Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A10 F2 I0 R1
|
233 |
6461.8 |
9239822 |
98.3% |
9082745 |
135.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
2,148,115 |
T→G |
11.1% |
L126R (CTG→CGG) |
panF → |
sodium/pantothenate symporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 2,148,115 | 0 | T | G | 11.1%
| 283.8
/ 2.4
| 159 | L126R (CTG→CGG) | panF | sodium/pantothenate symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/105); new base G (19/4); total (50/109) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.76e-08 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 178 total aligned reads displayed.
CGATGATTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGT > NZ_CP022686/2147977‑2148252
|
cGATGATTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTGCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGtggctg < 1:1177355/140‑1 (MQ=255)
atgatTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCGCGGTATTCTCGGCAAGAATTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGtggctg < 6:332119/138‑1 (MQ=255)
atTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCgag < 1:1044502/140‑1 (MQ=255)
tCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCgagtt < 2:153543/140‑1 (MQ=255)
aGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCgagtt < 6:848524/138‑1 (MQ=255)
tCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCgagtttgagtt < 7:854293/140‑1 (MQ=255)
ccTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCgcgtttgtgttt > 8:1049849/1‑140 (MQ=255)
ccTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGAGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCATATGGAGTGGGTGGCgagtttgagttt > 4:1032225/1‑140 (MQ=255)
cTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACTATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGagtttgagtttg < 3:886190/140‑1 (MQ=255)
tGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTGGTGGTCTGGGGTGGGGGGGGagtttgagtttgg > 3:811319/1‑139 (MQ=255)
tCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGGGAGTGTGAGTTtggtgggt > 8:908921/1‑138 (MQ=255)
ggCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTATGGGGTGGGTGGGGCGTTTGATGTTGCTGGttt > 6:94338/1‑137 (MQ=255)
cTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGAAGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgtt < 3:623749/140‑1 (MQ=255)
ttCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgtt < 5:665824/138‑1 (MQ=255)
ttCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgtt < 5:805316/138‑1 (MQ=255)
gggtCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGAAATTCTTGCGCGCCGCTACAAGGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttc‑gtt < 4:726089/137‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttc‑gtt < 4:677274/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttc‑gtt < 2:879052/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttc‑gtt < 4:892761/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttc‑gtt < 3:57309/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttc‑gtt < 1:1019871/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttc‑gtt < 7:83928/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttc‑gtt < 1:985435/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGGCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttc‑gtt < 7:159594/140‑1 (MQ=255)
tATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGa < 3:758788/140‑1 (MQ=255)
tATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGa < 1:627167/140‑1 (MQ=255)
aTTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACTCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGAt < 7:354063/140‑1 (MQ=255)
tctcGGCATGAAGTTCTCAATTCTTGCGCGCCGCTAGATTGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGa < 1:432242/140‑1 (MQ=255)
cGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGTGGGGCTGGGGTGTTTGGGTTTGCTGGGTGGGGTG‑GTTGGTGCGGTGACCg > 2:775265/1‑140 (MQ=255)
gaaagaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACTCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACAGTg < 2:213250/138‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTg < 2:893077/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTg < 1:195267/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTg < 8:800727/140‑1 (MQ=255)
gaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTCTGGGGTGGCGGGCGCGGGTTAGTTTGCTGGTGTCGTTA‑GTTGGTGAGATTACCGGGGAGt > 7:817901/1‑140 (MQ=255)
gaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTGGTGGGGTGGGTGGCGAGTTTGAGTTTTGTGGTTGCGGTC‑GTTGGTGGGATGACCGTGCAGt > 2:729572/1‑140 (MQ=255)
gTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGGTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGGTGCGTTA‑GTTGGTGCGATGACCGTGGAGGTTa > 2:293017/1‑140 (MQ=255)
gCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCACGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGAGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATcgg < 1:330121/140‑1 (MQ=255)
aaTTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATcggcg < 4:852670/140‑1 (MQ=255)
ttGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTGTGGGGGGGGGGGGGGGGTTGTGTTTTGTGGGTGGGGTG‑GTTTGTGGGGTGGGCGTGCAGTTTATGGGCGGTggg > 3:1125081/1‑138 (MQ=255)
ttGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGGGGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGGTGCGTTG‑GTTGGGGGGATGACCGTGCAGTTTTTAGGCGGTgcg > 8:294844/1‑140 (MQ=255)
cgctcCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTTGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTgcgcgc < 1:557435/140‑1 (MQ=255)
cgcgcCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTgcgcgc < 4:726032/140‑1 (MQ=255)
cgcgcCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTgcgcgc < 1:62721/140‑1 (MQ=255)
tACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCctgctg < 5:212061/138‑1 (MQ=255)
tACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTGC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGa < 8:599597/140‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTGTGGTGTGGGTGGCGAGTTTGTGTTTGCTGGTTGGGTTG‑GTTGGTGGGATGACCGGGCAGGTTATACGCGGTGCGCGCCTGCTGGGAACcgcg > 3:1011943/1‑140 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTGTGGTGGGGGTGGGGGGTTTGTGTTTGGGGGTTGCGTTG‑GGTGGGGGGGTGACCGGGCCGGTTTTAGGCGGTGCGCGCCGGGTGGGAACcgcg > 8:411885/1‑140 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg < 4:357332/140‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg < 3:505687/140‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcg < 6:667877/138‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTGGGGTGTGGGTGGGGACGTTTTGTTTGGTGGTTGCGTTG‑GGTTGGGCGAGGAACGTGCAGGTTATAGGCGGTGCGCGCCAGCGGGGAACcccg > 8:38009/1‑140 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCACGCTCCCTGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTGTGCTGGTTGCGTGC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg < 3:439404/140‑1 (MQ=255)
tGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCGGGCGAGGTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGCTGACCGTTCAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCccggcg > 8:767293/1‑140 (MQ=255)
gACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGcggcgg < 3:131386/140‑1 (MQ=255)
gACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTATGGGGTGGCTGGCGCGTTTGAGTTTGGTCGTTTAGTTC‑GTTGGTGCGATGTCCCGGCAGATTAAAGGGCGTTCGCGCCAGCTGGAAACCgcggc > 6:1131568/1‑138 (MQ=255)
aCGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGGGTGGCTGGCGAGGTTGAGTTTGCGGGTTGCGTTCGGTTGGT‑CGTTGACCGTGCAGTTTTTACGCGGTGCGCGCCTGCTGGCAACCgcggcg > 6:471831/1‑138 (MQ=255)
tGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTAtt < 7:423154/140‑1 (MQ=255)
aaCGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTATGGTGTGGCTGGCGAGTTTGTGTTTGCTGGTTGCGTTA‑GTTGGTTCGATGACCGTGCAGGTTATAGGCGGTGCGCGCCTGCGGGAAACCGCGGCGGGTAttgc > 4:82457/1‑138 (MQ=255)
cccGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGgctg < 4:969295/140‑1 (MQ=255)
ccAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGAttt < 3:312224/140‑1 (MQ=255)
gagTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCg < 4:859288/140‑1 (MQ=255)
gtcgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCg < 6:326388/138‑1 (MQ=255)
gtcggcTTCTGGTGTGGCGGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTGC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGt < 2:51790/140‑1 (MQ=255)
tcgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTTCTGGTTGCGGTG‑GTTTGTGGGATGACCGAGCAGTTTATAGGCGGGGGGCGCCGGCTGGAAAACGCCGCGGGGTTTCATTATGAAACCCGGCTGCGGATTTTAgg > 6:392824/1‑138 (MQ=255)
cgtcTTCTTGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGt < 5:907740/138‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGt < 6:511080/138‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 7:582510/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 4:167179/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGGTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGGGCAGTTTAGCGGCGGTGAGCGCATGCTTTAAACCGCGGCGGGTTTTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 2:672656/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCGGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGGGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 7:336689/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGGTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAACCCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 2:532484/140‑1 (MQ=255)
cctcttctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GATGGTGCGATGACCGAGCCGTTTATCGGCGGAGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 4:83062/138‑1 (MQ=255)
gtgttcgGGTGTGGCGGGGGTGTTTTAGTTTGGTGTGTGGGTTC‑GTTTGGGGGATGACCCTGGAGTTTATCGGCGGGGCGCGCCTGCTGGACACCGCGGGCGGGATTACATATGAAACCGGGCTGCTGAGTTTCGGttta > 8:100036/4‑137 (MQ=255)
gtcTTCTGGTTTGGCGGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTTCGTTC‑GTTTGTGCGATGACCGTGCAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCAGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTACTTATGAAAACGGGCTGCTTCTTTTAGGTTTc > 8:827789/1‑140 (MQ=255)
tcgtctGGTGTGGCTGGCGAGTTTTAGTTTTGTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGAACGTGGAGTTTATAGGCGGTTCGCGCCTGCTGGAAAACCCGGCGGGTATTGATTAATAAACCCGGCTGCTGATTTTAGGTTTCa > 4:1168082/4‑140 (MQ=255)
cgtatGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTTCGTTC‑GTTTGTGCGATGACCGTGCACTTTATAGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCCCGGCGGGGATTACTTAATAAACCGGGCAGCGGAATTTAGGTAta > 6:536222/5‑137 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGACGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 1:1079894/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGGGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 3:1052007/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTG‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACAGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 7:1006024/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 4:576966/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGAGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 5:179966/138‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGATGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 5:1051581/138‑1 (MQ=255)
tgtgGCTGGCTAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTA‑GTTGGTGCTATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 1:1029056/140‑1 (MQ=255)
tgtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGTTGGTTGCGTGC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 4:229950/140‑1 (MQ=255)
tgtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 4:274782/140‑1 (MQ=255)
tgtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTGC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 1:775265/140‑1 (MQ=255)
tgtgGCTGGCGAGTTTGAGGTTGCTGGGTGCGTTC‑GTTTGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 4:313930/140‑1 (MQ=255)
tgtgGCTGGCGAGTTGGAGTTTGCTGGTGGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 7:678496/140‑1 (MQ=255)
ggtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 2:449932/139‑1 (MQ=255)
gtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGGGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGt < 4:53838/140‑1 (MQ=255)
tggctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAACCCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGtt > 4:146595/1‑140 (MQ=255)
tggctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGtt > 8:772538/1‑140 (MQ=255)
tggctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGtt > 3:1003209/1‑140 (MQ=255)
tggctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGCGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGTTATCAGCATTGCGtt > 7:662018/1‑140 (MQ=255)
tggctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGAGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGtt > 2:121248/1‑140 (MQ=255)
gctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGtt > 5:538608/1‑138 (MQ=255)
gctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGt > 3:998997/1‑140 (MQ=255)
gctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGt > 8:561861/1‑140 (MQ=255)
tggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGt > 5:992528/1‑138 (MQ=255)
tggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGt > 5:882607/1‑138 (MQ=255)
|
CGATGATTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTC‑GTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGT > NZ_CP022686/2147977‑2148252
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
