Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F77 I1 R1
|
25 |
36.2 |
1670822 |
86.2% |
1440248 |
142.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,184,543 |
C→A |
P1100Q (CCG→CAG) |
rpoB → |
RNA polymerase subunit beta |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,184,543 | 0 | C | A | 94.9%
| 208.7
/ NA
| 83 | P1100Q (CCG→CAG) | rpoB | RNA polymerase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/2); new base A (35/40); total (38/45) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TCTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCA > NC_000913/4184403‑4184681
|
tcgggCGGGTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGc < 1:400913/140‑1 (MQ=255)
cTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGCTCGAAGATACGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCt > 1:559302/1‑143 (MQ=255)
tGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTAGGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTg > 2:773753/1‑143 (MQ=255)
tGGCGGTTAAACGCCGAATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTg < 1:502615/143‑1 (MQ=255)
ggCGGTTAAACGCCGTATCCAACCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGACTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTgg > 2:730576/1‑143 (MQ=255)
cgcgagcaaaCGGCGTATCCAGCCCGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCCAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGATAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTgg < 2:159331/136‑1 (MQ=255)
gCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTCTTTTTGGGCAACAACCCGATCGTAGCGGTTGCTTTCGAGGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTggg < 1:830711/143‑1 (MQ=255)
gCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATCGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTggg < 2:785176/143‑1 (MQ=255)
gCGGTTAAACGACGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAAATCAACCCGATCGAAGATATGCATTACGATGAAAACGGTACGCAGGTAGATATCGTACTGAACCAGCTtgg > 2:659355/1‑143 (MQ=255)
ggTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGAGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTAGGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCg > 2:1529/1‑143 (MQ=255)
ggTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGAGAAAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGCAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTgggac > 2:415986/1‑141 (MQ=255)
tAAACGCCGTATCTAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTAGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTGATAAGAGCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTAc < 1:692677/143‑1 (MQ=255)
tAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAATATGGGTGTAATTTCTAAGAGCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTAc < 1:620317/143‑1 (MQ=255)
aCGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGTTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCGTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGt < 1:620576/143‑1 (MQ=255)
ccGTATCCAGCCTTGTGACAAGATTGCATGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTATAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTCCCGCTGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGtctc < 1:813848/143‑1 (MQ=255)
ccGTATCCAGCCTGGTGACGAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGtctc < 2:563310/143‑1 (MQ=255)
aTCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGTTCGTCACGGTAACAAGTGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTAt < 2:222532/143‑1 (MQ=255)
gccAGCCTGTTGACAAGTTGGCATGTCGGCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATg < 2:255492/142‑1 (MQ=255)
aGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATACCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACGATCTCGTATGAAc > 2:594221/1‑143 (MQ=255)
aGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATAGGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGATGGGCGAACCGGCACGTATGAAc > 2:436160/1‑143 (MQ=255)
aGCCTGGTGACAAGAAGGCAGGTGGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGAACAACACGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAAAGGTAAGCCGGTAGACATCGAACTGAACCAGATGGGCGTAGCGTCACGTATGaca > 2:283780/1‑141 (MQ=255)
ccTTGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTATGATTATTTCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACAt < 1:538103/143‑1 (MQ=255)
ccTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATTTCTTACGTTGTTTTTTTTTCTCCGGTAGACATCGTACTGAACTAGCGGGGCGTACCGTCTCGTATGAACAt > 2:316229/1‑143 (MQ=255)
tGGTGACAAGATGGTAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAATCCGATTGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCg < 1:392528/143‑1 (MQ=255)
