Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A23 F22 I1 R1
|
19 |
64.2 |
2479524 |
91.1% |
2258846 |
141.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,184,543 |
C→A |
P1100Q (CCG→CAG) |
rpoB → |
RNA polymerase subunit beta |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,184,543 | 0 | C | A | 98.2%
| 174.7
/ NA
| 57 | P1100Q (CCG→CAG) | rpoB | RNA polymerase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (34/22); minor base G (0/1); total (34/23) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.04e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCA > NC_000913/4184410‑4184681
|
gTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGt < 2:1236758/143‑1 (MQ=255)
aaaCGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAAATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCATTACGATGAAAACGATACGCCGGTAGACATCGTAATGAAACAGATGGGAGTAcc > 2:387032/1‑143 (MQ=255)
aCGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTAACGATACCACCTTCGTTATTACTAGCGTGCCAACGCGA‑CG‑ACAGATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGGTGGGCGTACCGt > 1:906698/1‑143 (MQ=255)
tcGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGCACCAGCTGGGCGTACCGtctc > 2:369545/2‑143 (MQ=255)
cGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCg > 1:223056/1‑143 (MQ=255)
tATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGCGCGTACCGTCTCGTa > 1:739390/1‑143 (MQ=255)
aTCCAGCCTGGCGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTACGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTTTCGTAt < 1:349032/143‑1 (MQ=255)
tCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATg > 1:148694/1‑143 (MQ=255)
cAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGaa < 1:372084/143‑1 (MQ=255)
agacTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTGATTTCTAAGAT‑‑CAAACCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGAAATCGTAGTGAACCAGCTGGGCGTGACGTCGCGTATGAAc > 2:374983/4‑143 (MQ=255)
aGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATCTGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGCGTCGTATGAAc > 2:401837/1‑143 (MQ=255)
aGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAAc > 1:993099/1‑143 (MQ=255)
cTGGTGACAAGATGACAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATc > 1:363640/1‑143 (MQ=255)
tGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACCTCg > 1:1000252/1‑143 (MQ=255)
aaGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGAACCACCGCGTACGAACATCGGTCCGAt > 2:485152/1‑143 (MQ=255)
tgtcacgtcgtcCCTGTAACAATTGTGTAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTc < 2:980219/137‑1 (MQ=255)
ggCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCg > 2:1090944/1‑143 (MQ=255)
tcAGGTCGTCACGGTAACAAGGGGGTAATTTCGAAGAG‑‑CAACACGATCGAAGAGATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCGGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGa < 1:65196/142‑1 (MQ=255)
gCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGa < 1:718369/143‑1 (MQ=255)
gCAGGTCGGCACGGTAACAAGGGTGTAATTGCTAAGAT‑‑CGGCCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAACCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGa < 2:16836/143‑1 (MQ=255)
cACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCt < 1:793953/143‑1 (MQ=255)
gTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGt < 2:605076/143‑1 (MQ=255)
gtgtAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCg < 2:368859/143‑1 (MQ=255)
tAATTTCTGAGAT‑‑CCACGCGATCGAAGATATGGCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGaaa < 2:36078/143‑1 (MQ=255)
tAATTTCTAAGAT‑‑GAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAGACGGTACGCCTGTAGACATCGTGCTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGCTCAGCTACTCGATGCCCACCTGGGTATGGCTGAGaac > 2:619163/1‑142 (MQ=255)
tAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGCTCCTCGAAACCCACCTGGGTGCGGCTCCGcaa > 2:475114/1‑143 (MQ=255)
tAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGaaa > 1:526629/1‑143 (MQ=255)
tAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGaaa > 1:1136529/1‑143 (MQ=255)
aaTTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAg < 1:416440/143‑1 (MQ=255)
aaTTTCTAAGAG‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCATATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAg < 1:99075/143‑1 (MQ=255)
aaTTTCGAAAGT‑‑GAACCTGAGCGAAGATATGCCTTAGGATGAGAGCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCCCCTGGGTATGGCTGCGAAAg < 2:756357/143‑1 (MQ=255)
tttCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGt < 1:724711/143‑1 (MQ=255)
tttCTAAGAC‑‑CACCCCGTTGGTCTATTTGCCTTACCCTGAAAACGGTCCGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACCTCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGt < 2:1130178/143‑1 (MQ=255)
tAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCg > 1:780615/1‑143 (MQ=255)
cAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACa < 1:260915/143‑1 (MQ=255)
aaCCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGCAACCCACCTGGGTATGGCTGCGCAAGGCATCGGCGCCaa > 2:226711/1‑143 (MQ=255)
aCCCGAGCGACGATATGCCTTACGATGAAAGCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAg < 1:288343/143‑1 (MQ=255)
cccGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGCCAAGa > 1:524166/1‑143 (MQ=255)
cccGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTACGGCTGCGAAAGGTATCGGCGCCAAGa > 2:780943/1‑143 (MQ=255)
cccGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGACGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCGGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGa > 2:673544/1‑143 (MQ=255)
cccGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGCAGACACCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGa < 1:1032721/143‑1 (MQ=255)
aTCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCaa < 1:920577/143‑1 (MQ=255)
gAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTACCGGCGACACGAGCAACgg > 1:430630/1‑142 (MQ=255)
aaGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACAAGATGGGTGTACGGGCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGcc > 1:231187/1‑143 (MQ=255)
atGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACCTCGGTCAGATCCTCGAAGCCCACCTGGGTAGGGCTGCGCACGGTATCGGCGACAAGGTCAACGccgggca > 1:58874/1‑138 (MQ=255)
ccTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGag > 1:227213/1‑142 (MQ=255)
acgacgAAAACGGTCCGCCGGTAGACAGCGTACTTAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAAcag < 1:578756/143‑1 (MQ=255)
aaaaCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCaa < 1:1090944/143‑1 (MQ=255)
aaCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCaaga > 2:522988/1‑143 (MQ=255)
gTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAACTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCCGGATATGCCCGCGAACGGTATCCGCGACACGACCACCCCCCTGCTGCAACAgcaccacccacgc > 2:841184/1‑136 (MQ=255)
aTCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGa > 2:667769/1‑143 (MQ=255)
tCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTTGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGACGTCACGAAACTCCGCGac > 2:1061100/1‑142 (MQ=255)
tCGCACTGCACCAGCTTGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGaa < 1:10938/143‑1 (MQ=255)
tGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATACATc > 1:612947/1‑143 (MQ=255)
aaCCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCa > 1:868786/1‑143 (MQ=255)
aaCCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCa > 1:531410/1‑143 (MQ=255)
aaCCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAAATCATCCa > 1:510498/1‑143 (MQ=255)
|
GTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCA > NC_000913/4184410‑4184681
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
