Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F13 I0 R1
|
230 |
5035.0 |
9125430 |
98.4% |
8979423 |
135.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
2,148,115 |
T→G |
11.6% |
L126R (CTG→CGG) |
panF → |
sodium/pantothenate symporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 2,148,115 | 0 | T | G | 11.6%
| 288.8
/ 7.5
| 175 | L126R (CTG→CGG) | panF | sodium/pantothenate symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/112); new base G (22/3); total (60/115) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.08e-10 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
GCGATGATTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGT > NZ_CP022686/2147976‑2148252
|
gCGATGATTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTAGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGACCGCTACCAGAGTCGTCTTAAGGTGaggc‑t > 6:87797/1‑140 (MQ=255)
gatgatTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGtggc‑tgg < 4:549389/140‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCga‑gt < 5:577240/140‑1 (MQ=255)
cTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCga‑gtttgag > 4:903433/1‑140 (MQ=255)
tgTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTTGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAAGGATATGGTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑Tgg < 3:654918/139‑1 (MQ=255)
aGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑t < 7:59237/138‑1 (MQ=255)
aGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑Tgg < 3:252575/140‑1 (MQ=255)
tCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTTCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGTGGGGG‑TGGGGA‑GTTTGAGTTTGG‑TGGtt > 6:1098002/1‑140 (MQ=255)
tCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGTGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGtt > 6:1114839/1‑140 (MQ=255)
tCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGtt > 6:811952/1‑140 (MQ=255)
cTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTCAGGTTTGGC‑GTGCGT‑GTTTGAGTTTTC‑TGGttt > 5:343191/1‑139 (MQ=255)
tGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGGATGGGTTGGG‑AGGCGT‑GTTTGAGTTTGC‑ATGTTgg > 2:753746/1‑139 (MQ=255)
tGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCAGCTACCAGAGTCGTGTTCGGGTGTGGG‑TGGAGA‑GTTTGAGTTTTC‑TGGtt > 8:227363/1‑138 (MQ=255)
ggCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGcg < 1:18597/140‑1 (MQ=255)
ttCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGcgtt < 7:13936/138‑1 (MQ=255)
ggagcGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTTTTGCGCGACGATACATTGGGGTTACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGATTTTGC‑TGGTTGcgttcgtt < 6:443780/136‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGATGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGcgttcg < 8:296215/138‑1 (MQ=255)
gCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGGGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTTC‑TGGTTGcgttcgttt > 6:32962/1‑139 (MQ=255)
gCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGG‑TGGCGA‑GTTTGTGTTTGG‑TGGTTGCgttggttg > 4:747691/1‑140 (MQ=255)
gCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGG‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGG‑TGGTTGCGTTCGTTg > 2:88717/1‑140 (MQ=255)
tATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGc < 7:93555/138‑1 (MQ=255)
tATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGa < 2:524144/140‑1 (MQ=255)
tctcGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATgt < 2:1177981/140‑2 (MQ=255)
ggCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGGGTGGG‑GGGGGA‑GTTTGAGTTTTG‑GGGTTGCGTTAGGTGGTGGGGTGagc > 7:734584/1‑136 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCg < 7:405003/138‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTg < 5:674279/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTg < 4:897359/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTg < 4:293173/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTg < 6:1059970/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTg < 2:868921/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTGTGGTGTGGG‑TGGGGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGGTGGTGAGTTGCCCGTg > 6:729821/1‑140 (MQ=255)
cAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGc < 1:96925/140‑1 (MQ=255)
aagaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTGTGGGGTGGG‑TGGCGA‑GTTTGAGGTTGG‑TGGTTGGGGTCGTTGGTGGGATGACCggg > 8:626458/1‑136 (MQ=255)
aagaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGTGGC‑GGGCGA‑GTTTGAGTTTTC‑TGGGTGCGTTCGTTGGTGGGATGACCGTGcc > 2:1108575/1‑139 (MQ=255)
gaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTGTGGGGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGATTTTTC‑TGGTTTGGGTCGTTTGTGCTCTGACCGTGcc > 7:669069/1‑137 (MQ=255)
cGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGGATCGTTTGGG‑TGGGGAGGGTGGTGTTTG‑‑TGGTTTCGGTGGTGGGTGCGATGCCCGAGCAGtttttag > 4:315017/1‑136 (MQ=255)
cGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTGTGGTGTTGG‑GGGGGA‑GGTTGGGTTTTG‑TGGGTGGGGTGGTTTGTGGGATGGCCGGGGAGTTTAttt > 3:310495/1‑138 (MQ=255)
cGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGACTTGTGTGGC‑GGGCGA‑GTTTTAGTTTGC‑TGGTTGAGGTCGTTGGTGCGTTTACCGTGAATTTTAtag > 4:634760/1‑138 (MQ=255)
gCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATc < 7:1002422/138‑1 (MQ=255)
tCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTg < 2:938800/140‑1 (MQ=255)
tGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTgcgc < 3:738018/140‑1 (MQ=255)
cgcgcCGCTACAATGCGGTGACGCTGCACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTgcgcgc < 3:1074176/140‑1 (MQ=255)
cgcgcCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTgcgcgc < 4:244373/140‑1 (MQ=255)
cgcgcCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTgcgcgc < 3:56373/140‑1 (MQ=255)
gcTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTGTGGTGTGGG‑GGGGGG‑GTGTGAGGTTGCGTGGGGGGTTGCGTGGGTG‑GGTGACCGGGCGGATTATATGCGGTGCGccccctc > 7:898681/1‑135 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTGTGGTGTGGG‑GGGCGA‑GGTTGTGTTTGC‑TTGTTGCGGTGGGTGGGGCGATGACCGTGGAGTTTATAGGGGGGGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg > 2:212222/1‑140 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg < 3:4766/140‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg < 3:101087/140‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑AGGCGC‑CTTTGAGTTTGG‑TGGTTGCGTTGGTTTGTTCGATGACCCTGCAGTTTTTAGGCGGTGCGCGCCAGCGGGAAACcgcg > 4:502495/1‑140 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTATGGTGTGGG‑GGGCGC‑GTTTGGGTTTGG‑TGGTTGCGGTGGTTTGTGGGATGGCCGTGGAGTTTATCAGCGGTGCGCGCCAGCTGGAAACcgcg > 5:379685/1‑140 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GGTTGTGTTTGC‑TGGGTGCGTTGGTTGGTGGGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg > 2:136164/1‑140 (MQ=255)
gTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGTGGGGG‑TGGCGA‑GGTTGTGTTTTC‑GGGTTGCGTTCGTTGGGGGGATGACCGGGGAGTTTATAGGCGGTGGGCGCCTGCTGGAAAccccc > 7:244110/1‑135 (MQ=255)
gTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGGCGTCTGGTGGGGCGGGGCGG‑GTTT‑AGTTTGC‑TGGTTGCGGTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCGGCGGGCAACCccggg > 2:254536/1‑139 (MQ=255)
tGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGACAGGGGTGGG‑TGGCGA‑GTTTGTGGTTGC‑TTGTTGGCGTCGTTGGTGCGATGTCCATGCAGATTATAGCGGGAGCCCGCCAGCTGGAAACCgccgcg > 2:703251/1‑140 (MQ=255)
aCGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTATGGTGTGGC‑GGGCGA‑GGTTGAGTTTGG‑TGGGTGGGGTCGTTGGGGCGTTGGACGTGCAGTTTATAGGCGGTGCGCCCCTGCTGGAACCCCCGGCggg > 4:690873/1‑140 (MQ=255)
gCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTa < 1:1037988/140‑1 (MQ=255)
tGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTAtt < 2:54715/140‑1 (MQ=255)
tGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTAtt < 2:347271/140‑1 (MQ=255)
gAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTGCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTc < 1:442339/140‑1 (MQ=255)
gATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGGTGCGTTCGGTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCt < 8:204455/138‑1 (MQ=255)
tttGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGGTTGGC‑AGGCCA‑GTTTGATTTTTC‑TGGGTGCGTTAGTTTGTTCGAAGACCGTTCAGTTTATAGGCGGTTCGCGCCTCCTGGAAACAGCGGCGCGGATTACTTATGGAACCgg > 6:560620/1‑140 (MQ=255)
tttGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGTGGC‑GGGCGT‑GGTTGTGTTTGG‑TGGTTGCGTGCGTTGGGGCGATGGCCGGGCAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCGGGTGGAAACCGCGGGGGGTATTGCTTATGTAAcccg > 6:608133/1‑138 (MQ=255)
ttGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCggg < 5:550914/140‑1 (MQ=255)
tGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGG‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGCTGACCGTGGAGGTTTTCGGCGGTGCGCGCCGGCTGGAAACCGCGGCGGGGATTGCGTATGAAAACgg > 8:938064/1‑138 (MQ=255)
cGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGgctgct < 5:652152/140‑1 (MQ=255)
ccAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGGGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGACACCGGGCTGCTGAt < 8:430333/138‑1 (MQ=255)
gtcgtcTTCTGGTGGGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑GGGTTGCGTTCGTTGGTGCAATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGt < 6:541632/140‑1 (MQ=255)
