Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F29 I1 R1
|
21 |
40.5 |
1787500 |
88.7% |
1585512 |
142.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,184,543 |
C→A |
P1100Q (CCG→CAG) |
rpoB → |
RNA polymerase subunit beta |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,184,543 | 0 | C | A | 96.2%
| 224.6
/ NA
| 82 | P1100Q (CCG→CAG) | rpoB | RNA polymerase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); new base A (38/39); total (40/42) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTG‑ACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCAGC > NC_000913/4184405‑4184683
|
tGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGGGCACAACAGGGC‑GGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAGGGTAAGAGCGATCGAGGAGGTGTCGTTCGAGGAGGACGGTGCGTCGTTAGACAGCGTACTGAACCAGCTg > 2:434438/1‑143 (MQ=255)
gTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTG‑ACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGt > 2:134339/1‑143 (MQ=255)
gTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTG‑ACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGt > 1:322424/1‑143 (MQ=255)
gTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTG‑ACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTAGGCGt > 2:610420/1‑143 (MQ=255)
ttAAACGCCGTATCCAGCCTGGTG‑ACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTAGGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGtg > 1:496044/1‑142 (MQ=255)
ttAAACGCCGTATCCAGCCTGGTG‑ACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTa > 2:568618/1‑143 (MQ=255)
caaaCGCCGTATCCAGCGTGGGG‑ACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGGAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATACCCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTAc < 2:872568/142‑1 (MQ=255)
aCGCCGTATCCAGCCTGGTG‑ACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGCTATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGt > 1:444742/1‑143 (MQ=255)
aCGCCGTATCCAGCCTGGTG‑ACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTCCGATGAAAACGGTACGCCGGTCGACATCGTACTGACCCCGCTGGGCGTACCGt > 1:815011/1‑143 (MQ=255)
aCGCCGTATCCAGCCTGGTG‑ACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGt > 2:353974/1‑143 (MQ=255)
cGCCGTGTGCAGCCGGGTG‑ACAAGATGGCAGGTCGGCGCGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACTCGATCGAAGATAGGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGtc < 2:303466/143‑1 (MQ=255)
gCCGTATCCAGCCTGGTG‑ACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTTCGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGACGTACCGtct > 1:524900/1‑143 (MQ=255)
ccgtcaccAGCCTGGTG‑ACAAGATGGCAGGCCGTCACGGTAACAAGGGTGTCATTTCTAAGATCAACCCGATCGACGATCTGCCCTCCGCTGCAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGACCCAGCTGGGCGTACCGtctc < 1:858501/137‑1 (MQ=255)
ccGTATCCAGCCTGGTG‑ACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACGAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGAGGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGtctc < 1:80744/143‑1 (MQ=255)
cGTATCCAGCCTGGTG‑ACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGCGTAGTTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGAGATGCCTTACGATGAAACCGGTACGCCGGTAGACACCGTACTCAGCCAGCGGGGGGTACCGTCCCg > 2:881870/1‑143 (MQ=255)
tATCCAGCCTGGTG‑ACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTCGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGGACCGTCACGTa > 2:50314/1‑143 (MQ=255)
gaTCCAGCCTGGTG‑ACAAGATGGCAGGTCGCCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTa < 1:539847/142‑1 (MQ=255)
gCCTGGTG‑ACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGCTATGCCTTACGATGACAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTCGCCCAGCTGGCCTTCCCGTCCCGTATGaaag > 1:254496/1‑141 (MQ=255)
tGGTG‑ACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCCCGTATGAACATCg > 2:448822/1‑143 (MQ=255)
tG‑ACAAGCTGGGAGGTCGTCACGGTTCAACGGGTGTCCTTTCTAAGTTAGAACCGCTGGCGGTTATGCCTTTAGATGCAAACGGTACGCCGGTAGACGCAGTGTACACGGTGTTGAGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTc < 2:16698/143‑1 (MQ=255)
g‑ACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTATCGTCTCGTATGACCATCGGTCa > 1:748048/1‑143 (MQ=255)
g‑ACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGACCATCGGTCa > 2:142559/1‑143 (MQ=255)
gagaaGAGGGGAGGTCGTCAGGGTAAGAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGGGGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACAGTCTCGTATGAACATCGGTCa < 2:283186/140‑1 (MQ=255)
aCAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAACGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCCCGTAGGAACAACGGTccg > 1:63441/1‑141 (MQ=255)
aaGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATAGAAGATATGCCTTGCGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGGACTGAGCCAGCTGGGCGAAACATCTCGTAAGAACAACggcaagac > 2:446326/1‑137 (MQ=255)
gATGGCAGGTCGTCACGGGAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAGCCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATcc < 2:484889/143‑1 (MQ=255)
gATGACATGTCGTCGCGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATcc < 2:484998/143‑1 (MQ=255)
tGGCAGGTCGTCACGGGAACAAGGGTGTAATTTCTCAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTc < 1:303022/143‑1 (MQ=255)
ggCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAGCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCg < 2:644530/143‑1 (MQ=255)
tggTTGTCACGGGAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCGACCCGATCGAAGCTATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGaaa < 2:501569/142‑1 (MQ=255)
aGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGaaa < 1:378691/143‑1 (MQ=255)
tcgtcACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAAccc > 2:623903/1‑143 (MQ=255)
tcACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGCAACCCAcc > 2:75715/1‑143 (MQ=255)
tcACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGCCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCAcc < 1:459129/143‑1 (MQ=255)
cGGTAATGAGGGTGTATTTTCTAGGACCGACCCGGTCGAAGATATGCCTTACGATGGAAGGGGTACGCTGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGTGCGTCTCGTCTCCTATCAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTgg < 2:106415/143‑1 (MQ=255)
