Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A8 F35 I0 R1
|
304 |
9232.4 |
10623078 |
98.3% |
10442485 |
135.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
3,935,324 |
T→G |
12.0% |
N705T (AAC→ACC) |
lacZ ← |
beta‑galactosidase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 3,935,324 | 0 | T | G | 12.0%
| 356.8
/ 12.0
| 207 | N705T (AAC→ACC) | lacZ | beta‑galactosidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (51/126); new base G (24/6); total (75/132) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.49e-07 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
TCGATGCAAAAATCCGTTCCGCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGCCAACATCCAGAGGCACTTCACCGCTTGCCAGCGGCTTGCCATCCAG > NZ_CP022686/3935186‑3935463
|
tCGATGCAAAAATCCGGTCCGGTGGTGGTCTGTTGAGGGTGGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGGTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTACGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGtt < 2:1071808/140‑1 (MQ=255)
cGATGCAAAAATCCGTTCCGCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGt > 4:503371/1‑138 (MQ=255)
aTGCAAAAATCCGTTCCGCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGCGTGGGCCGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGTTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTgg < 2:265523/140‑1 (MQ=255)
aTGCAAAAATCCGTTCCGCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTgg < 2:1352262/140‑1 (MQ=255)
aTGCAAAAATCCGTTCCGCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTgg < 1:1219255/140‑1 (MQ=255)
aTGCAAAAATCCGTTCCGCTGGTGGTCAGGTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGttt < 4:44323/138‑1 (MQ=255)
tGCAAAAATCCGTTCCGCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGt > 8:159914/1‑140 (MQ=255)
tGCAAAAATCCGTTCCGCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGAGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGt < 7:336230/140‑1 (MQ=255)
tGCAAAAATCCGTTCCGCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGAGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCAATTGCTGCCAGCCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGGTTGGt > 1:469442/1‑140 (MQ=255)
cAAAAATCCGTTCCGCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGt > 4:195814/1‑138 (MQ=255)
aaaatTCCGTTCCGCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGc < 7:410336/140‑1 (MQ=255)
aaaacTCCGTTCCGCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGc < 5:1006154/140‑1 (MQ=255)
aaaTCCGTTCCGCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCATGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCAc < 6:550300/140‑1 (MQ=255)
aaaTCCGTTCCGCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGATGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTGTGttttcgc > 8:50737/1‑136 (MQ=255)
aaaTCCGTTCCGCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGCGAGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGCTGTGTCCTGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCAc < 2:574962/140‑1 (MQ=255)
cGTTCCGCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCCCTAcgc > 2:72528/1‑140 (MQ=255)
gTTCCGCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTAcg < 4:928242/138‑1 (MQ=255)
ttCCGCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCTTTTGGTTGCACTACGCGt > 1:1154292/1‑140 (MQ=255)
ttCCGCCGGTGGTCAGTGGAGGGCTGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGt < 1:226705/140‑1 (MQ=255)
tgccGCTGGTGGTCAGTTGAGGGAGGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTAcgc < 3:107895/136‑1 (MQ=255)
tCCGCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGGTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTAcgcg < 3:1091694/138‑1 (MQ=255)
cGCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTAcc < 1:711814/140‑1 (MQ=255)
gCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCg < 5:1097066/140‑1 (MQ=255)
gCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCg < 2:956401/140‑1 (MQ=255)
gCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGCGGGGGACGCGGAGGGGAGTGGCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCg < 6:863275/140‑1 (MQ=255)
gCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGCATGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTAc < 3:882305/138‑1 (MQ=255)
gCTGGGTGTCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCg < 2:27370/140‑1 (MQ=255)
tggtCAGTTGAGGGATGGCGGGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGc < 5:25635/140‑1 (MQ=255)
aatatGAGGGATGGCGTGGGACTATTATGAGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTTCACTACGCGGACCGTTAGCCa > 4:1203016/5‑138 (MQ=255)
ggATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACCCTTACCCGTATACACAGTTGtgcc > 5:226302/1‑137 (MQ=255)
ggATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACAACTCCTAACCTTAGCCAGAATTGtacc > 2:31853/1‑137 (MQ=255)
tGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGGACAAAGCGTACCGTTTGCCCGCGGTGTCCGgcg > 7:1233199/1‑140 (MQ=255)
gCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTTACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGtt > 5:511510/1‑98 (MQ=255)
gCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTTCACTACGCGTACCGTTAGGCCCAGTTGTGCGgcgcg > 2:366009/1‑139 (MQ=255)
gCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACAACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTGCGGCGct > 7:964174/1‑140 (MQ=255)
gCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGGTTGGTTGGACTAACCGTACCCTTAGCCCGACTTTTgcggcggg > 5:721569/1‑138 (MQ=255)
gcgggACGCGTAGGGGAGTGGCACTCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTGCTGCCCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTAGACCGGCGctct < 7:758342/138‑1 (MQ=255)
gTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCATGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGctct < 8:1151610/140‑1 (MQ=255)
gTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGct < 4:658462/138‑1 (MQ=255)
ccgcgGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTGTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGGCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGc < 6:987076/139‑1 (MQ=255)
aCGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGc < 5:1153837/140‑1 (MQ=255)
aCGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGc < 1:39778/140‑1 (MQ=255)
cgGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTTTCCGGCGCTCTCCGGCTgg > 7:1144912/1‑139 (MQ=255)
cgGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTGCTGACCATGCGGTCGCGGTTGGGTGGCCGACCCGGACCCGTAGCCAGAGGTGGACGGCGCACACCgggggg > 2:865824/1‑136 (MQ=255)
ggAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTg < 3:1049132/138‑1 (MQ=255)
ggAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCg < 1:265657/140‑1 (MQ=255)
ggAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCg < 6:1018592/140‑1 (MQ=255)
ggAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACAACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCg > 2:1261093/1‑140 (MQ=255)
ggAAGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCACCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTg < 3:1161112/138‑1 (MQ=255)
aGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTAAGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCggc < 6:53532/140‑1 (MQ=255)
gAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGGACTACGCGTACCCTTAACCCCAGTTGTCCCGCGCTCACCGGCTGCggccctt > 5:288843/1‑136 (MQ=255)
aGTGTCACTCAGAGGTTTTCAGACAGACGCCATTCCTGACAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGCCCATTCGGTCGCGTTTGGTATGACAACACGTGCCGTTATCCAAACGTGTACGGCGCTCTGCCGcggcgggacatg > 8:1197415/1‑134 (MQ=255)
ttCACGATGAGGTTTTCCTCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATTTGTACGGGTTATGAACATGAGGTCGCGTTTGGTTGCACTAAGCTTACATTTAGCCAGAGTTGTACTTATCTCTATGGCTGCggcatttat < 4:1192352/137‑3 (MQ=255)
gtCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTTGTTTCACTACGCCTACCGTTAGCCAGAGTTGTACAGCGCTAACCGGCGGCggcacataaag > 6:1080560/1‑133 (MQ=255)
gtCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGGCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCggcagttca < 4:322659/138‑1 (MQ=255)
gtCACGCTGAGGCTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCggcagttcagg < 1:864295/140‑1 (MQ=255)
ggcACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCGCTACGCGGACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCggcagttcagg < 5:1217297/138‑1 (MQ=255)
tCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTTGACTAAGCGTTCCGTTAGCCAGAGGTTTGCGGCGCTCGCCGGCGGCgggagttcag > 3:937484/1‑138 (MQ=255)
cACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCggcagttcaggca < 8:521040/140‑1 (MQ=255)
gCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCggcagttcaggcagtt < 6:453291/140‑1 (MQ=255)
gCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGGTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCAGGCGCTCTCCGGCTGCggcagttcaggcag < 3:286800/138‑1 (MQ=255)
gCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGGCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCggcagttcaggcagtt < 5:438477/140‑1 (MQ=255)
cTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGATGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGGTTAGTTGCACAACGCGTACCGTTATGAAGATGTGTCCGGCCCTCTACCGCTGCggcatttaaggcagg > 3:813780/1‑137 (MQ=255)
aGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTtcaat < 6:583255/140‑1 (MQ=255)
aGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGGTTGGTTTCGCATCGCGTGAAGGGAGCCAGCGGTGTCCGGCGCTCGCCGGCGGGggaagttccggcagtggaat > 6:312633/1‑135 (MQ=255)
aGGTTTTCCGCCAGACGACATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTtcaat < 6:1177491/140‑1 (MQ=255)
ggTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTtcaatc < 7:490688/140‑1 (MQ=255)
ggTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGGTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTtcaatc < 7:788073/140‑1 (MQ=255)
ggTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGGTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTtcaatc < 7:943075/140‑1 (MQ=255)
ggTGTTCCGCCAGACGCCATTGCTGACAGGCGCTGATGTGTCCTGCTTATGACCATGAGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCACTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTtcaatc < 7:621863/140‑1 (MQ=255)
tttCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTg > 4:702344/1‑115 (MQ=255)
tttCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTg < 3:702344/115‑1 (MQ=255)
tCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTTCGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTGCGGCGCTCTCCGGCGGCGGCAGTTCAGGCAGGTCCATCAAcag > 6:267570/1‑138 (MQ=255)
cGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTa < 4:787593/83‑1 (MQ=255)
cGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTa > 3:781856/1‑83 (MQ=255)
cGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCt < 5:855538/140‑1 (MQ=255)
cGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTAAGCGTACCGTTTGCCAGAGTTTTACGGCGCTCTCCGGCTGCGGGCGTTCAGGCAGTTAAATAAACTg > 4:1266790/1‑138 (MQ=255)
cGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGGTGCACTAAGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCGATGCGGCTTCGGCACTTCAGGCCAGTCAaacaaccggt > 2:505056/1‑136 (MQ=255)
gACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTACGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTAAGGCAGTTCAATCAACTGCTTAcca > 2:894810/1‑139 (MQ=255)
cGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCTGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGGTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTg < 5:356259/140‑1 (MQ=255)
cGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTg < 1:732020/140‑1 (MQ=255)
aTTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGGTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCggg < 5:147702/140‑1 (MQ=255)
tgctgcCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGcc < 6:141490/140‑1 (MQ=255)
gctgcCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCAGACCATGCGGTCGCGGTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGc < 3:1190883/138‑1 (MQ=255)
ctgcCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGAGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGcc < 3:1295923/138‑1 (MQ=255)
aGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGGTTGGTTGGACTACGCGTACCCGTAGCCAGCGTTGTCCGGCGCTCTACGGAGGCGGCCGTTCAGGCAGGTGAATACACGGCTTACAGTGGGGGGCAACagac > 8:793053/1‑137 (MQ=255)
gcgcTGAGGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGCCAACATCCag < 5:622350/140‑1 (MQ=255)
gcggATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGGTTGGTTGCACTACGCGTACAGTTAGGCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTGCAATCAACTTCTTACCTTGCGGGCCAACATCCag < 4:1272871/135‑1 (MQ=255)
cTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGCCAACATCCAGAgg < 8:676188/140‑1 (MQ=255)
cTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGGTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGCCAACATCCAGAgg < 2:444828/140‑1 (MQ=255)
aTGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTAAGCGTACCGTTAGCCATAGTTGTCCGGCGCTCGACGGCTGCGGCAGTTAATGCAGTTCAATAAACTGCTTACCGTGCTGGCCAACATACAGAGGc > 4:57616/1‑138 (MQ=255)
gtggCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGCCAACATCCAGAGGCACtt < 1:1136402/140‑1 (MQ=255)
tCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGCCAACATCCAGAGGCACTTCAc < 1:754379/140‑1 (MQ=255)
cGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTg < 3:514678/76‑1 (MQ=255)
ccATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGCCAACATCCAGAGGCACTTCACCGCTTGCCAGCg < 1:158823/140‑1 (MQ=255)
cGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGCCAACATCCAGAGGCACTTCACCGCTTGCCAGCGGCt < 4:776678/138‑1 (MQ=255)
tCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGCCAACATCCAGAGGCACTTCACCGCTTGCCAGCGGCTTGCCa < 1:1261093/140‑1 (MQ=255)
gcgTTTGGTTGCACTACGCGTCCCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCATTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGCCAACTTCCAGAGGCACTTCACCGCTTGCCAGCGGCTTGCCa < 4:1240267/138‑1 (MQ=255)
ttttGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCAGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGTGCCAACATCCAGAGGCACTTCACCGCTTGCCATCGGCTTGCCATCCAg < 1:117762/140‑1 (MQ=255)
tttGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGCCAACATCCAGAGGCACTTCACCGCTTGCCAGCGGCTTGCCATCCAg < 5:499116/140‑1 (MQ=255)
|
TCGATGCAAAAATCCGTTCCGCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGCGTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGCCAACATCCAGAGGCACTTCACCGCTTGCCAGCGGCTTGCCATCCAG > NZ_CP022686/3935186‑3935463
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
