Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A19 F50 I0 R1
|
80 |
46.5 |
1794022 |
91.0% |
1632560 |
142.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,184,543 |
C→A |
100% |
P1100Q (CCG→CAG) |
rpoB → |
RNA polymerase subunit beta |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,184,543 | 0 | C | A | 100.0%
| 167.9
/ ‑6.7
| 60 | P1100Q (CCG→CAG) | rpoB | RNA polymerase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (33/25); total (34/26) |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
CTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCAG > NC_000913/4184404‑4184682
|
cTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGca > 1:421703/1‑142 (MQ=255)
tggtggTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGCCCCAGCTg > 1:798096/1‑143 (MQ=255)
tggtggTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTg > 1:714021/1‑143 (MQ=255)
gCGGTTAGCGGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTggg < 2:294950/143‑1 (MQ=255)
tgtttAAACGCCGTATCCAGACTGTTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGACCAACCCGAGCGAAGATATGCCTTACGGTGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGc < 1:633732/140‑1 (MQ=255)
gTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGt > 2:798255/1‑143 (MQ=255)
ttAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTa > 2:615023/1‑143 (MQ=255)
aaCGCCGTATCCAGCCTGGGGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTACCAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCCGTAGACATTGTACTGAACCAGCGGGGCGCACCg > 2:580981/1‑143 (MQ=255)
ccccGTATCCAGCCTGGTCACAAGATGGCAGGTCGCCACGGTAACAAGGGTGGAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGtc < 2:766651/141‑1 (MQ=255)
tATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTa < 2:541593/143‑1 (MQ=255)
cAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTACCACCCGTGTAATTTCTCAGATCAACCCCATCGAACACATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCCGTACACATCGTACTAAACCAGCTGGCCCTACCGTCCCGCAtaac > 2:616633/1‑140 (MQ=255)
tgttGACAAGATGGCAGGGCGTCACGGTAACAAGGGCATAAATACTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCg < 1:503549/140‑1 (MQ=255)
gACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCa > 1:313672/1‑143 (MQ=255)
gACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGACTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGAACTGAACCAGCTGGACGTACCGTCTCGTGGGAACATCggcaa > 2:845880/1‑140 (MQ=255)
aCAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACGTGGGTCAg > 2:526280/1‑143 (MQ=255)
aaGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATATCTAAGAGCAACCCGATCGAAGATCTGGCATACGAATAAAACGGTACGACGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTAGGATGAATATAGTACAGAt > 2:242406/1‑143 (MQ=255)
gATGGCAGGTCGTCACGGTAACAATGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATcc < 2:169660/143‑1 (MQ=255)
aTGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCt > 2:162445/1‑143 (MQ=255)
tcccAGGTCGTCACGTTAACAAGTGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCTAAGATATGCCTTACGATTAAAACTGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCATCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTc < 2:803880/140‑1 (MQ=255)
ggCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCGGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCg > 2:659552/1‑143 (MQ=255)
gCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGGACATCGGTCAGAGCCTCGa > 2:809088/1‑143 (MQ=255)
gCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGAAATTACTACGATCTACCGGAGCGGAGCTATGGGATACGTTGCAAACAGAACGCCGGTAGACGTCGTACTGAACCAGCTGGGCGTGCCGCATCGGATGAACATCGGTCAGATCCGCGa > 2:189205/1‑143 (MQ=255)
gCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGGGTAATTTCTAAGATCCACCCGATCGAAGATATGCCTTACGCTGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTCCCGTCTCGTGTGAACATCGGTCAGAtagtcgc > 1:775006/1‑137 (MQ=255)
gCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGAGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGACCCTCGa > 2:784289/1‑143 (MQ=255)
aaGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTAAGAACATCGGGCAGATGCGCGaa > 1:295490/2‑143 (MQ=255)
aGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGaaa < 1:10071/143‑1 (MQ=255)
gtcACGGGAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCAc < 1:94234/143‑1 (MQ=255)
tcACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAGACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCAcc > 1:438199/1‑143 (MQ=255)
tcACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCAcc > 2:121547/1‑143 (MQ=255)
tcACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTAGGACCATCGGTCAGATCCTCGAAACCCAcc > 1:197171/1‑143 (MQ=255)
cACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCt < 1:173974/143‑1 (MQ=255)
cAAGGGTGTAATTTCTAAGATGAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATAAAAACGGTACGCCGTTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACGGTCGCGTATGAGCATCGGTCAGAGCCGCGAAACCTGCGTGGGtgggg > 1:177753/1‑139 (MQ=255)
aaGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGc > 2:267170/1‑143 (MQ=255)
gtgtAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACGGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGACCCTCGAAACCCACCTGGGTAAGgcggcg > 2:603467/1‑143 (MQ=255)
tAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGaca > 1:103898/1‑141 (MQ=255)
tAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGaaa > 2:894303/1‑143 (MQ=255)
tAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACAGCGGTCAGAGCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGaaa < 1:704878/143‑1 (MQ=255)
tAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACACCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCGCGAAATCCACCGGGGTATGGCTGCGcaa > 2:890007/1‑143 (MQ=255)
aaTGTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAg < 1:98426/143‑1 (MQ=255)
cTAAGAACAACCCGATCGAAGAGATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATc < 1:10472/143‑1 (MQ=255)
aGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTAtggtc > 2:468769/1‑139 (MQ=255)
accgtcccGATCGAAGATATGCCTGACGCGGAAGACGGTACGCCGGTATACCTCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATCAACATCTCTCACACCCCCGAACCCCACTTGGGTATCGCTGCGAAAGGTATCGGCGa < 1:614121/138‑1 (MQ=255)
aTCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGa < 1:770867/143‑1 (MQ=255)
cGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATc > 2:704460/1‑143 (MQ=255)
gATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCa < 1:894303/143‑1 (MQ=255)
gAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGc > 1:52161/1‑143 (MQ=255)
gAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGc < 1:368870/143‑1 (MQ=255)
atatGCCTTACGATGGAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATg < 1:475533/143‑1 (MQ=255)
gCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGa < 1:823741/143‑1 (MQ=255)
cTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGaaa < 2:256272/143‑1 (MQ=255)
gATGAAGACGGTACGCCGGTAGACACCGTACTGAACCAGCGGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAAcagca < 1:798285/143‑1 (MQ=255)
gATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGTGCCTCGAAACTCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAAcagca < 1:82191/143‑1 (MQ=255)
tGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACagcagc > 1:505124/1‑143 (MQ=255)
aaaaCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACAAAGGTGAGATACTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAGGAACAACGCCATGCTGAAACAGCGGCaa > 1:290578/1‑143 (MQ=255)
gCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTCTCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGACACAGCAGCATGAAGTCGCGa > 1:141919/1‑143 (MQ=255)
gCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCCTGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGa < 2:783938/143‑1 (MQ=255)
gCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGa < 1:547126/143‑1 (MQ=255)
gTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACATGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAAtt > 2:43276/1‑143 (MQ=255)
tGACCCGGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATc < 2:295490/143‑1 (MQ=255)
aCCAGCTGGGCGTACCGGCTCGTCAGAACATCTGTCGTTTTTTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCAg < 1:162445/143‑1 (MQ=255)
|
CTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCAG > NC_000913/4184404‑4184682
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