tGGTAACAAGATGGCAGGTCCTGACAGGAACAAGTGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCGTACGATGAAAACGGTACCCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGTGTACCGTCTCGTATGAACATCg < 2:799525/143‑1 (MQ=255)
tGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGCTATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTATCGTATGAACATCGGTc > 1:485743/1‑143 (MQ=255)
accaGATGCCAGGTCGTGATGGTAACCAGGGTGTGATTTCTAAGATCAAGCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAGCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCTTCTCGTATGAACATCGGTCAg < 2:653865/140‑1 (MQ=255)
cAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGa > 2:816806/1‑143 (MQ=255)
cAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCGCGTATGAACATCGGTCAGa > 2:691716/1‑143 (MQ=255)
aTGGCAGGTCGTCACGTTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCTTTCGAAGTTATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGGAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCt < 1:231355/143‑1 (MQ=255)
tggagggTCGTTCCGGGAACTAGTGTGTAATTTGTACGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGAGCAAAACGCTACGCCGCTAGACATCGTACTGAACCAGCTGTGCGTTTCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTc < 2:515505/138‑1 (MQ=255)
tGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTACGCGTAATCCGATCTAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGCACTGAACCAGCTAGGCGAACCGTCCCGTATGAACATCGGCCAGATCCTc > 2:813689/1‑143 (MQ=255)
tGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGCCATCGCACTGACCCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGAACAGatcatc > 1:326017/1‑143 (MQ=255)
aGGTCTTCACTGTAACAATGTTTTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGaaa < 1:261674/143‑1 (MQ=255)
aGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCATTCTGCTCTATAGTAATCCTTATGGTGAGGTCCGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGaaa < 1:557506/143‑1 (MQ=255)
gcgtcGCGGTGACAGGGGTTTAATTTCTCAGTTCAACCCGATCGAAGAGGTGCCGTAGGATGGAAGCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAGCCAGGTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGGTCCTCGAAAccc < 2:345310/142‑1 (MQ=255)
tcACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAAGCCGGTCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTGCGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGAGCGTGCCGTCTCGTCTGAACCTCGGTCACACCCTCAGAAcctccc > 1:277408/1‑139 (MQ=255)
tcACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGCAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCAAGTAAAAAAAACAGACAGAACCACGAAACCCAcc > 1:494613/1‑143 (MQ=255)
tcACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCAcc > 1:551839/1‑143 (MQ=255)
cACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCt < 1:123064/143‑1 (MQ=255)
aCGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCCCGTATGAACATCGGTCAGAGCCTCGAAACCCACCTg > 2:46992/1‑143 (MQ=255)
ggTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCATCCCGATCGAAGATATGCTTTATGATGAATTCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTggg < 1:20093/143‑1 (MQ=255)
gTAACAAGGGTGTAATTTCTAGGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTAGGCCGGTAGACATCGTACGGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGt < 1:771641/143‑1 (MQ=255)
cAAGGGTGTAAGTACTAAGATCGACCCGAGCGAAGATATGCCTGACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATgg < 1:706066/143‑1 (MQ=255)
gggTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTGTGGCTg > 1:58192/1‑143 (MQ=255)
tttCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGCACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGt > 1:795811/1‑143 (MQ=255)
ttCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGAGGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGACCCGGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGCACGTCGGTCACATCCTCGACACCCACATGGTAATGGATCCGAAAGATa > 1:306391/1‑143 (MQ=255)
ctgaGATCTACCCGATCCCTGATATGCCTTACGATGCAACCGCTACGCCGGTCGTCATCTTACTGAACCAGCTGTGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATc < 2:609938/140‑1 (MQ=255)
tAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACGAGCTGGGCGTAACGTCTCGTATGAACACCGGTCAGATCCTCGAAACGCACGTGGGTATGCCTGCGAAAGGTATCg > 2:834091/1‑143 (MQ=255)
tAAGATCAACCCGATCGAAGATATGACTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTCTGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGAAATGGCTGCGAAAAGTATCg > 1:726162/1‑143 (MQ=255)
aTCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACATCGGTATGGCTACGAAAGCTAGCGGCGa > 2:328645/1‑143 (MQ=255)
aaCCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACTCCGGTAGTCATCGTACTGATCCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACaa < 1:617296/143‑1 (MQ=255)
