Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F36 I0 R1
|
179 |
8076.5 |
8499890 |
98.3% |
8355391 |
135.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
3,935,324 |
T→G |
15.5% |
N705T (AAC→ACC) |
lacZ ← |
beta‑galactosidase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 3,935,324 | 0 | T | G | 15.5%
| 256.1
/ 14.5
| 159 | N705T (AAC→ACC) | lacZ | beta‑galactosidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/104); new base G (26/2); total (53/106) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-13 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
CTCGATGCAAAAATCCGTTCCGCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGCCAACATCCAGAGGCACTTCACCGCTTGCCAGCGGCTTGCCATCCAG > NZ_CP022686/3935185‑3935463
|
aTGCAAAAATCCGTTCCGCTGGGGGTCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGATTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACGATGCGGTCGC‑Gttt < 7:876989/138‑1 (MQ=255)
tGCAAAAATCCGTTCCGCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGt > 4:647618/1‑140 (MQ=255)
tGCAAAAATCCGTTCCGCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGt > 4:81823/1‑140 (MQ=255)
tGCAAAAATCCGTTCCGCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGATTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTgtt > 6:268913/1‑138 (MQ=255)
tGCAAAAATCCGTTCCGCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCAGTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCAGGCGGTCGC‑GTTTGGt > 4:259129/1‑140 (MQ=255)
cAAAAATCCGTTCCGCTGGGGGTCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGCCCATGCGGTCGC‑GGTTGGt > 8:72826/1‑138 (MQ=255)
aaaaaTCCGTTCCGCTGGTGGGCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGtt < 7:453346/138‑1 (MQ=255)
aaaaTCCGTTCCGCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCa < 2:390719/140‑1 (MQ=255)
aaaTCCGTTCCGCTGGTGGTCAGTTGAGGGTTGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCAc < 2:394996/140‑1 (MQ=255)
aaaTCCGTTCCGCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGAGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCAc < 5:989925/140‑1 (MQ=255)
cGTTCCGCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTAcgc > 4:31724/1‑140 (MQ=255)
ggtCCGCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTAcgcg < 1:867921/138‑1 (MQ=255)
gTTCCGCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTACCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTAcgcg < 2:699367/140‑1 (MQ=255)
gTTCCGCTGGTGGTCAGGTGAGGGAGGGCGGGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTAcgcg < 1:186238/140‑1 (MQ=255)
gTTCCGCTGGGGGGCAGTTGAGGGATGGCGGGGGCCGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGCGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTAcgcg < 4:251155/140‑1 (MQ=255)
cGCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTa < 8:432184/138‑1 (MQ=255)
gCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCg < 5:311315/140‑1 (MQ=255)
gCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCg < 3:683492/140‑1 (MQ=255)
gCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGGCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCg < 3:510784/140‑1 (MQ=255)
gCTGGTGGTCAGTTGAGGGAGGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTAc < 7:524482/138‑1 (MQ=255)
tggaCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTGCCGCCAGACGACATTGCTGCCAGGGGCTGATGTGTCCGGCTGCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGc < 1:440605/140‑1 (MQ=255)
gggtacgTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTa < 8:677605/132‑1 (MQ=255)
cgggcAGTTGAGGGATGGCGGGGGACGCGGAGGGGAGGGTCCCGCTGAGGGTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTa < 7:125600/134‑1 (MQ=255)
gtCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCa < 4:604022/140‑1 (MQ=255)
ggcAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCa < 4:111413/138‑1 (MQ=255)
ggcAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTAACGCTGAGGATTGCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCAGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCa < 3:641287/138‑1 (MQ=255)
aGGGATGGCGTGGGACGCTGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTc < 1:204701/140‑1 (MQ=255)
tGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGGACTAAGCGTACCGGTAGCCCTAGTTTTGCgggg > 6:426024/1‑138 (MQ=255)
tGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GGTTGGTTTGACGACGGGGACCGTTAGCCCGAGTTTTGCGgcc > 4:912077/1‑139 (MQ=255)
tGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACAATGCGGTCGC‑GGTTGGTTGCACATCGCGTAACCTTAGCCAGAGTTGTCCGgcc > 6:71075/1‑139 (MQ=255)
gggCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGATGATGTGTCCTGCTTCTGACCATGGGGTCGC‑GTTTTGTTGCACTAAGCGTACCGTTTGCCTGAGTTGTCAGgcg < 6:193140/139‑1 (MQ=255)
gCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGCCGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTTGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGCGTTGTCCGgggcg > 5:535321/1‑139 (MQ=255)
gCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCTCTGATGTGTCCGGCTTCTGCCCATGCGGTCGC‑GTTTGGGTGAACTAACCGTTCAGCTAGCCAGCGTTGTACGgggcg > 4:51362/1‑139 (MQ=255)
gCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGgcgcg > 2:722152/1‑139 (MQ=255)
gCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GGTTGGTTGGACTACGCGGACCGGTTGCCACAGTTGTCCGgcgcg > 1:254504/1‑139 (MQ=255)
gCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GGTTGGTTGAACTACGCGTACCGTTTGCCAGAGTTGTACTGCGct > 3:826850/1‑140 (MQ=255)
gCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GGTTGGGTGCAAAACCCGGAGCGGTAGCCAGAGTTTTACGgcgcg > 1:351031/1‑139 (MQ=255)
gCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGCCTCTGAGGTGTCCGGCGTCTGACCAGGCGGTCGCGGGTTGTTTGCAC‑ACGCGTCCCGTTAGCCCGTGTTGTCCGgcgcg > 4:754440/1‑139 (MQ=255)
gTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGCCGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGGTTCGCTACGCGTACCCTTAGCCAGAGTTGTGCGgcgcg > 8:536066/1‑137 (MQ=255)
gTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGCTGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GGTTGGTTGGGCTACGGGGAGCGTGAGCGAGAGGTGTGCGgcgcg > 7:974990/1‑137 (MQ=255)
gTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGctct < 6:415165/140‑1 (MQ=255)
aCGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGc < 3:1030102/140‑1 (MQ=255)
aCGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGGTGTCCGGCGCTCTCCGGc < 2:282506/140‑1 (MQ=255)
aCGCGGAGGGGAGTGGCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCAAGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGc < 3:7174/140‑1 (MQ=255)
cgGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GGTTTGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCACAGTTGTCCGGCGCGCTCCCGCGGc > 2:673890/1‑140 (MQ=255)
ggAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTg < 8:653321/138‑1 (MQ=255)
ggAGGGGAGTGGCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTGCTGACCATGCGGTCGC‑GGTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTg < 8:747567/138‑1 (MQ=255)
gAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCgg < 1:985422/140‑1 (MQ=255)
gAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTAAGCGTACCGTTAGCCATAGTTGTACGGCGCTCTACGGCTGCgg > 6:970898/1‑140 (MQ=255)
aGGGGCGTGTCACGCTGAGGTTTGCCGCCAGACACCATTGCGGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCggc < 5:77812/140‑1 (MQ=255)
tgtCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCTC‑GTTTGTGTGCCCTACCCGTACCGGTTGCCCGAGGTGTGCGGCGGCCGACGGGGGCggcaggtcag > 2:439941/1‑140 (MQ=255)
tgtCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GGTTGGTTGGACTACGCGGTCCGGTAGCCAGAGTTGTGCGGCGCTCGCCGGCTGCggcaggtcag > 4:358963/1‑140 (MQ=255)
gtCACGCTGAGGTTTTCCTCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGAGCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCggcagttca < 8:450365/138‑1 (MQ=255)
gtCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTTGTTGCACTACGCGGACCGTTAGCCACAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCggcaggtccgg > 6:491598/1‑140 (MQ=255)
gtCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCggcagttcagg < 2:927018/140‑1 (MQ=255)
tCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GGTTGGGTGCAAGAAGCGGTCCGGTAGGCAGAGTTTTACCGCGGTCTACCGCTGCggccgttctg > 7:27802/1‑136 (MQ=255)
cACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GGTTGGTTTCACGACGCGTACCGTTAGCCACAGTTGTCCGGCGCTCTACGGCTGCggcagttcagg > 8:39438/1‑138 (MQ=255)
gCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCggcagttcaggcagtt < 2:1017904/140‑1 (MQ=255)
gCTGAGGGTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCggcagttcaggcagtt < 4:412181/140‑1 (MQ=255)
gCTGAGGATTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTTCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCggcagttcaggcagtt < 2:551782/140‑1 (MQ=255)
ggtttttCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGGCGC‑GTTTGGTTGCCCTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGGAGTTCAGGCAGTtcaat < 6:156914/137‑1 (MQ=255)
aGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GGTTGGTTGCCCTACCCGTACCCGTAGGCAGAGTTTTCCGGGGCACTCCGGCTGCGGGAGTTAAAGCAGTtcaaa > 2:1079510/1‑139 (MQ=255)
ggTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTtcaatc < 5:39819/140‑1 (MQ=255)
ggTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTtcaa < 8:862825/138‑1 (MQ=255)
ggTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACAGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTtcaatc < 4:830872/140‑1 (MQ=255)
gTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTtcaatca < 3:723483/140‑1 (MQ=255)
gTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTtcaat < 7:919541/138‑1 (MQ=255)
ttgtCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGGCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGGTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTtcaatcca < 2:292103/137‑3 (MQ=255)
tCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGGACTGCGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCGCTCACGCGGGGGCAGTTAATGCAGTttaatcaccag > 3:589940/1‑136 (MQ=255)
tCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGGTGCACTACGCGTACCGGTAGCCAGAGGTGTCCGGCGGGCTGCGGCTGCGGCGGGTGAGGCAGGTCCATCAAcag > 2:557201/1‑138 (MQ=255)
cGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCt < 1:935697/140‑1 (MQ=255)
cGCCAGACGCCATTGCTCCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTTGTTGGACTACGCGTCCCGTTAGCCCGAGTTGGACGGCGCGCGCCGGCGGCGGGAGGTCCGGCAGTTCAATAAAcag > 8:159469/1‑136 (MQ=255)
ttGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCgg < 7:500241/138‑1 (MQ=255)
tgctgcCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGcc < 1:757904/140‑1 (MQ=255)
gctgcCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGCCa < 1:356125/140‑1 (MQ=255)
gctgcCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGCCa < 2:589644/140‑1 (MQ=255)
gctgcCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGAACATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCAGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGCCa < 6:780306/140‑1 (MQ=255)
ctgcCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGcc < 7:445055/138‑1 (MQ=255)
ctgcCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGcc < 8:114283/138‑1 (MQ=255)
ctgcCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGCCaa < 2:768618/140‑1 (MQ=255)
ctgcCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGCCaa < 4:524762/140‑1 (MQ=255)
ctgcCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGCCaa < 2:348664/140‑1 (MQ=255)
gcTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGCCAACATCCag < 8:555813/138‑1 (MQ=255)
cTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGCCAACATCCAGAgg < 3:359353/140‑1 (MQ=255)
cTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGCCAACATCCAGAgg < 3:514927/140‑1 (MQ=255)
cTGATGTGTCCGGCGTCTGCACATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCATGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGCCAACATCCAGAgg < 3:988288/140‑1 (MQ=255)
ggCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGCCAACATCCAGAGGCACTTCACCGc < 3:451341/140‑1 (MQ=255)
ggCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACGACGCGTACCGGTAGCCAGAGTTGTGCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCCATGAACAGCTTACCATGGGGGCCCACAACCACAGGCCCGTCAcccc > 2:655276/1‑138 (MQ=255)
ttGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGGTAGCCTGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGCCAACATCCAGAGGCACTTCACCGCTTGCCAGCg < 7:5547/137‑1 (MQ=255)
tGCGGTCGC‑GGTTGGTTGCCCTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCGCTCCGGCTGCCGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTAACTTGCGGGCCAACAACCAGAGGCACATAACCCCATTCCACCGGca > 2:1046934/1‑139 (MQ=255)
tCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGCCAACATCCAGAGGCACTTCACCGCTTGCCAGCGGCTTGCCa < 1:1046934/140‑1 (MQ=255)
cgc‑gTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGCCAACATCCAGAGGCACTTCACCGCTTGCCAGCGGCTTGCCAt < 1:679192/140‑1 (MQ=255)
gc‑gTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGCCAACATCCAGAGGCACTTCACCGCTTGCCAGCGGCTTGCCATc < 2:997865/140‑1 (MQ=255)
gc‑gTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGCCAACATCCAGAGGCACTTCACCGCTTGCCAGCGGCTTGCCATc < 6:915050/140‑1 (MQ=255)
gc‑gTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGCCAACATCCAGAGGCACTTCACCGCTTGCCAGCGGCTTGCCATc < 3:883545/140‑1 (MQ=255)
gc‑gGTTGGTGGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGGCCGGCGCGCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGCCAACATCCAGAGGCACTTCACCGCTTGCCAGCGGCTTGCCATc < 5:743078/140‑1 (MQ=255)
tttGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGCCAACATCCAGAGTCACTTCACCTCTTGCCAGCGGCTTGCCATcc < 7:664593/138‑1 (MQ=255)
tttGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGCCAACATCCAGAGGCACTTCACCGCTTGCCAGCGGCTTGCCATCCAg < 1:678311/140‑1 (MQ=255)
tttGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGGTGTCCGGAGCTCTCCGGCTGCGGCAGTGCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGCCAACATCCAGAGGCACTTCACCGCTTGCCAGCGGCTTGCCATCCAg < 5:632422/140‑1 (MQ=255)
tttGGTGGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGCCAACATCCAGAGGCACTTCACCGCTTGCCAGCGGCTTGCCATCCAg < 1:101353/140‑1 (MQ=255)
|
CTCGATGCAAAAATCCGTTCCGCTGGTGGTCAGTTGAGGGATGGCGTGGGACGCGGAGGGGAGTGTCACGCTGAGGTTTTCCGCCAGACGCCATTGCTGCCAGGCGCTGATGTGTCCGGCTTCTGACCATGCGGTCGC‑GTTTGGTTGCACTACGCGTACCGTTAGCCAGAGTTGTCCGGCGCTCTCCGGCTGCGGCAGTTCAGGCAGTTCAATCAACTGCTTACCTTGCGGGCCAACATCCAGAGGCACTTCACCGCTTGCCAGCGGCTTGCCATCCAG > NZ_CP022686/3935185‑3935463
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
