Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A21 F21 I0 R1
|
92 |
47.7 |
1834152 |
89.2% |
1636063 |
142.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
754,446 |
A→G |
100% |
L8P (CTC→CCC) |
gltA ← |
citrate synthase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 754,446 | 0 | A | G | 100.0%
| 164.2
/ NA
| 55 | L8P (CTC→CCC) | gltA | citrate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (33/22); total (33/22) |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
CGCAGGATGCGGTTGAAGTGAAGCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGAGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGG > NC_000913/754309‑754580
|
cGCAGGACGAGGATGAAGTGAAGCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGtttt < 2:183443/143‑1 (MQ=255)
ggTTGAAGTGAAGCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGCTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGtct > 2:299630/1‑141 (MQ=255)
gTTGAAGTGAAGCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATc > 1:774494/1‑143 (MQ=255)
tgaagtgcagCCTGGGTCAAACGTGAACACACCTTTTGTACCGAGTGTACGGATATCAATATCGTCTGGCTCGATCCGCCCTTTCCGTGCGTTTTCGTTAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAg < 1:421836/143‑1 (MQ=255)
tgaagtgaagGCTGAGTAAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACTTCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGTACATCTAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAg < 2:292703/143‑1 (MQ=255)
aagtgaagCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCCGTGAGGGTGGGGTTTGCTTTTGTATCAGcc > 2:570261/1‑143 (MQ=255)
gtgaggCATTGGTCAAAGGTGAACACCCCTTGTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGGGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCAt < 2:205010/143‑1 (MQ=255)
gtgaagCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCAt < 2:21272/143‑1 (MQ=255)
gaagCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGACTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGCTGACGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCAttt > 2:714796/1‑143 (MQ=255)
gCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAg < 2:517628/143‑1 (MQ=255)
gCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAg < 2:425157/143‑1 (MQ=255)
tGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAgggc > 1:310477/1‑141 (MQ=255)
tGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGtc > 1:652893/1‑143 (MQ=255)
ggTCAAAGGTGAACACACCTTTGGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGCCCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGtctc < 2:598634/143‑1 (MQ=255)
gTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTcc < 1:592832/143‑1 (MQ=255)
gTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTcc < 1:599568/143‑1 (MQ=255)
aaaGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTa < 1:905284/143‑1 (MQ=255)
gTGAACACACCTTTGCAACCGCGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAgcgc < 2:385206/143‑1 (MQ=255)
aaCACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCATCCTTTTAAGGTCTCCTTAGCGCCtt > 1:422861/1‑143 (MQ=255)
acacCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCCGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCCCCATAtt > 1:330341/1‑143 (MQ=255)
acacCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTAtt < 1:576618/143‑1 (MQ=255)
acacCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTAtt > 1:720314/1‑143 (MQ=255)
acCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTGTGTATCAGCCATTTAACGTCTCCTTAGCGCCTTagttc > 1:536596/1‑139 (MQ=255)
ccctttGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCg < 1:149522/140‑1 (MQ=255)
ttttGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTCTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGATGCAGGCGGCTTTTGCTTCTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCCTAGCGCCTTATTCCGtc > 2:360463/1‑142 (MQ=255)
aaCCGAGTGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCGTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGGATCCCAGGTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCCTTTAAGGTCTCCTCAGCGCCTGATTGCGTGAGAcg > 2:410759/1‑142 (MQ=255)
aaCCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTAGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATCTAAGGTGTCCGAAGCGCCTTATTGGGTGAGAcc > 2:411935/1‑142 (MQ=255)
ccGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCCGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTCTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTCTGACTgg > 1:27555/1‑142 (MQ=255)
ccGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATACAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGc > 1:453264/1‑143 (MQ=255)
ccGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAACGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGAGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGc > 1:314883/1‑143 (MQ=255)
gagaGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCTTTGAGGGTCGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGTGTAAGACTgacc > 2:37463/1‑140 (MQ=255)
aCGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATCGCGTAAGACTGCCGGCAcgt > 2:290227/1‑141 (MQ=255)
atatCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAAt < 1:582948/143‑1 (MQ=255)
gtttAACATTTTGTCCCAGTGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAGTAGTTGTATTCCCGTTGAGGGTGGGTGTTGCTTTTGTATCAACCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGc < 2:223947/140‑1 (MQ=255)
tAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCtt < 2:592646/143‑1 (MQ=255)
tCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTACGACTGCCGGAACTTACACTTGCCTTCGcac > 1:787277/1‑143 (MQ=255)
gACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATcg > 2:302691/1‑142 (MQ=255)
ccAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAAcc > 1:501038/1‑143 (MQ=255)
aGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGGCTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTg < 1:690036/143‑1 (MQ=255)
gCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTgg > 2:774926/1‑143 (MQ=255)
cGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAATTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGc > 1:404453/1‑143 (MQ=255)
tGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCCGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCtt > 2:250910/1‑143 (MQ=255)
gCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCACGCttt > 2:263109/1‑143 (MQ=255)
cTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCGCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTGAAAGTGGCCTCCGCACATCAACCTGGcagtac > 2:135036/1‑138 (MQ=255)
cTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCGCGGTGAGGGGGGGTTATGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTAc < 1:290227/143‑1 (MQ=255)
cTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGTCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTAc > 1:793225/1‑143 (MQ=255)
gCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCTGTTGAGGGTGGTTTTTGTTTTTGTATCAGCTATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGttt < 2:137208/143‑1 (MQ=255)
gCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACGCGttt > 1:351415/1‑143 (MQ=255)
aaCAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTCAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTcg > 2:807881/1‑143 (MQ=255)
aaCAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTcg < 1:731894/143‑1 (MQ=255)
aaCAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCATTACACGTTATTTATATGGCTcg > 1:446044/1‑143 (MQ=255)
aGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCATCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTcgccg < 1:299630/143‑1 (MQ=255)
aGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTcgccg > 1:900105/1‑143 (MQ=255)
tATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTCTTTTATTTGGCTCGCCGCTCtg > 1:71896/1‑143 (MQ=255)
ccGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGaaa > 1:526592/1‑143 (MQ=255)
tgggggtgggtTTTGCTTGTGTATCAGCCATTTAGGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAGCCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAgg < 2:744002/140‑1 (MQ=255)
|
CGCAGGATGCGGTTGAAGTGAAGCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGAGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGG > NC_000913/754309‑754580
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
