Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A25 F111 I1 R1
|
23 |
51.1 |
2003682 |
90.7% |
1817339 |
142.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
754,446 |
A→G |
L8P (CTC→CCC) |
gltA ← |
citrate synthase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 754,446 | 0 | A | G | 98.3%
| 175.8
/ NA
| 59 | L8P (CTC→CCC) | gltA | citrate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (29/29); minor base T (0/1); total (29/30) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
TCGCAGGATGCGGTTGAAGTGAAGCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGAGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAA > NC_000913/754308‑754584
|
tCGCATGCTGCGGTGGAAGTGAAGCCTGGGTCAAAGGTGACCACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGttt < 2:789019/143‑1 (MQ=255)
tCGCAGGATGCGGTTGAAGTGAAGCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGttt < 1:920411/143‑1 (MQ=255)
gATGCGGTTGAAGTGAAGCCTGGGTGAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGGCCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCttt < 2:811731/143‑1 (MQ=255)
gATGCGGTTGAAGTGAAGCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCttt < 1:959113/143‑1 (MQ=255)
aacacgcttGAAGTAAAGCCCGGGTCAAAGGTGAACACACCATCTGAACCGAGAGTACGTATATCAATAACATCTTGACCCAGCCTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCttt < 2:494644/136‑1 (MQ=255)
aTGCGGTTGAAGTGAAGCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCGTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCtttt < 1:218380/143‑1 (MQ=255)
ccgTTGAAGTGAAGCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTa < 2:410496/141‑1 (MQ=255)
gCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAg < 2:613009/143‑1 (MQ=255)
gCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAg > 1:783023/1‑143 (MQ=255)
gCCTGGGTCAAAGGTCAACACACCCTTTGAACCGATAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCTCATTCAGTTCTACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAg < 2:219706/143‑1 (MQ=255)
ggTCAAAGGTGAACTCACCTTTTGAGCCGAGAGTACGGATATCACTATTATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCTGCACATCCAGTTCAACAGCTGCATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATTAGCCATTTAAGGtctc < 2:334862/143‑1 (MQ=255)
tCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCGACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCt > 1:299970/1‑143 (MQ=255)
tCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATGCCCGTTGAGGGTGGGATTTGCTGTTGTATCAGCCATTTCCGGTCTCCt > 1:834860/1‑143 (MQ=255)
aaaGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTa > 1:391945/1‑143 (MQ=255)
gAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGGGGGTTTTGCTTTTGTATTAGCCATTTAAGCTCTCCTTAGCGCCt > 2:461764/1‑143 (MQ=255)
acacCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGTTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTGGCGCCTTAtt > 1:492340/1‑143 (MQ=255)
acCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGc > 2:542134/1‑143 (MQ=255)
ttttGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTa > 1:485237/1‑143 (MQ=255)
tttGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTaa > 2:16465/1‑143 (MQ=255)
tttGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTaa < 1:467646/143‑1 (MQ=255)
atatCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTCGCGCGTTATTGCGTACGACTGCCGGAACGTAAAt > 2:308889/1‑143 (MQ=255)
tatCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGCTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTACGACTGCCGGAACTGGAAtt > 2:891592/1‑143 (MQ=255)
cAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCGTTAGCGCCTTGTTGCGTAAGACTGCCGGCACTTGAATTTGc > 2:741492/1‑143 (MQ=255)
aTAACATCTTGACCCAGTGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGAGCCTTATTGCGTAAGACTGCCTGAACTTCAATTTGCCt > 2:803543/1‑143 (MQ=255)
tAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTGAGAACATCCATTTTAACAGCTGTATCGCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCCTTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTACGACTGCCGGACATTAAATTTACCtt > 2:818767/1‑143 (MQ=255)
tAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTACGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCtt > 1:536950/1‑143 (MQ=255)
taTCTTGACCCAGCGTGGTTTTCAGCACATCCACTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGc < 2:3304/142‑1 (MQ=255)
cATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGc > 1:493405/1‑143 (MQ=255)
cATCGTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGCCTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGc < 1:633357/143‑1 (MQ=255)
tCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGACCTTGAATTCGCCTTCGcac > 2:300669/1‑143 (MQ=255)
ttGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCGTCGCACAt > 1:544827/1‑143 (MQ=255)
ccAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAAcc > 1:900044/1‑143 (MQ=255)
cAGCGTGCCTTTCCGCACATCCTGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAATGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCt < 2:63004/143‑1 (MQ=255)
cAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCTACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCt < 2:6020/143‑1 (MQ=255)
agggTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGGTTTTGTATCAGCCATTTCAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTg < 2:726036/140‑1 (MQ=255)
gTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTCCCATCCCCCATCAAccacgcg > 2:223484/1‑138 (MQ=255)
gCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGACTTAGCACATCAACCTGGCttt < 1:16465/143‑1 (MQ=255)
ccTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGCACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCGTTa > 2:825552/1‑143 (MQ=255)
aGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGtt < 1:542134/143‑1 (MQ=255)
gCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGACTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGACTTCGCACATCAACCTGGCTGTACCCGtct > 2:220528/1‑141 (MQ=255)
gCACATCCAGTTCAACAGCTGTAACCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTGTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGttt < 1:133182/143‑1 (MQ=255)
cacaTCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTAGCACATAAACCTGGCTTTACCCGtttt > 1:138314/1‑143 (MQ=255)
acaTCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGttttt < 2:783023/143‑1 (MQ=255)
ccAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTAtt < 1:980353/143‑1 (MQ=255)
ccAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTAtt > 1:644442/1‑143 (MQ=255)
gtgcAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGTGTCTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTgg < 1:97213/140‑1 (MQ=255)
aaCAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTGTTTGGCTcg > 1:120311/1‑143 (MQ=255)
actgCTGTATCCCCGTTGGTGTTGGGTTTGGCTTTTGTAAACGCCATGTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTcgc < 2:344412/140‑1 (MQ=255)
aGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTcgccg < 1:379360/143‑1 (MQ=255)
gTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGTCTCGCCGctct > 2:996466/1‑143 (MQ=255)
tATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCAGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCtg < 1:189993/143‑1 (MQ=255)
aTCTCCGGTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCtgt < 1:560384/143‑1 (MQ=255)
ccGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGcaa > 2:477207/1‑143 (MQ=255)
gTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTTGCTCGCCGCTCTTTCAAaga > 2:636577/1‑143 (MQ=255)
tGAGGGTGGGGTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAgg < 1:753386/143‑1 (MQ=255)
tGAGGGTGGGGTTGGCTTTTGTCACAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAgg < 1:34872/143‑1 (MQ=255)
gAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAggg < 1:943832/143‑1 (MQ=255)
gAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAggg < 1:355133/143‑1 (MQ=255)
ggTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGaa > 1:741966/1‑143 (MQ=255)
|
TCGCAGGATGCGGTTGAAGTGAAGCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGAGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAA > NC_000913/754308‑754584
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
