGGTGGTTGGGTTCGTGGGTGCGATGAGCGTGcc > 6:698726/1‑139 (MQ=255)
aagaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCa < 8:841118/140‑1 (MQ=255)
aagaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGGCGGGTGTGGGTGGGGAGGTTGTGTTTGCTGGTGTGGGTGGTTGGTGGGATGTCCGGGCa > 2:1045351/1‑140 (MQ=255)
gaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTGTGGTGTGGGGGGGGCGTTTGAGTTTGCTGGTTGGGGTCGTTGGTGGGATGACCgggga > 3:452244/1‑134 (MQ=255)
cGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTATGGGGTGGGGGGGGAGTTTGTGTTTTGTGGTTGGGTTCGTTGGTGCGGGGAACGTGAAGGTTAtag > 5:172314/1‑138 (MQ=255)
tCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGCTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTg < 6:303331/140‑1 (MQ=255)
ttGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATCCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGGCTGCTGGGGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGGTGGTGCGATGACCGTGCAGCTTATCGGCGGTgcg < 5:738910/140‑1 (MQ=255)
tGCGCGACGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTGGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTgcgc < 7:894566/140‑1 (MQ=255)
ggcgcCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGGCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGTCCGTGCAGTTTATCGGCGGTgcgcgc < 7:243180/139‑1 (MQ=255)
cgcgcCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTgcgcgc < 6:62587/140‑1 (MQ=255)
cgcgcCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTgcgcgc < 1:306042/140‑1 (MQ=255)
cgcgcCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTgcgc < 4:405897/138‑1 (MQ=255)
cgcgcCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTgcgc < 3:72407/138‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGCGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGGTGCGTTCGTGGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg < 1:851660/140‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTGTGGTGGGGATGGCGAGTTTGAGTTTTGTTGTTGCGTTGGTTGGTGGGATGACCGTGCCGTTTATAGGCGGGGCGCGCCAGCTGGGAACcccg > 5:401475/1‑140 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg < 2:667256/140‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg < 2:636013/140‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCAGGTGTTGGTGGCGAGTTTTAGTTTGCTGGTTTCGTTCGGTTGTGGGAGGTCAGGGGAGTTTATCGGCGGTTCGCCCCTTCTGGCAACcacg > 6:346940/1‑140 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATAGGCTGTTTGCCCGCTACCATAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGGTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcg < 3:17102/138‑1 (MQ=255)
ggTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCgcgg < 5:429490/140‑1 (MQ=255)
gTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTTGTGGTTGCGGTAGTTGGTGCGTTGACCGTGCATTTTTTAGGCGGTGCGCGCCTGCGGGAAACcgcg > 3:639678/1‑138 (MQ=255)
tGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTCTGGGGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGGTGGTTGGGTTCGGTGGGGCGATGACCGTGGAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCGGCTGGAAACCgcggcg > 6:429490/1‑140 (MQ=255)
tGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGTGTGGATGGCGCGGTTGAGTTTTGGGGTTGCGTTGGGTGGTGCGATGACCGTGCCGTGTATCGGGGGGGCGCGCCGGCTGGGAACCacggcg > 1:519493/1‑140 (MQ=255)
gACGCTGAACGATATGCTGTATGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTGGCGTTCGGGGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCgcggc < 4:251756/138‑1 (MQ=255)
cGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGGGTGGCTGGCGAGGTTGAGTTTTGTTGGGGCGTTCGGTGGTGCGATGACCGTGCACTGTTTGCGCCGGGGGCGCCAGCGGGAGACCGGCGCgggg > 2:159950/1‑139 (MQ=255)
gCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGGGTGGCTGGGGAGTTTGAGTTTGGTGGTTGGGTTCGTTGGTGGGCGGACCGTGCCGGTTATAGGCGGTGCGCCCCGGCGGGTAACCGCGGCggg > 3:94147/1‑138 (MQ=255)
gCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTCGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGGTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTa < 8:244227/140‑1 (MQ=255)
gATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGGTCGTGGGTGCGATGACCGTGCAGTTTAGCGGCGGAGCGCGCGTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTa < 6:65742/140‑1 (MQ=255)
tatGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGTGGGTGGCGAGTTTGATTTTGCTGGTTGGGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCCGCGGGGATTACTTAtt > 6:120729/1‑139 (MQ=255)
atGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCATCAGGTGTGGGGGGCGAGTTTTAGTTTGGTGGTTGCGGTGGTTTGTGGGATACACGTGCAGTTTTTAGGGGGTGGGCGCCGGCTGGAGACCGCCGCCGCGATTCCTTAtta > 8:283552/1‑138 (MQ=255)
cTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGaa < 4:1109306/138‑1 (MQ=255)
tGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGTGTGGCGGGCGAGTTTGAGTTTTCTGGTTGCGGTAGGTGGGGCGCTGACCGGGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGGATTACATATGAAAcc > 6:1047949/1‑140 (MQ=255)
tttGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTGTGGTGTGGGGGGCGAGTTTGAGTTTGCGGGGTGCGTTGGATGGTGGGATTACCGGTCAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCAGCTGGAAACCCCGGCGGGTATTACTTATGAAAACgc > 8:132031/1‑139 (MQ=255)
tGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTGTGGTGTGGGGGGGGAGTTGTGGGTTGGGGGTTGCGTTGGTTGGTGGGGTGGCCGGGCAGTTTTTAGGCGGTGCGCGCCGGCGGGGAACCGCGGCGGGGTTTGCGTATGGAACCgg > 4:600772/1‑138 (MQ=255)
gCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGGGATGACCGTGCAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCTGCTTGAAACCGCGGCGGGTATTGCTTTTTAAACCGGgct > 8:1076125/1‑140 (MQ=255)
ccGCAACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTTGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTTCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGgct < 4:964916/138‑1 (MQ=255)
ccAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGGGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGAttt < 2:259033/140‑1 (MQ=255)
ccAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGGTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGAttt < 8:511799/140‑1 (MQ=255)
ccAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCGGGTTGCGTTCGTTTGTGCGATGACCGTGCAGTGTATCGGCGGGGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGAttt < 7:34784/140‑1 (MQ=255)
cAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGAtttt < 5:974418/140‑1 (MQ=255)
ggtcTTGTGGTGTGGCGGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 2:205493/139‑1 (MQ=255)
ggtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGAGCGGGCAGTTTATCGGCGGGGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 8:659158/139‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCTGTAt < 2:598629/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGt < 3:757600/138‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 2:462518/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 1:960830/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGGTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 6:502935/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTGTGAGTTTGCTGGTTGCGTGCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTATATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 5:710035/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCCGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 7:1049547/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGGGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACGTTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 5:646384/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGTGTTTGAGTTTGCTGGTGGCGTTCTGTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 6:791484/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAg < 4:499435/138‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 2:402598/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 5:930270/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTGCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 2:87339/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCGGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAg < 4:7970/138‑1 (MQ=255)
gctGGGGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTGGCGGTCGTTGGTGCGCTGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGGGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAg < 3:1045469/137‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 3:1163768/138‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 1:435410/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGCGTAGTTTGAGTTTGCTGGGTGCGTTCGTTGGTGCGATGAGCGTTCAGTTTATCGGCGTTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGTGTATTCCTTATGAAACCGGTCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 8:170757/140‑1 (MQ=255)
gggggtgGCTGGCGAGTTTGAGTGTGCTGGGTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 8:175849/136‑1 (MQ=255)
tgtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGTTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 1:1007448/140‑1 (MQ=255)
tgtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTg < 4:161761/138‑1 (MQ=255)
tgtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 1:756422/140‑1 (MQ=255)
tgtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGGGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGGGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTg < 3:707955/138‑1 (MQ=255)
tgtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGGTGGTGCGATGACCGTCCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 7:723759/140‑1 (MQ=255)
tgtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTGCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAAACGCGGCGTGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTg < 4:47342/138‑1 (MQ=255)
ggtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 1:653947/139‑1 (MQ=255)
ggtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTGCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 7:388668/139‑1 (MQ=255)
gtgGCTGGCGAGTGTGTGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTAGCGGCGGTGCGCGCATTCTGGAAACCGAGGAGGGTATTCATTAAGTAACCTTGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtttc < 3:300710/138‑3 (MQ=255)
ggggcgggcgAGTTTGAGTTTGCTGGGTGCGGGCGTTGTGGCGATGACCGTGCTTTTTAACGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCTGCGGGGATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGGATCAGCATTGc < 4:915818/136‑1 (MQ=255)
gggctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGtt < 7:488734/139‑1 (MQ=255)
gctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGt > 1:20410/1‑140 (MQ=255)
gctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTAATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTACTAATGAAACAGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGtt > 4:839968/1‑138 (MQ=255)
|
CGATGATTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGT > NZ_CP022686/2147977‑2148252
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