gggcttctGGTGTGGC‑TGGCGA‑GGTGGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGTTGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAATCCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 3:515586/137‑1 (MQ=255)
cgtcTTGTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTGGCGTTCGTTGGTGCGTTGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAATCCGCGGGGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 2:1136156/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGGGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 5:475934/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGGTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 1:833746/140‑1 (MQ=255)
cggcttctGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCTGGGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 6:92321/137‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTTTCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 4:416609/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 6:159067/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 2:760546/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 4:1138149/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGGGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 3:388406/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGC‑GGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAATCCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 5:910491/140‑1 (MQ=255)
tctGGGGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 3:502495/140‑1 (MQ=255)
tctGGGGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 2:188524/140‑1 (MQ=255)
tcgggTGTGGC‑TGGCGC‑GGTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTGCGTTGGTGCGATGACCGTTCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGACACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAg < 8:721692/135‑1 (MQ=255)
ctGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTGGC‑TGGTTGCGTTCTTTGGGGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGGGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGc < 7:933633/138‑1 (MQ=255)
tggtggGGC‑TGGCGA‑GGTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGGTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 8:244110/138‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 8:39691/138‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 5:226172/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCCTTCGTTTGTGCGATGACCCTGCAGTTTATATGCGGTGCGCGCCAGCTGGAAACCGCGGCGGGGATTACTTAAGAAACCGGGCTGCAGATTTTAGGTATACGCAtt > 6:71024/1‑140 (MQ=255)
gggTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTGCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 4:193760/139‑1 (MQ=255)
gtgtGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTAGGTATCAGCATTGc > 1:36119/1‑140 (MQ=255)
gtgtGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGAGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGc < 1:717185/140‑1 (MQ=255)
tgtgGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGGGCGCGCCTGATGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 5:834841/140‑1 (MQ=255)
tgtgGC‑TGGCGA‑GTGTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGGTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 1:492792/140‑1 (MQ=255)
ggtgGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 5:149030/139‑1 (MQ=255)
ggtgGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGGTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGGGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTg < 7:31436/137‑1 (MQ=255)
gtgGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTAGTTGGTGCGAAGACCGTGCACTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCAGGAAACCGCGGCCGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCCGTATCACCATTGc > 7:99773/1‑138 (MQ=255)
gtgGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGGTCGTTTGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGt < 1:1052261/140‑1 (MQ=255)
tggc‑tggcGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGtt > 1:586560/1‑140 (MQ=255)
tggc‑tggcGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCCGTATCAGCATTGCGtt > 1:281392/1‑140 (MQ=255)
gc‑tggcGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTg > 3:684187/1‑49 (MQ=255)
gc‑tggcGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAACCCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGt > 3:987400/1‑140 (MQ=255)
gc‑tggcGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGAtttt > 5:978880/1‑120 (MQ=255)
|
GCGATGATTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGC‑TGGCGA‑GTTTGAGTTTGC‑TGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGT > NZ_CP022686/2147976‑2148252
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