aaCCCCATCGAAGGTATGCCCGACGATCAAAACGGCACGCCGGTAGACATCGTACTTAACCAGCTGCGCGTACCGTCGCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACaa < 1:264065/143‑1 (MQ=255)
actcGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCTGTAAACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTAGCGATAGGTACGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAg < 1:109718/140‑1 (MQ=255)
cccGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCCGATCCTCGACACCCACCTGGGTATAGCTGCAAAAAGAAACGGCGACAAGa > 1:468064/1‑143 (MQ=255)
cccGAGCGAAGATATGCTTTACGATGACAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGa < 2:522669/143‑1 (MQ=255)
cggttCGAAGATATGCGTTGCGACGAGAACGGTACGCGGGTAGAGATCGTACTGAACCAGGTGGGCGAACCGTGTCGTATGAACATCGGTCAGAACCTCAAATACTGCATTGGTTTGGTTGGGAAAGGTATCGGCGACAAGAt < 2:358638/139‑1 (MQ=255)
ccGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGAt < 1:727268/143‑1 (MQ=255)
acGATCGAGGATATGCCGTACGATGAAGACGGTACGCTGGTAGAGATCGTACTGAACGAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAGCGTCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGAt < 2:500334/142‑1 (MQ=255)
cGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGTTGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATc < 1:235083/143‑1 (MQ=255)
tCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCTGTAGACATCGTACTTAACCTGTTGGGCGTACCGTCTCATAGGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAAc < 1:479363/143‑1 (MQ=255)
gAAGATATGCCTTACGAGGAAAACGGTACGACGGTAGACATCGTACTCGACCAGTTGGCCGTACCGTCTCGTATCAAGATCGGTCAGATCCTCTCAACCCACCTGGGTATGGCTGCTAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGc < 2:65264/143‑1 (MQ=255)
gAAGATATCCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGCCAGATCCTCGACACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTCACGGCGACAAGATCACCGc > 2:285641/1‑143 (MQ=255)
atatGCGTTCGGATGCAGACGGGGCGCCTGTAGACATCGTAGTGAGCACGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGTGTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATg < 2:452968/143‑1 (MQ=255)
tatGCCTTACTATGATATCGGTACTCTTTTTTACATCGTATTTAACCTTCTGTGCGTACCGTCACGTATGAACAACGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGc < 1:649183/143‑1 (MQ=255)
aTGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAAcagcag < 1:670275/143‑1 (MQ=255)
tgcaaaCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACagcagc < 2:559302/140‑1 (MQ=255)
aaaaCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCCTGCCGCAACcgcagcca > 2:435000/1‑141 (MQ=255)
aaCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGCTCCACGCCCTGCTGAAAcagcagacaga > 1:513031/1‑138 (MQ=255)
cgtccGCCCGTAGACTTCCCACTGGAGCGGGTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGt < 2:546222/139‑1 (MQ=255)
gTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACGGCAGCaagcagcc > 2:401159/1‑141 (MQ=255)
caCGCCTGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCGGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTcg < 1:273667/142‑1 (MQ=255)
aCGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTcgc < 2:551839/143‑1 (MQ=255)
gCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATACTCGACACCCACCAGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGAGCAACGCCATGCTGAAACAGCGGAAAGAAGACACGa > 1:220802/1‑143 (MQ=255)
cGGTAGACCTCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAATCCCTCCTGGGTTTGGCTGTGATAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGaaa < 1:1529/143‑1 (MQ=255)
aGACTTCGGTCTGAACCCGCTGGGCGGACCGTCTCGTAGGAACGTCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCCGAGAAATGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTgc < 2:488913/143‑1 (MQ=255)
aTCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGa > 2:664575/1‑143 (MQ=255)
aTCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCCGGGTCTGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACACAATGCAGAAACAGCAGCAAAAAGTCGCGAAACTGCGCGa > 1:684146/1‑143 (MQ=255)
tCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGGCGCGAAACGGCGCGac > 2:373294/1‑142 (MQ=255)
cTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGAGACAAGATCAAAGCCATGCTGAAACAGAAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCAt > 1:62389/1‑143 (MQ=255)
tGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTACGCGAATTCAta > 1:765067/1‑142 (MQ=255)
aaCCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCa > 1:596131/1‑143 (MQ=255)
aaCCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGCGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACCGCAGCAAGAAGTCGCAAAACTGCGCCAAACCATCCa > 2:343923/1‑143 (MQ=255)
|
TCTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCA > NC_000913/4184403‑4184681
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
