Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A23 F107 I1 R1
|
26 |
57.3 |
2246500 |
90.0% |
2021850 |
142.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
754,446 |
A→G |
L8P (CTC→CCC) |
gltA ← |
citrate synthase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 754,446 | 0 | A | G | 96.1%
| 151.8
/ NA
| 52 | L8P (CTC→CCC) | gltA | citrate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (28/21); minor base C (2/0); total (30/22) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.06e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 |
TCGCAGGATGCGGTTGAAGTGAAGCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGAGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAA > NC_000913/754308‑754584
|
tCGCAGGACGCGACCGAAGTGAAGCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGttt < 1:992960/143‑1 (MQ=255)
cAGGATGCGGTTGAAGTGAAGCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGc > 1:876998/1‑143 (MQ=255)
gtGCGGGTGAAGTGAAGCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGCGCCGCAGCTGCCGTAATGACTGACTCTTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCtttt < 2:1089888/142‑1 (MQ=255)
ggTTGAAGTGAAGCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGAATATCAATAACACCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTCCAACAGCTGTATCCCCGTTGCGGGTGGGTTTTGCTTTTGTAt > 1:320791/1‑143 (MQ=255)
ttGAAGTGAAGCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCa > 1:930223/1‑143 (MQ=255)
ttGAAGTGAAGCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCa < 2:253435/143‑1 (MQ=255)
ggagtgaagCGTGGGTCCAAGGTGAACACACATTGTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGc < 1:92110/141‑1 (MQ=255)
gtgaagCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGCGAGTACTGATATTAATAACAGAAGGTCCCAGCGTGCCTTTCAGCACATTCAGTTCATCAGGTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCAt < 1:414125/143‑1 (MQ=255)
aagCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCACTTTGAGGGTCGGCTTTGCTTTTGCAGCGGCCATCTa > 2:427272/1‑143 (MQ=255)
aagCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTCACCCAGCGTGCCTTCCAGCACATCCACTTCACCAGCGCTATCCCCGCTGAGCGTGGGTCTTGCTTTCGCATCTCCCAtttc > 2:149886/1‑142 (MQ=255)
gCCTGGGGCAAAGGGGAACACACCTTTTGAACCGAGAGGACGGATAGCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAg < 1:128946/143‑1 (MQ=255)
tCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGCGGGTGGGATTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCt > 1:538268/1‑143 (MQ=255)
caagtgTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCtt < 2:835356/138‑1 (MQ=255)
aaGGTGAACACACCTTTTTAACAGAGAGTACTGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAg < 1:123754/143‑1 (MQ=255)
cacacCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTAt > 1:618763/1‑143 (MQ=255)
acCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGGTTCTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGc > 1:758325/1‑143 (MQ=255)
acCGTTTGAACCGAGAGTACGAATATCATTAACATCTTGATCCTGCGTGTCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGc < 2:824223/143‑1 (MQ=255)
acCCTTGGAACCGAGAGGACGGATATCATTAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGc < 1:958145/143‑1 (MQ=255)
gtcgAACCTAGAGTCCGTATATCTATATCATTTTTACCCATCGTGCCTTTCAGTTCATTCAGTTCAACAGCTTTATCCCCGTTGAGTGTTGGTTTTTCTTTTGTATCAGTCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTaa < 2:612077/140‑1 (MQ=255)
ccGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGc < 1:544887/143‑1 (MQ=255)
agagTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCGAGTTGAACAGCTGTATCCCAGTTGAGGGGGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGACGTGTTGCGTAGTACTGCCgg > 1:1086695/1‑143 (MQ=255)
agTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGaa < 1:778487/143‑1 (MQ=255)
atatCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAAt > 2:867808/1‑143 (MQ=255)
atCAATAACAGCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAAttt < 2:717816/143‑1 (MQ=255)
aaTAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCCCATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTCGTATCAGCCATTTAAGGTCCCCTTAGCGCCTTATTGCCTAAGACTGCCGGAACCTACATTTgac > 2:377532/1‑141 (MQ=255)
aaTAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGcc > 1:899364/1‑143 (MQ=255)
aaTAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTCGcc > 2:695054/1‑143 (MQ=255)
aTAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACACCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGCGCGTGCGCTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTCAGGCCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGACACTTACATTTGCCt > 1:32650/1‑143 (MQ=255)
tAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCtt > 1:374496/1‑143 (MQ=255)
tAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCtt > 1:718732/1‑143 (MQ=255)
cATCTTTACCCATCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAAAAGCTGTATCCCCGTTGAGGGGGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGc < 1:972102/143‑1 (MQ=255)
cATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGCGTTTTGCTTTTGTATCAGCCCTTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGGACTTACATTTGCCTTCGc > 2:371047/1‑143 (MQ=255)
cATCGTGACCCAGCGCGCCCTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTACCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTGGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGc < 1:790471/143‑1 (MQ=255)
cccAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAATGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTCAATTTGCCTTCCCACATCGAc > 1:381070/1‑143 (MQ=255)
gCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCttt > 1:1085956/1‑143 (MQ=255)
ttCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGCTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCCCATCAACCTGGCTTTcccc > 2:891377/1‑143 (MQ=255)
acaTCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTAGCCgttgtt > 1:499368/1‑143 (MQ=255)
caTCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTCCGGCTTTGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGtttttt < 1:866656/143‑1 (MQ=255)
cAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTAttt < 1:944238/143‑1 (MQ=255)
cAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTAttt > 1:176167/1‑143 (MQ=255)
ttCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTATCCGCTTTTTATTTGGc > 2:389225/1‑143 (MQ=255)
aaCAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTcg > 1:24143/1‑143 (MQ=255)
aaCAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACACGTTATTTATTTGGCTcg > 1:719678/1‑143 (MQ=255)
aCAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTcgc > 1:934165/1‑143 (MQ=255)
aGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTGAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTGCCCGTTTTTTATTTGGGTcgccg > 1:222983/1‑143 (MQ=255)
aGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTcgccg > 2:595267/1‑143 (MQ=255)
gCTGTATCCCCGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTGTCCTTAGAGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTCTTTTGCTcgccgc > 1:21410/1‑143 (MQ=255)
cccGTTGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTCTCCGCATGATATGTGTCTCGCCGCTCTGTGac > 1:997509/1‑142 (MQ=255)
ttGACGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAagag < 1:834099/143‑1 (MQ=255)
tGAGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTCAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGGTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAgg < 1:136946/143‑1 (MQ=255)
aGGGTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAgggg < 1:734428/143‑1 (MQ=255)
ggTGGGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGaa < 1:159111/143‑1 (MQ=255)
|
TCGCAGGATGCGGTTGAAGTGAAGCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGAGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAA > NC_000913/754308‑754584
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
