Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A21 F21 I1 R1
|
19 |
60.0 |
2284426 |
90.7% |
2071974 |
142.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,184,543 |
C→A |
P1100Q (CCG→CAG) |
rpoB → |
RNA polymerase subunit beta |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,184,543 | 0 | C | A | 98.2%
| 154.3
/ ‑4.9
| 55 | P1100Q (CCG→CAG) | rpoB | RNA polymerase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (23/30); minor base G (0/1); total (23/32) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.97e-01 |
CTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCG‑GCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCA > NC_000913/4184404‑4184681
|
cTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCt > 2:953001/1‑143 (MQ=255)
cTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCt > 2:585554/1‑143 (MQ=255)
gCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTggg < 1:309588/143‑1 (MQ=255)
ggTTAAACGCTGTATCCCGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGCGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGCAACGCCGCTAGACACAGTACTGAACCAGCTGGGCg > 2:983372/1‑143 (MQ=255)
tgcgtcGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGCCACGGCAACCTGGGTGTAATTTCTAAGCTCAACCCGATCGAAGATATGTCTT‑ACGTTGATATTGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTa < 2:745004/138‑1 (MQ=255)
aCGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGCTAGGCCGGTAGACATCGTGCTGAACCAGCTGGGCGTACCGt > 1:743955/1‑143 (MQ=255)
aCGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGGCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGATGGGCGTCCCGt > 1:738097/1‑143 (MQ=255)
cGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGtc > 1:926105/1‑143 (MQ=255)
cGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGACCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTAcc < 1:850310/140‑1 (MQ=255)
cGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGACCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTAcc > 2:850310/1‑140 (MQ=255)
aTCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTAt < 1:690185/143‑1 (MQ=255)
cAGCCTGGTGACAAGAGGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTG‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGaa < 1:1021706/143‑1 (MQ=255)
aTGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAAACGTGTACTTTAATCATCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCt < 2:935082/143‑1 (MQ=255)
cAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGaa < 1:810487/143‑1 (MQ=255)
agctcgtcACGGCAACACGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGCGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGaaa < 1:245412/140‑1 (MQ=255)
gtcACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGCAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGCATGAACATCGCTCAGATACTCGAAACCCAc > 1:148705/1‑143 (MQ=255)
tcACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTACGATCATCCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTATACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCGCGTATGAACATAGGTCAGCCCCTCGAACCCCAcc > 2:593242/1‑143 (MQ=255)
tcACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCAcc > 1:1030348/1‑143 (MQ=255)
cACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCt < 1:562427/143‑1 (MQ=255)
ttgTATCAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGGAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTgg < 2:869986/141‑1 (MQ=255)
ccgTAACCCGGGTGTAATTTCTACGCTCAACCCGATCGAAGATA‑GCCTTAACTGTGAGAACGGTACAACATTAGACGGCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTgg < 2:240118/141‑1 (MQ=255)
cGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAACATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTgg < 1:870442/143‑1 (MQ=255)
gtgaaCAAGGGGGTAATTTCTAAGATCACGCCGCTCGTAGCTATGCCGT‑ACGATGAAGACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTggg < 2:235919/140‑1 (MQ=255)
ggTAACAAGGTTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTggg < 1:407951/143‑1 (MQ=255)
ggTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGc < 1:1137311/143‑1 (MQ=255)
gtAATTTCCAAGATCCACCCGATCGAAGATCTGTCGT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGaa < 2:498726/143‑1 (MQ=255)
tAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTGCGCCCCTATACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGaaa < 1:829687/143‑1 (MQ=255)
aaTTTCTAAGATCAACCCGATCGCAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATGGTACTGAACCAGCAGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCGAGAAACCGACCTGGGACTGGCTGCAAAAg > 2:1043435/1‑143 (MQ=255)
tttCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATACTCGAAACCCACCTGGGTAGGGCTGAGTAAgga > 2:1096954/1‑142 (MQ=255)
gttCTGAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGt < 2:1067961/142‑1 (MQ=255)
cTAAGATCTATTCGATCGAAGAAACGCATT‑ACGAGGAAAACGGGACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATc < 1:16757/143‑1 (MQ=255)
atcaGATCGTCCCGATCGACTATCTGCCTT‑ACGATGAAAGCGGTACGCCGGTCGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTGCCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAATCCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATc < 2:185854/140‑1 (MQ=255)
tgaggtCAACCCGATCGAAGATATGGCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCCCGTATGAACATCGGTCAGAGCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCg < 1:243360/138‑1 (MQ=255)
aggtCATCCCGATCGAAGATATGCCGT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCG‑Gc < 1:803679/140‑1 (MQ=255)
acccaCCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGACGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGCACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCG‑GCGa < 1:983382/139‑1 (MQ=255)
aacAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAATCCCACCTGGGTATGTCTGCGAAAGGTATCG‑GCGa < 1:408142/141‑1 (MQ=255)
aTCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCCGGGCGTACCGTCTCGGATGAACATCGGTCCGATCCACGAAAGCCAACAGGGGATCGCTGCGAAGGGTAACG‑Gcaa > 2:664779/1‑141 (MQ=255)
aaCCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAACGGTATCG‑GCGACaa > 1:536850/1‑143 (MQ=255)
tCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACGTCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCG‑GCGACAAGATCAAc > 1:839256/1‑143 (MQ=255)
tCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCG‑GCGACAAGATCAAc < 2:1030348/143‑1 (MQ=255)
tctGCCGT‑ACGCTGAACACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCG‑GCGACAAGATCAACGCCATGc < 1:720255/141‑1 (MQ=255)
gttGCCGT‑ACGGTGAAACCGGTACGCCGGTAGACCGCGTACGGAACCAGGTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCG‑GCGACAAGATCAACGCCATGc < 2:1013649/141‑1 (MQ=255)
ccTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGCTATGGCTGCGAACGGTATCG‑GCGACACGATCCAAGCCATGCTGaa > 1:935347/1‑143 (MQ=255)
cgt‑ACGATGAGAACGGTAGGCCGGTAGGCATCGCAGTGGAACTGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCTCCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCG‑GCGACAAGATCAACGCGATGCTGaaa < 2:411463/141‑1 (MQ=255)
cTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCG‑GCGACAAGATCAACGCCATGCTGaaa < 1:47937/143‑1 (MQ=255)
gATGAGAGCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTGAGATCCTCGAGACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCG‑GCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAAcagca < 2:989721/143‑1 (MQ=255)
gTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGCTATCGCTGCGAAAGGT‑TCGCAGGACACGATCAACGACATGCTGAACCAGCAGCCCGAAGTCGCGacacc > 1:1078448/1‑142 (MQ=255)
aTCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCG‑GCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGa < 1:759139/143‑1 (MQ=255)
tCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCG‑GCGACAAGATCAACGCCATGCGGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGaa > 1:884130/1‑143 (MQ=255)
cGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACATGGGTATGGCTGCGACAGGTATCG‑GCGACAAGCTCAACGCCATGCCGATACAGCAGCCAGAAGTCGCGCAACCGCGCGAAt > 2:283993/1‑143 (MQ=255)
tACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCG‑GCGACAAGATCAACGCCATGCCGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTc > 1:589436/1‑143 (MQ=255)
aCTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGCAAGGTATCG‑GCGACAAGATCAACGACATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGACCCGAAACTGCGCGacctca > 2:466023/1‑138 (MQ=255)
aCTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCG‑GCGACAAGATCTGGGGGTGGGGCCAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCa > 2:1103806/1‑143 (MQ=255)
tGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCGGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCG‑GCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATc < 1:585554/143‑1 (MQ=255)
aaCCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTCTGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCG‑GCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGCATTCATCCa > 2:96823/1‑143 (MQ=255)
|
CTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTT‑ACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCG‑GCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCA > NC_000913/4184404‑4184681
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
