Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F2 I0 R1
|
252 |
7301.5 |
9636800 |
98.5% |
9492248 |
135.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
2,148,115 |
T→G |
11.2% |
L126R (CTG→CGG) |
panF → |
sodium/pantothenate symporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 2,148,115 | 0 | T | G | 11.2%
| 320.7
/ 3.9
| 175 | L126R (CTG→CGG) | panF | sodium/pantothenate symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/115); new base G (22/3); total (57/118) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.46e-10 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
GCGATGATTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGT > NZ_CP022686/2147976‑2148252
|
gCGATGATTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTAGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGATTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTAAAGGTGtggct > 7:141650/1‑140 (MQ=255)
atgatTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGtggctg < 1:454222/138‑1 (MQ=255)
tttCCTGCAGTCTGGCTTTCGGTCGGTATTCTCGGCTAGAAGTTCGCATTTCTTGCGCGCCGCTACATTGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCgagtttgag < 4:285795/139‑1 (MQ=255)
cTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTGCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCgagtttgag < 8:808591/140‑1 (MQ=255)
ccTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGGGGGGgagtttttgttt > 7:673419/1‑140 (MQ=255)
cTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGagtttgagtttg < 8:330920/140‑1 (MQ=255)
tCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGtt < 3:473095/140‑1 (MQ=255)
ggCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTg < 1:882991/138‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATTCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcgtt < 5:344440/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTGTGGTGTGGGTGGCGAGTTTGTGTTTGGTGGTTGcgtgagtt > 8:57259/1‑135 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcg < 1:775216/138‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcg < 1:987323/138‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCGGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGgggtcgtt > 3:905592/1‑140 (MQ=255)
ggTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGGGGGGGGTGGGGGGCGAGGTTGTGTTTGGAGGGTGCGGTCGgtggtgg > 3:1177633/1‑139 (MQ=255)
tATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑a < 5:545039/140‑1 (MQ=255)
aTTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCg < 1:685946/138‑1 (MQ=255)
aTTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑At < 6:933511/140‑1 (MQ=255)
tctcGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGa < 3:258961/140‑1 (MQ=255)
cGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCg < 5:913292/140‑1 (MQ=255)
ggCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGTGTGGGGGGCGAGGTTGAGTTTGCTGGTTGGGGTGGTTTGTGGG‑ATGGCCgg > 4:437832/1‑139 (MQ=255)
gctagaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTg < 6:399706/137‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCTCCGATACAATGAGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGATACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTg < 6:42759/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCTCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTg < 5:502726/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCg < 1:260512/138‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTg < 3:626951/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGTGGCTGGGGAGTTTGAGTTTGGTGGTTGGGGTCGGTGGTGGG‑ATGACCggg > 6:596996/1‑138 (MQ=255)
gCAAGAAGTGAGCAATGCTTGCGCGCCGCTACACTGAGTTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGATACCAGAGTAGTCTTCTGGTGTGGCTGGAGAGTTTGAGGTTGCTGGGTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTg < 7:850068/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGATCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCg < 2:1106644/138‑1 (MQ=255)
aagaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTGTGGGGGGGGGGGGGCGGTTGTGTTTTGTGGTTGCGTTGGGTGGTGCG‑GTGACCGTgga > 3:588260/1‑138 (MQ=255)
aagaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGTGGCAGTCGATTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCTTTGGTGCG‑ATGAccctaca > 6:502726/1‑135 (MQ=255)
gaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGTGTGGGTGGCGAGGTTTAGTTTGCTGGGTGCGTTAGTTGGTGCG‑GTGAGCCTGCAgg > 7:50274/1‑139 (MQ=255)
gaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGGGTGGGGGGGGAGGTTGAGTTTGGTGGGTGGGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCCTGCAGt > 3:14972/1‑140 (MQ=255)
gaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTGGGGGGTGGCTGGCGTGTTTGAGTTTTGTGGTTGCGTGAGTTGGTGCG‑ATGACCggggc > 2:549159/1‑134 (MQ=255)
gaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGGGTGGGGGGCGAGTTTGAGTTTGGTTGGTGCGGTCGTTGGTGGG‑ATGACCGGGCa > 1:928870/1‑138 (MQ=255)
gaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCGACAATGCGGTGACGCTGCACGATATGCGGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTGCGGGGGGGGGGTGCGACGTTTAGTGTGGTGGTTGCGTTGGGTGGTGGG‑ATGCGCGTGCa > 2:675916/1‑138 (MQ=255)
ttCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTAt < 4:93614/140‑1 (MQ=255)
ttGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTCTGGGGTGGCGGGCGAGTTTGTGTTTGGTGGGTGGGGTGGTTGGTGCGTGGGACCGGGC‑GTGTATcggcggggag > 7:219930/1‑136 (MQ=255)
gcgcCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTGGGGTGTGGCGGGGGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGGTGGTTGGTGCG‑ATGTCCGGGCAGTTTATAGGCGGTgcgcg > 2:1033689/1‑138 (MQ=255)
cgccgcTAGAATGCGGTGACGCTGAACGATATGATGTTTGCCCGCTAGCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCGGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCct < 4:1139700/140‑1 (MQ=255)
cgccgcTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTATGGTGTGGGTGGCGAGTTTGAGGTTGCTGGTTTGGTTAGTTGGGGCG‑ATGACCGGGCAGGTTATGGGCGGTGCGCGCct > 3:456693/1‑140 (MQ=255)
cgccgcTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCct < 4:600863/140‑1 (MQ=255)
gccgcTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGcc < 1:557373/138‑1 (MQ=255)
ccgcTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTGTGGTGTGGGTGGCGAGTTTTTTTTTGGTGGGTGGGTTCTGTGGGGGG‑ATGACCCTGGAGTTTATCGGCGGGGCGCGccc > 1:1073097/1‑137 (MQ=255)
aaCAATGCGGTGTAGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCATCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTGGTTGGGGCG‑ATGTCCGTGCTGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGa < 5:999588/139‑1 (MQ=255)
agaaTGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGGCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGaa < 7:1076143/138‑1 (MQ=255)
tGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGGGTGGGTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGGTGCGGTCGTTGGTGGG‑ATGACCGTGCAGGTTTTAGGGGGGGCGCGCCAGCTGGAAAccc > 4:535609/1‑139 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTGTTGTGTGGCTGGGGAGGTTGAGTTTTCTGGTTGCGTTCGTTTGTGGG‑ATGACCGTGGAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCAGCTGGAAACcgcg > 6:721869/1‑140 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTGCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg < 8:25686/140‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGGTTGGGTGTTGGGTTCGTTGGTTCG‑ATGTCCGTGCCGTTTATCGGCGGGGCGCGCCTGCTGGAAcccccc > 5:1013584/1‑137 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGATTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg < 8:1005031/140‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTATGGTGTGGCGGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGGTTCGTTAGTTGGTGCG‑ATGACCGTGGAGTTTATACGAGGTGCGCGCCTGCAGGAAAAcgcc > 3:1132392/1‑139 (MQ=255)
gTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTGTGGGGGGGGTGGGGAGGGTGTGTTTGGTGGGTGCGGTGGGTGGTGGG‑CTGGCCGTGGAGTTTTTAGGCGGTGCGCGCCTGCTGGGAACCccggg > 6:300787/1‑139 (MQ=255)
gTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGTGTTTGCTGGTTGCGTTAGTTGGTGCG‑AAGCCCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg > 2:964207/1‑138 (MQ=255)
aCGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCgcggcg < 2:661755/138‑1 (MQ=255)
gCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTGCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTa < 7:817014/140‑1 (MQ=255)
tGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTAtt < 5:646702/140‑1 (MQ=255)
tGAACGATAGGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGGCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTAtt < 8:596666/140‑1 (MQ=255)
gAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGGGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTc < 6:536072/140‑1 (MQ=255)
gATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGGTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTa < 8:628862/140‑1 (MQ=255)
tttGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTCTTGTGTGGGGGGCGAGTTTTAATTTTCTGGTTGCGTTAGTTGGTGCG‑CTGGCCGGGGAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTAATACTTATTAAAcccg > 4:851438/1‑138 (MQ=255)
tttGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGTGTGGGGGGCGGGTTTGAGTTTGCTGGGTGGGGTCGGTTGTGGG‑GTGACCGGGGAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAAACGCGGCGGGGGTTACTTTTTTAACCgg > 4:179445/1‑140 (MQ=255)
tttGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCGGGGGTGGCGGGCGAGTTTGAGTTTGGGGGGTGGGTTCGTTGGTGGG‑GTGGCCGTGCAGGTTATCGGGGGTGCGCGGCGGCTGGCAACCGCGGGGGGGTGTCCGTGTTAAACCgg > 6:711262/1‑140 (MQ=255)
tttGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGGGTGGGTGGCGAGGTTGAGTTTGCTGGTTGGGGTGGTTGGTGGG‑AGTACCGTGGAGTTTTTATGCGGGGCGCGCCTGCTGGCAAACGCGGCGGGGATTGAGTATGAAACCgg > 6:1167487/1‑140 (MQ=255)
tGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTGTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTTCTGGTTGCGTTGGTTGGTGCG‑CTGGCCGTGCAGTTTATAGGCGGGGCGCGCCAGCTGGGAACCGCGGCGGGGATTCATAATGAAAcccg > 2:753437/1‑136 (MQ=255)
gCCCGCTACCAGAGTCGTGGTGTGGGGGGGCTGGCGAGGGTGAGTTTGCGGGTTGCGTTCGTTGGGGCG‑ATGACCGGGGCGTTTATAGGGGGTGCGCGCCGGCTGGAGACCCCGGCGGGTATTACGTTTGAAACCGGgcg > 8:481435/1‑139 (MQ=255)
cAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGATGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGTCTGCTGAtttt < 6:329463/140‑1 (MQ=255)
ggcgtcgtCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTCTCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGt < 5:1073487/138‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGt < 2:821166/138‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 5:497211/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 5:431491/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 5:175956/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTAGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTTGATACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGTGCTGCTGATTTTCGGt < 1:1212552/138‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGGTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 5:1035835/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTGGCTGGGTGCGTTCGGTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTAGCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 5:1095735/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGGTTGCTGGTTGCGTTGGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGt < 1:1067652/138‑1 (MQ=255)
gtggtatGGTGTGGCTGGCGAGTTTGGGTTTGGTGGTTGCGGTGGTTTGTGGG‑ATGACCGTGGAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCAGCTGGAAACCGCGGCGGGTTTTGCTTATGAAACCCGGCTGCTGATTTTTGGTAta > 6:291114/7‑139 (MQ=255)
gtcgtcTGGTGTGGCTGGCGAGGTTGAGTTTTCTGGTTGAGGTCGTTTGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCACGCCGGCTGGAAAACCCCGCGGGGAATACATATGAAACCGGGCAGCTGATTTTAGGTaaa > 8:871632/1‑138 (MQ=255)
tctGGTTTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGAGTTCGGTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGGCTGCTTGAAACCGCGGCGGGTATTCCTAATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAg < 1:753624/138‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 7:30519/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGGGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 7:871632/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGGTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 3:838001/140‑1 (MQ=255)
tggtggGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 2:285281/138‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 2:145788/138‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 1:70672/138‑1 (MQ=255)
gggTGGGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGGGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 8:762678/139‑1 (MQ=255)
ggTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTTCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATACGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCCCGGCCGGGATTACTTATTAAACCGGGCTGCTGATTTTAGGTATAAGCAt > 2:930012/1‑138 (MQ=255)
gtgtGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACAGCGGCGGGTATTACTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATAAGCATTGc > 3:523889/1‑140 (MQ=255)
gtgtGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCAGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGc > 6:458958/1‑140 (MQ=255)
gtgtGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCAGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGAATTTCGGTATCAGCATTGc > 4:363600/1‑140 (MQ=255)
tgtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTg < 2:250616/138‑1 (MQ=255)
tgtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGGATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 6:662157/140‑1 (MQ=255)
tgtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGGTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCGGCTGGAAAACGCGGCGGGTATTCCTTAAGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 5:373010/140‑1 (MQ=255)
ggtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 5:807069/139‑1 (MQ=255)
gggggctggcGAGGTTGAGTTTGCTGGTTGCGTGCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGGGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 8:913521/137‑1 (MQ=255)
tggctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTTCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACAGCGGCGGGTATTCCTTATCCAACCTGGCTAATGATGTTCGGTATCAGCATTGCGtt > 8:1100078/1‑140 (MQ=255)
tggctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCCGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGtt > 5:254492/1‑140 (MQ=255)
tggctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGtt > 3:1097259/1‑140 (MQ=255)
tggctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGACTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAGCAGCATTGCGtt > 7:80056/1‑140 (MQ=255)
tggctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTAATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGtt > 6:110362/1‑140 (MQ=255)
gctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTATCGGTATCAGCATTGCGTTGt > 5:125248/1‑140 (MQ=255)
|
GCGATGATTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGT > NZ_CP022686/2147976‑2148252
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
