Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F29 I0 R1
|
121 |
60.1 |
2565746 |
91.2% |
2339960 |
142.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,184,543 |
C→A |
100% |
P1100Q (CCG→CAG) |
rpoB → |
RNA polymerase subunit beta |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,184,543 | 0 | C | A | 100.0%
| 422.4
/ ‑6.7
| 145 | P1100Q (CCG→CAG) | rpoB | RNA polymerase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/2); new base A (78/62); total (80/65) |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
CTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCAG > NC_000913/4184404‑4184682
|
cgggCGGTTAAGCGCCGGATACCGCCTGGTGACAAGAGGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCt < 2:889779/141‑1 (MQ=255)
ggCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTCCGGAACCAGCTgg > 2:464696/1‑143 (MQ=255)
gCGGTTACAGGCCGGATCCAGCCTGGGGACAGGATAGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAAGTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTggg < 2:590293/143‑1 (MQ=255)
gCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCgggg > 2:658266/1‑143 (MQ=255)
gCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTggg > 2:1149094/1‑143 (MQ=255)
cGGTTAAACGCGGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGGAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCGAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGc < 2:1038907/143‑1 (MQ=255)
cGGGTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGc < 1:317599/143‑1 (MQ=255)
ggTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCg > 1:144969/1‑143 (MQ=255)
tAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTAc < 1:1184434/143‑1 (MQ=255)
aagcgtcGTATGCAGCCGGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTAcc < 2:485981/137‑1 (MQ=255)
aaaCGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTAcc < 1:1087887/143‑1 (MQ=255)
aaCGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGACGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCg > 2:273069/1‑143 (MQ=255)
aCGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGCTCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGt > 2:440135/1‑143 (MQ=255)
aCGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGCTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCgc > 1:1266953/1‑142 (MQ=255)
ccGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGtctc < 2:1267377/143‑1 (MQ=255)
cgcaTCCAGGCTAGCGACAAGATGGCAGGTCGACACGGTAACAAGGTTGTTCTTTCTACGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCg < 2:1086753/140‑1 (MQ=255)
gTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGCCAT‑CGTACTGCACCAGCTGGGCGTGCCGACCCGt > 1:336904/1‑143 (MQ=255)
gTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGt > 1:897370/1‑143 (MQ=255)
tATCCAGCCTTGTGACACGATGTCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCGAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTa < 2:36530/143‑1 (MQ=255)
agccAGCGTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCAGGGTAACAAGGGTGTAATTTCGAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑AGTAACGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTAt < 2:1119579/141‑1 (MQ=255)
aTCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTAt > 2:188716/1‑143 (MQ=255)
aTCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCCACCGCAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTCCGCCGGCAGACAT‑CGGACTGAGCAAGCAGCGCGTACCGTCTCGtct > 2:1063368/1‑141 (MQ=255)
ccAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCCGGGCGTACCGTCTCGTATGa > 1:166708/1‑143 (MQ=255)
gtgctcggTGACGACATGGCAGGTCGTCACTGTAACAAGGGTGTAATGTGTAAGATCGACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAGACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGaa < 2:1042665/137‑1 (MQ=255)
cacccTGGTGACAATACGGCGGGTAGTCACGGTAACAAGTGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATCCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGaa < 1:973640/140‑1 (MQ=255)
cAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGCAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGac > 2:1145711/1‑142 (MQ=255)
aGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATGTGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAAc > 1:738127/1‑143 (MQ=255)
tGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGCTCGAAGATGTGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCACCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCg > 2:360060/1‑143 (MQ=255)
tGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCg < 1:877651/143‑1 (MQ=255)
gTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGt < 2:181243/143‑1 (MQ=255)
gACACGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCa < 1:1060124/143‑1 (MQ=255)
aaGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTgg < 2:62329/112‑1 (MQ=255)
gATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGAGTCCTGCATATTAACAACCCGATCGAAGATAGGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGTGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGGCAGATcc > 2:774224/1‑143 (MQ=255)
tGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTc < 1:218298/143‑1 (MQ=255)
tGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGACGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTc < 1:375794/143‑1 (MQ=255)
gCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTATCGGATGAACGTCGGTCAGATCCTCGa > 2:1171604/1‑143 (MQ=255)
cAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGaa > 1:187393/1‑143 (MQ=255)
cAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGAACGCCGGGACACATACCAACTG‑ATGTTTTTGGCGTACCGTCTCGTATGAACATGGGGCAGATCCTCGaa > 1:537967/1‑143 (MQ=255)
tcACGGTAACAATGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAGCGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCAcc < 1:642533/143‑1 (MQ=255)
tcACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAACCGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTTGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCAcc > 1:315338/1‑143 (MQ=255)
tcACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGCATGCACATCGGTCCGATCCTCGAAACCCAcc > 1:127979/1‑143 (MQ=255)
cagggTAACAGGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGGACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCt < 1:716610/140‑1 (MQ=255)
gTAACAAGGGTGTACTTGCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGt < 1:337841/143‑1 (MQ=255)
tAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCCGGGTa > 1:1175301/1‑143 (MQ=255)
aatacgggTGTAATTTCTAAGATGATCCACATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGATCCCGCTGGTCGTACCGTCTCGTATGTACATTGGTCAGACCCTCGAAACCCACCTGGGTAt < 2:915114/138‑1 (MQ=255)
aaGGGTGTAATTTCTCAGATCAACCCGATCGAAGAAAAACCTTACGTTGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAGCCAGCTGGGCGTAGCGTCTCGAATGAACATCAGCCAGATCCGCGACACCCACCCGGGCACGGc > 2:846846/1‑143 (MQ=255)
gggTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGGACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTCTGAACATCGGTCAGATCCTCGAAGCCCGCCTGGGTCTGGCTg > 1:412/1‑143 (MQ=255)
gtgtAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGGACATCGGGCAGATCCTCGAAACCCGCCTGGGTATGGGTGCg > 1:1137066/1‑143 (MQ=255)
gtgtAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATACCTTACGGTGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGCGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCCCTAAACCCACCAAGGTATGGCTGCg > 2:702148/1‑143 (MQ=255)
tgtAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCAGCGa > 2:193703/1‑143 (MQ=255)
gtAATTTCTAACATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGaa < 2:1199298/143‑1 (MQ=255)
tAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTCCGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGaaa > 1:1196842/1‑143 (MQ=255)
tAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGaaa < 1:961939/143‑1 (MQ=255)
tAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTAGCTAAGCCTGCGaaa > 2:492577/1‑143 (MQ=255)
tAATTGCTAAGAGCAACCCGATCGAAGAGAGGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACGT‑CGTACGGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGaaa < 2:132465/143‑1 (MQ=255)
agtacTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAgg > 1:941501/5‑143 (MQ=255)
aTTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTAGGGCTGCGATAgg > 1:989570/1‑143 (MQ=255)
ttCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCCGCGAAAGGTa > 2:257568/1‑143 (MQ=255)
tCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTAt > 1:147104/1‑143 (MQ=255)
tAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACGCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTAGCg > 1:1195270/1‑143 (MQ=255)
tAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCg > 1:699495/1‑143 (MQ=255)
tAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGGATGGCGGCGAAAGGTATCg > 1:1158339/1‑143 (MQ=255)
aGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGATACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAAACAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCAGTCAAATCCTCGAAACCCAACTGGATATGACTACGAAAGATAACgac > 2:31577/1‑141 (MQ=255)
aTCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGa > 2:633651/1‑143 (MQ=255)
aTCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTAGCGGCGa > 1:1114806/1‑143 (MQ=255)
aaCCCGAACTAAGAGATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACaa < 1:166955/143‑1 (MQ=255)
cccGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑TGTACTGAACCAGCTGGGCGTATCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGAGAGAGGTCTCGGCgcaagca > 2:134970/1‑137 (MQ=255)
cccGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCGCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCAGGGTATGGCTGCGAACGGTATCGGCGACAAGa > 2:45980/1‑143 (MQ=255)
ccagcGAAGTTAGGCCTGACGATGGAAACGGTGCGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGTGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATc < 2:68657/139‑1 (MQ=255)
cGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATc < 1:355110/143‑1 (MQ=255)
gATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCa < 1:943135/143‑1 (MQ=255)
tCGAAGATATGCCTTACGATGACAACTGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAAc < 2:720077/143‑1 (MQ=255)
tCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAAc > 1:848316/1‑143 (MQ=255)
gAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGGCAGATCCTCGAGACCCGCCGGGGTATGGCTGCGAAAGGGCGCGGCGACACGGTCAAGGc > 1:812112/1‑143 (MQ=255)
aaGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTATCGTATGAACATCGGTCAGCTACTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTAGCGGCGACAAGATCAACGcc > 2:985618/1‑143 (MQ=255)
aaGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGCGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGCAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGcc > 2:993872/1‑143 (MQ=255)
gCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACACGGTCAACGCCATGCTgg > 1:687869/1‑142 (MQ=255)
cgcaCGATGGAAACGGTACGCCGGGAGACCA‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGGCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGaaa < 2:1197138/140‑1 (MQ=255)
cTTACGATGTAACCCGTACGCGGTTACAGAT‑CGTACCGAACTAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGCACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGaaa < 2:444782/143‑1 (MQ=255)
cTTACGATGCAAACGGTACGCCGGGAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGTCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGCGTATGGCTGCGAAAGGTAGCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGaaa < 1:119006/143‑1 (MQ=255)
cTTACGATGAAAACGGTACGCAGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTGAGATCCTCGACACCCACCTGGGTATGGCTGAGAAAGGTGTCGGCGACAAGAGCAACGCCCTGCCGaga > 2:583565/1‑141 (MQ=255)
ttACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAAc > 2:856653/1‑143 (MQ=255)
aggAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAAcagcag < 1:802774/141‑1 (MQ=255)
tGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTAGCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAACCagccgc > 1:1165603/1‑143 (MQ=255)
aaaaCGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCaa < 2:1052780/143‑1 (MQ=255)
atcGGTACGGCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCGGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCaaga < 2:654200/141‑1 (MQ=255)
ggTACGCCAGTAGCAAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGt < 2:1234334/143‑1 (MQ=255)
cGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGaaa < 1:440135/143‑1 (MQ=255)
gTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACt > 1:891885/1‑143 (MQ=255)
aCAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGGAACTgcgc > 1:493186/1‑143 (MQ=255)
cAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGGGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAACGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCCTGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGAGCAACTGcgcg > 2:780968/1‑143 (MQ=255)
t‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCCCCCGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGaa < 1:175138/143‑1 (MQ=255)
t‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGaa < 1:707331/143‑1 (MQ=255)
t‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCACGTATGAACATCGGTCAGAGCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCCGAAACAGCAGCAAGCAGTCGCGACACCGCGCGaa > 1:245291/1‑143 (MQ=255)
gcGTACTCAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACCGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGaa < 1:297234/142‑1 (MQ=255)
cGTACTGCCCCGGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAAt < 2:371908/143‑1 (MQ=255)
tACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTCTGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTc < 1:617791/143‑1 (MQ=255)
tGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATc < 1:633651/143‑1 (MQ=255)
aaCCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCa > 1:1047075/1‑143 (MQ=255)
aaCCAGCTGGGCGTACCGTCTCGCATGAACATCGGTCAGCTCCTCGACACCCACCTGGGTATGGCTGCGAACGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGACACAGCAGCAAGACGTCGCGAAACTGCCCGAAtccatcca > 2:497071/1‑143 (MQ=255)
|
CTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCAG > NC_000913/4184404‑4184682
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
