Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F36 I0 R1
|
179 |
8076.5 |
8499890 |
98.3% |
8355391 |
135.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
2,148,115 |
T→G |
13.0% |
L126R (CTG→CGG) |
panF → |
sodium/pantothenate symporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 2,148,115 | 0 | T | G | 13.0%
| 239.7
/ 2.0
| 145 | L126R (CTG→CGG) | panF | sodium/pantothenate symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/86); new base G (19/4); total (55/90) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.48e-06 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
GCGATGATTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGC‑GGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGT > NZ_CP022686/2147976‑2148252
|
gCGATGATTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGtggct > 2:1045719/1‑140 (MQ=255)
gatgatTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTGTTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTAGGGGgtgggtgg > 2:964635/1‑140 (MQ=255)
ttCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGGGGG‑Cgagt > 4:523495/1‑140 (MQ=255)
cAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGG‑Cgagttt < 4:790586/140‑1 (MQ=255)
cTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTCTGGTGGGGGTGG‑Ggagttttag > 4:336524/1‑140 (MQ=255)
tGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGACGTGTGTGGGTGG‑Cgaggttgagtat > 7:580937/1‑136 (MQ=255)
tGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGc < 3:245918/140‑1 (MQ=255)
tGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGc < 3:972537/140‑1 (MQ=255)
gCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTGTGGTGGGGCGGG‑GGAAGTTGTTTTTGCttgttgggg > 1:800727/1‑137 (MQ=255)
ttCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcg < 3:879034/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcgtt < 6:819376/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcgtt < 2:148184/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcg < 8:190486/138‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcg < 7:819709/138‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTGGcgttcgtt < 6:619041/140‑1 (MQ=255)
gCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTTGTCTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTg > 4:552572/1‑140 (MQ=255)
gCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTGGTGGGGTGGCTGG‑CGTGTTTGGGTTTTGTGGTTGCGGTCGTTg > 5:537075/1‑140 (MQ=255)
gCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTATGGTGTGGGTGG‑CGAGGTTTAGTTTTCTGGTTGCGTTCGTTg > 6:338045/1‑140 (MQ=255)
tCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTTAGTTTGCGGGGTGcgttagttt > 8:819709/1‑137 (MQ=255)
tATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGa < 3:529301/140‑1 (MQ=255)
tATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGGTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGa < 4:667765/140‑1 (MQ=255)
tctcGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGAt < 8:937880/138‑1 (MQ=255)
ctcGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGGCGGGGGGGGCGGG‑GGAGGTTGTGTTTGCTGGGTGCGGTCGTTGGGGCGCTgcc > 5:557107/1‑138 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTGTGGGGTGGCGGG‑CGCGGTTGTGTTTGCTGGTTGGGTTGGTTGGTGCGGTGGCCGTg > 3:527091/1‑140 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTg < 2:390280/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTg < 2:1033902/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTg < 1:231735/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTg < 1:316455/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTGTGGTGTGGCGGG‑GGAGTTTGAGTTTGGTGGTTGGGTTGGTTGGTGCGTTGACCGTg > 6:289346/1‑140 (MQ=255)
aagaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTAGTTGGTGCCATGACCGTggg > 6:901410/1‑138 (MQ=255)
aagaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTAATGGGGTTGCCGG‑CGGGTTTGTGTTTTCTGGTTGCGGTAGTTTGGGCGATGACGGTg > 8:289059/1‑138 (MQ=255)
aagaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGGGTGGCTGG‑CGCGTTTGTGGTTGGTGGTTGGGTGGGGTTGTGAGATGACCGGGCa > 1:821528/1‑140 (MQ=255)
gaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCGGGTGTGGGGGG‑CGCGGTTGAGTTTGGTGGTTGCGGTGGTTGGTTGGCTGTCCGTgga > 7:856871/1‑136 (MQ=255)
ttCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTAt < 4:297928/140‑1 (MQ=255)
tCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTGTGGTGTGGGTGG‑GGGGTTTGAGGTTTGTGGTTTGGGTGGGTGGTGGGATGTACGTGCAGgttttt > 1:370891/1‑137 (MQ=255)
cAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCGGGTGTGGGGGG‑GGAGTGTGAGTTTTGGTGTTGCTGTCGTTGGTTCGATGGCCGGGCAGgttttag > 7:518244/1‑134 (MQ=255)
cAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATcggc < 4:408390/140‑1 (MQ=255)
ttCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTGGGGTGGGGCTGG‑CGAGGTTTAGTTTGGTGGTGGCGGTGGGTGGTGGGCTGCCCGTGCAGTGTATAGGGGGt > 6:140276/1‑140 (MQ=255)
cgcgcCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTgcgcgc < 1:460667/140‑1 (MQ=255)
cgcgcCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGGTGCGTGCGTTAGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTgcgcgc < 6:13015/140‑1 (MQ=255)
cgcgcCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTAGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTgcgcgc < 3:1051750/140‑1 (MQ=255)
gcgcCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGGGTGGCAGG‑CGAGTTTGAGTTTGGTGGTTGCGTTGGGTGGTGAGATGACCCGGCAGTGTATAGGCGGTgcgcg > 8:814165/1‑138 (MQ=255)
cTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTGTGGTGTGGGTGG‑GGAGTTTGTGTTTGGTGGGTGGGTTGGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTTTAGGCGGGGCGCGCCAGCggg > 1:1010895/1‑140 (MQ=255)
caCAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGGCGTCTTCTGGTGTGTCGGG‑CGATTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGa < 3:691669/139‑1 (MQ=255)
aaTGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTGTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGaa < 7:753611/138‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGATCGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTGCTGGTGTGGCTGT‑CGAGTTTGAGTTTTCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGAGGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgc‑g < 5:480183/140‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGATCGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGGGGGGGG‑CGGGGTTGATGGTGCTGGGTGGGTTCGTTGCTGGGCTGGACCTGCAGTGTATCGGCGGTGAGCGCCTGCTTGAAAcag > 8:75118/1‑136 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGGGTTGGTGG‑CGGGTTTGAGTTTGGTGGGGGGGTTGGTTGGTGGGATGACCGTGGAGTTTATAGGCGGGGGGCGCCTGCGGGACACcg > 8:10832/1‑138 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgc‑g < 5:480119/140‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgc‑g < 1:1071470/140‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGAGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcg < 8:2201/138‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGGTTGAGTTTGGTGGTTGCGGTCGTTGGTGCGCTGACCGGGCAGTTTTTAGGCGGGGCGCGCCTGCTGGAACCccc‑g > 4:374157/1‑140 (MQ=255)
gTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTGTGGGGTGGGGGG‑GGCGTGTGTGTTTGGTGGGTGGGGTCGTTGGTGCGCTGACCGTGGCGTTTTTATGCGGGGCGCGCCTGCTGGGAACcgc‑g > 8:361497/1‑138 (MQ=255)
gTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGTGTGGGTGG‑GGAGTTTTGTTTTGAGGGTTTGGGTCGGTGGGGGGCTGACAGTGGGGTTTATAGGCGGGGGGCGCCAGCTGGAAAcccccgc > 5:130678/1‑135 (MQ=255)
gTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTATGGTGTGGGGGG‑CGAGTTTTAGTTTTGTGGGTGAGGGCGGTGGTGCGTTGGCCCTGCAGTTTTTAGGCGGGGCGCGCATGCAGGGAACccc‑g > 8:378174/1‑138 (MQ=255)
tGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTATGGTGTGGCTGG‑GGACGTTGTGGTTGGTGGGTGCGTTCGTTGGTGGGATGTCCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGCAACCgc‑ggcg > 3:859935/1‑140 (MQ=255)
tGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGTGGCTTG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTTCGGTCGTTGGTGCGATTCCCGGGCGTTTTATAGGCGGTGCGCGCCGGCTTGAAACCgc‑ggcg > 2:309861/1‑140 (MQ=255)
aCGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGC‑GGCggg < 4:508771/140‑1 (MQ=255)
aCGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTATTGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGATTTTGCTGGGTGCGTTAGTTGGTGGGATGAACGTTGAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCAGCTTGGAAACGC‑GGCggg > 1:474850/1‑140 (MQ=255)
tGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCCGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGGTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGCCCGTGCAGTTTAGCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGC‑GGCGGGTAtt < 5:56758/140‑1 (MQ=255)
aaCGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTGTGGTGTGGGTGGCCGTGTTT‑TGTTTGGTGGTTGGGTTCGTTGGGTGGATGACCGTGGCTTTTTTAGGCGGTGGGCTGCTGCTGGAAACAGA‑GGCCGGTAttac > 4:170943/1‑138 (MQ=255)
aaCGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTGTGGGGTGGGTGG‑GGAGTTTTTTTTTTATTGTTGCGTTAGTTTGTGGGAATACCGTGCAGTTTATAGGCGGTGCGCGGCGGCAGGAAAACCC‑GGCGGGTAttag > 2:173465/1‑138 (MQ=255)
aaCGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGC‑GGCGGGTATTcc < 1:276944/140‑1 (MQ=255)
aaCGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGC‑GGCGGGTATTcc < 4:700934/140‑1 (MQ=255)
gATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGC‑GGCGGGTATTCCTTa < 3:217617/140‑1 (MQ=255)
tatGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTGTTGGGTGGGTGG‑CGAGTTTGTGTTTGGTGGTTGCGTTGGGTTGTGCGATGGCCGTTGCCTTTATAGGCGGTGCGCGCCTGCGTGAAAACGCGGGCGGGT‑TTGCTTAtt > 4:1061999/1‑139 (MQ=255)
gCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGGGTGGGGGG‑GGCGTTTGAGTTTGGTGGGTGGGTTCGGTGGGGGGATGGCCCGGGAGTTTATAGGCGGGGCGCGCCGGCTGGAAACCCC‑GGCGGGGATTTCTTATgtga > 6:413732/1‑137 (MQ=255)
tttGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGGGGGGGGGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGGGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGGGCGCGCCTGCTGGAAACCCC‑GGCGGGGTTTCCATATTAAACCgg > 4:991497/1‑140 (MQ=255)
cGCTACCAGAGGCGTCTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGTGTTTGCTGGTTGCGGTCGTTGGTGCGATGACCGAGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGC‑GGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGgctgct < 1:682566/140‑1 (MQ=255)
ccAGAGTCGTCTTCTGGGGGGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTGCGTTGGTGCGCTGACCGTGCAGTTTATCGGCGTTGCGCGCCTGCTGGAAACCGC‑GGCGTGTATTCCTTATGAAACCGGGCTTCTGAttt < 6:973386/140‑1 (MQ=255)
agagTCGTCTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGC‑GGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTc < 5:298855/140‑1 (MQ=255)
ggtcTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGGGGGGCGCGCCTGCTGGAAACCGC‑GGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 1:397872/139‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGT‑CCAGTTTGAGTTTGCGCGTAGCGTTCGTTTGTGCGATCACCTTGCAGTATAGCGTCGGTGCGAGCCTGCTGGAAACCGC‑GGCGTGTATTCCTTATGAAACCGTGCTGCTGATTTTCGGt < 7:147512/138‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGC‑GGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 3:336524/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGC‑GGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 5:144119/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGGGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGC‑GGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGt < 8:566111/138‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGGTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGC‑GGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 5:215711/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGG‑AGAGTTTGTGTTTTCTGGTTGCGTGCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCTGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGC‑GGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGTCTGCTGATTTTCGGTAt < 2:854423/140‑1 (MQ=255)
gtcgtcAGGGGTTGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCGGGGTGGGTTCTATTGGGCGATTAACAGTAAGTTTATAGGCGGGGCGCCCCCTCTGGAAACCGC‑GGCGGGTTTTACATATGACTCCGGGAGGCGGATTTTctggaaa > 2:223301/1‑134 (MQ=255)
gtcTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCAGCTGGAAACCCC‑GGCGGGTATTACTTATTAAAACCGGCTGCGGAATTTAGGTAta > 4:933998/1‑139 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGGGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGC‑GGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 5:82285/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGC‑GGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 5:169497/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTGGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGC‑GGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTATCGGTATCAGCa < 6:604306/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGGTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGC‑GGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAg < 8:506110/138‑1 (MQ=255)
tctGGTGGGGATGG‑CGAGTTTGAGGTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGGGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGC‑GGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 2:638608/140‑1 (MQ=255)
tctGGGGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGGGCGTTGGGGCGATGACCGTGAAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCGGGAAACCGC‑GGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 3:212797/140‑1 (MQ=255)
tctGGGGGGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTGGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGC‑GGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 3:914784/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTTT‑CGAGTTTGATTTTTCTGGTTGCGTTCGATGGAGCTATGTCAGTGCAGTTTATCGGGGGTGCGCGACTGCTGTAAACCGC‑GGCGTGAATTCCTTATGAAACCGTGCTTCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 5:71714/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGTCTGCTGGAAACCGC‑GGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 1:768174/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGC‑GGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 2:364480/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCGGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGGTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGC‑GGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 2:296508/140‑1 (MQ=255)
gggTGTGGATGG‑CGCTGTGGAGTGGGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCTTTTTATGGGCGGTGCGGGCTTTCTGGAACCGGC‑GGGGGGTATTCCTTATTAAACCGGGCTGCTTTTTTTCTGTTTAAGCAtt < 2:295143/139‑1 (MQ=255)
tgtgGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGGGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGC‑GGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 2:752037/140‑1 (MQ=255)
tgtgGCGGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGATGCGTTCGTTGGTGCGATGCCCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGC‑GGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 6:887599/140‑1 (MQ=255)
tggtgctgg‑cGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTGCGTTGGTGCGAGGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGC‑GGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 2:66475/136‑1 (MQ=255)
ggtgGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGAGCGAGGACCGTGCAGTTTATCGTCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCTC‑GGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 4:775482/139‑1 (MQ=255)
ggtgGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTGCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGC‑GGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 5:221621/139‑1 (MQ=255)
tggctgg‑cGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGGTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGC‑GGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGtt < 3:729877/140‑1 (MQ=255)
gctgg‑cGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGC‑GGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGtt > 8:25524/1‑138 (MQ=255)
gctgg‑cGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGC‑GGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGt > 1:603314/1‑140 (MQ=255)
|
GCGATGATTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGG‑CGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGC‑GGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGT > NZ_CP022686/2147976‑2148252
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