aCAAGGGTGTAATCTCTAAGCTCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGTCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATg < 2:556743/143‑1 (MQ=255)
aaGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCACGAAACCCACCTGGGTATGGc > 2:504327/1‑143 (MQ=255)
tgtAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGa > 1:708722/1‑143 (MQ=255)
tAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGaaa < 1:623903/143‑1 (MQ=255)
tAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGaaa < 1:470498/143‑1 (MQ=255)
tAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAACGGTATCg > 1:867449/1‑143 (MQ=255)
tAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCg < 1:37285/143‑1 (MQ=255)
tAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCGTACGATGAAAACGGTACGACGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCGAGTATGAACATCGGACAGAAACGCGAAACCCCACGGGGGATGGCGGGGAAAGGTacag > 2:681412/1‑140 (MQ=255)
tacaTCAACCCGATCGAATATATGCCTTACGATCAAAGCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCgg < 2:790979/140‑1 (MQ=255)
gagcAAACCGATCGAAGATATGCCTTACGAGGAAAACGGTACGTCGGTGCACATCCTATTGTCCCAGCTTGGCCGACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCg < 2:393136/140‑1 (MQ=255)
aCCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAACCCCACCTGGCTATGGCTGCGCGTGGTCTCGGAGCCAAg > 1:802270/1‑143 (MQ=255)
cccGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTACCGGCGACAAgc > 2:646904/1‑142 (MQ=255)
ccGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGAcgtgat > 1:174552/1‑138 (MQ=255)
ccGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGAt > 1:605301/1‑143 (MQ=255)
cGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGGTCGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGCCTCGTATGAGCATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGACTGTGAAAGGTATCGGCGACAAGATc < 2:541325/143‑1 (MQ=255)
aTCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCaa > 1:347913/1‑143 (MQ=255)
tCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAAc < 1:434438/143‑1 (MQ=255)
ccacgATATGCCTTACGATGACAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACg < 2:98950/139‑1 (MQ=255)
aaGATTTGCCTTGCGGTGGAAGCGGTACGCCGGTAGACATCGTACGGACCCAGCTGGTCGTACCGTCTCGTCCGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGcc < 2:430296/143‑1 (MQ=255)
atatGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGCCCAACGCCCTg > 1:151775/1‑143 (MQ=255)
tGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCGGGGCGTACCGTCACGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTg < 1:453551/143‑1 (MQ=255)
ttACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAAc > 2:803854/1‑143 (MQ=255)
cGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAAcagc < 1:822154/143‑1 (MQ=255)
gATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGCATGAACATCCGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAAcagca < 1:453288/143‑1 (MQ=255)
gtgagaccGGTACGTCGGTAGATATCGTACTGAACCAGCTCGGCGTACCGTCTCGTATGAAGATCGGTCAGATCCTCGAAACTCACCTGGGTATGGCTGCGAACGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAAcagcag < 2:754495/136‑1 (MQ=255)
aTGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAAcagcag < 1:674409/143‑1 (MQ=255)
tgaacgcGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAGCCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACagcagc < 2:785222/137‑1 (MQ=255)
tGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAAcagccga > 2:623097/1‑140 (MQ=255)
gAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAAGAgcggca > 1:305508/1‑143 (MQ=255)
gAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGCATGGCTGCGGAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAgcagca > 1:304357/1‑143 (MQ=255)
cGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGGCGCaagaag > 2:251657/1‑143 (MQ=255)
tACGCCGGTAGACGTCGTACTGAACCAGCTGGGCGTAGCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCCCCTTGGTATTGCTGCGCAATGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTcg < 1:799579/143‑1 (MQ=255)
caCGCAGGGAGAGGTCGTACTGAGGCGGGCGGGCCTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCGCCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTcg < 2:658218/142‑1 (MQ=255)
aCGCCGGTAGACAGCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTcgc < 1:767292/143‑1 (MQ=255)
gCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGa < 1:134339/143‑1 (MQ=255)
ctgTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGaaa < 1:765056/141‑1 (MQ=255)
tAGACATCGTACGGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTg < 2:739561/143‑1 (MQ=255)
aggcATCGTACTGAACGAGCTGGGCGTACCGTGTCGTAGGAACATCGGTCAGATCCTGGAGACCCACCTGGGTATGGCTGGGAAAGGTATAGGGGACAAGAGCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTgc < 2:502166/140‑1 (MQ=255)
gcttCGTACTGATCCAGCTGGGCGTACGGTCGCGTAGGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTgcgc < 1:72960/140‑1 (MQ=255)
gTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTATCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGGATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGGCAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGACGCGAAACTGAGCGaact > 2:340902/1‑141 (MQ=255)
gTACTGAACCAGCTGGGCGTACCATCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCCCGAAGCTGCGCGGAtt > 1:301019/1‑143 (MQ=255)
tACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTc < 1:140914/143‑1 (MQ=255)
aCTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCa < 1:3003/143‑1 (MQ=255)
cTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCAt > 1:743258/1‑143 (MQ=255)
aaCCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTCTGGCTGCGCAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAACAGCAAGAAGGCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCa > 1:105312/1‑143 (MQ=255)
aaCCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTCTCGGAGACACAACCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCa > 1:409351/1‑143 (MQ=255)
aCCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCAg < 1:213761/143‑1 (MQ=255)
cccGCTGGTCGTACCGTCTCCGATGGACTTCGGTCAGGTCCACCAAACCCTCCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCAgc < 2:254496/143‑1 (MQ=255)
|
TGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTG‑ACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCAGC > NC_000913/4184405‑4184683
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
